PLoS ONE: Klinisk Værdi af Prognose genekspression Signaturer i kolorektal cancer: en systematisk gennemgang

Abstrakt

Introduktion

Det traditionelle iscenesættelse system er utilstrækkeligt til at identificere de patienter med stadie II tyktarmskræft (CRC) med høj risiko for tilbagefald eller med stadium III CRC lav risiko. En række af genekspression signaturer til at forudsige CRC prognose er blevet foreslået, men ingen anvendes rutinemæssigt i klinikken. Formålet med dette arbejde var at vurdere forudsigelse evne og potentiel klinisk anvendelighed af disse underskrifter i en række uafhængige datasæt.

Metoder

En gennemgang af litteraturen identificeret 31 genekspression signaturer, der anvendes genekspression til at forudsige, prognose i CRC væv. Søgningen var baseret på PubMed database og var begrænset til artikler publiceret fra januar 2004 til december 2011. Eleven CRC genekspression datasæt med resultatet information blev identificeret og downloadet fra offentlige arkiver. Random Forest klassifikator blev brugt til at bygge prædiktorer fra genet lister. Matthews korrelationskoefficient blev valgt som et mål for nøjagtighed klassificering og dens tilhørende p-værdi blev anvendt til at vurdere association med prognose. For kliniske anvendelighed evalueringen blev positive og negative post-test sandsynligheder beregnet i fase II og III prøver.

Resultater

Fem gen underskrifter viste signifikant sammenhæng med prognose og forudsat rimelig forudsigelse nøjagtighed i deres egen uddannelse datasæt. Ikke desto mindre viste alle underskrifter lav reproducerbarhed i uafhængige data. Stratificerede analyser fra scenen eller mikrosatellit ustabilitet status viste signifikant association, men begrænsede evne diskrimination, især i fase II tumorer. Fra et klinisk perspektiv, de mest prædiktive underskrifter viste en mindre, men væsentlig forbedring i forhold til klassiske iscenesættelse system.

Konklusioner

De offentliggjorte underskrifter viser lav forudsigelse nøjagtighed, men moderat klinisk anvendelighed. Selvom genekspression data kan underrette prognose, er bedre strategier for signaturvalidering nødvendig for at fremme deres udbredte anvendelse i klinikken

Henvisning:. Sanz-Pamplona R, Berenguer A, Cordero D, Riccadonna S, Solé X, Crous -Bou M, et al. (2012) Klinisk Værdi af Prognose genekspression Underskrifter i kolorektal cancer: en systematisk gennemgang. PLoS ONE 7 (11): e48877. doi: 10,1371 /journal.pone.0048877

Redaktør: Wayne A. Phillips, Peter MacCallum Cancer Centre, Australien

Modtaget: 30. maj 2012; Accepteret: 2 oktober 2012; Udgivet: November 7, 2012