PLoS ONE: Hsa-miR-34b /c rs4938723 T & gt; C og HSA-miR-423 rs6505162 C & gt; A polymorfier er forbundet med risiko for kræft i spiserøret i en kinesisk Population

Abstrakt

Kræft i spiserøret er den ottende mest almindelige kræftform og sjette hyppigste årsag til kræft forbundet død på verdensplan. Udover miljømæssige risikofaktorer, kan genetiske faktorer spiller en vigtig rolle i kræft i spiserøret carcinogenese. Vi har udført et hospital baseret case-kontrol undersøgelse for at evaluere den genetiske modtagelighed af funktionelle enkelt nukleotid polymorfier (SNP) i microRNA om udvikling af kræft i spiserøret. I alt 629 esophageal pladecellekræft (ESCC) tilfælde og 686 kontroller blev rekrutteret til denne undersøgelse.

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G,

pre-miR-125a

rs12975333 G T og

HSA-miR-423

rs6505162 C A genotyper blev bestemt ved hjælp af æggelederne Detection Reaktion (LDR) metode. Vores resultater viste, at

HSA-miR-34b /c

rs4938723 CC genotype havde en nedsat risiko for ESCC. Foreningen var tydelig blandt patienter, der aldrig drikker.

Hsa-miR-423

rs6505162 C En magt forbundet med en signifikant øget risiko for ESCC hos patienter, der ryger. Disse resultater viste, at funktionelle polymorfier

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C og

HSA-miR-423

rs6505162 C En kan ændre individuelle følsomhed over for ESCC. Imidlertid blev vores resultater opnået med en begrænset stikprøve. Fremtidige større studier med andre etniske befolkningsgrupper er forpligtet til at bekræfte de aktuelle resultater

Henvisning:. Yin J, Wang X, Zheng L, Shi Y, Wang L, Shao A, et al. (2013)

Hsa-miR-34b /c

rs4938723 T C og

HSA-miR-423

rs6505162 C A polymorfier er forbundet med risiko for kræft i spiserøret i en kinesisk Befolkning. PLoS ONE 8 (11): e80570. doi: 10,1371 /journal.pone.0080570

Redaktør: Xin-Yuan Guan, The University of Hong Kong, Kina

Modtaget: August 28, 2013; Accepteret: 4 Oktober 2013; Udgivet: November 18, 2013 |

Copyright: © 2013 Yin et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse blev delvist understøttet af National Natural Science Foundation of China (81101889, 81000028), Jiangsu-provinsen Natural Science Foundation (BK2010333, BK2011481), social udvikling Foundation Zhenjiang (SH2010017) og Changzhou unge talenter og videnskab-Højteknologifonden of Health Bureau (QN201102 ). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

MikroRNA’er (miRNA) er små ikke-kodende RNA, der fungerer som posttranskriptionel gen regulatoriske elementer [1]. Specifikt miRNA handling ved binding til 3′-utranslaterede region af target gener og dermed nedregulere deres ekspression [2]. MiRNA er vigtige aktører i carcinogenese [3].

Genetiske faktorer, såsom enkelt nukleotid polymorfier (SNP), kan bidrage til carcinogenese [4]. Den SNPs i de genomiske miRNA sekvenser kan påvirke miRNA-afhængig regulering, påvirker det endelige niveau og funktion af miRNA og ændre dermed tumor modtagelighed [5].

Medlemmer af miR-34 familien er direkte p53 mål, og deres ekspression er direkte induceret af p53 som respons på DNA-skade eller onkogen stress [6]. I tidligere undersøgelser i kolorektal cancer [7], oral cancer [8] og malignt melanom [9], nedregulering af mir-34b /c ved methylering blev fundet.

Hsa-MIR-34b /c

rs4938723 polymorfisme er placeret i CpG øen PRI-MIR-34b /c, og kan være den forudsagte bindingssted for GATA-X transkriptionsfaktorer [10].

Hsa-miR-34b /c

rs4938723 T C polymorfi var forbundet med risiko for nasopharynx karcinom [11], hepatocellulært carcinom [12], kolorektal cancer [13] og brystkræft overlevelse [14]

Udover

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G,

pre-miR-125a

rs12975333 G T og

HSA-miR-423

rs6505162 C A blev også forbundet med risiko for forskellige typer af kræft. Den rs531564 C G SNP i

pri-miR-124-1

var forbundet med en øget risiko for blærekræft [15], og kræft i spiserøret hos mænd [16].

pre-miR-125a

rs12975333 G T polymorfi var en grundlægger mutation specifikt for Antwerpen-området og forbundet med høj risiko for brystkræft [17].

Hsa-miR-423

rs6505162 C En polymorfi var forbundet med nedsat risiko for brystkræft [18].

Hsa-mir-423

rs6505162 C . En polymorfisme blev også signifikant associeret med både samlet overlevelse og fornyet overlevelse af kolorektal cancer [19]

Vi har tidligere undersøgt

miR-196a2

rs11614913 T C,

miR-146a

rs2910164 C G,

miR-499

rs3746444 T C,

miR-26a-1

rs7372209 C T og

miR-27a

rs895819 T C SNP’er og esophageal pladecellekræft (ESCC) risiko i 380 kræfttilfælde og 380 kontroller [20]. Vi fandt

miR-196a2

rs11614913 T C kan bidrage til nedsat ESCC risiko blandt kvinder patienter og patienter, der aldrig ryger eller drikker [20]. Nu er formålet med denne undersøgelse var at vurdere sammenhængen mellem

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G,

pre-miR-125a

rs12975333 G T og

HSA-miR-423

rs6505162 C En genotyper og ESCC risiko. Vi udførte genotype analyser til fire

miRNA

SNPs med 629 ESCC tilfælde og 686 kontroller i en kinesiske befolkning.

Materialer og metoder

Etisk godkendelse af forsøgsprotokollen

Dette hospital-baseret case-kontrol undersøgelse blev godkendt af Review Board i Jiangsu University (Zhenjiang, Kina). Vi har overholdt World Medical Association Helsinki-deklarationen om etisk adfærd forskning med menneskelige forsøgspersoner og /eller dyr. Alle emner forudsat skriftligt informeret samtykke, der skal indgå i undersøgelsen.

Patienter og kontroller

629 forsøgspersoner med kræft i spiserøret blev fortløbende rekrutteret fra Affiliated Folkets Hospital i Jiangsu Universitet og Tilknyttede Hospital i Jiangsu University (Zhenjiang, Kina) mellem oktober 2008 og december 2010. Diagnose blev gjort ved biopsi og alle tilfælde af kræft i spiserøret var ESCC. Udelukkelseskriterierne var patienter, der tidligere havde: kræft; enhver metastaseret kræft; radioterapi eller kemoterapi. De 686 kontroller var patienter uden kræft frekvens-matchede til sagerne med hensyn til alder (± 5 år) og køn rekrutteret fra de to hospitaler ovennævnte i samme periode. De fleste af kontrollerne blev indlagt på hospitalerne til behandling af traumer.

Hvert emne blev personligt spørgsmålstegn ved uddannede interviewere bruger en pre-testet spørgeskema at få oplysninger om demografiske data (f.eks alder, køn) og tilhørende risikofaktorer (herunder tobaksrygning og alkoholforbrug). Efter samtalen blev 2 ml prøver af veneblod opsamlet fra hvert individ. Personer, der røget en cigaret om dagen for 1 år blev defineret som “rygere”. Emner, der forbruges ≥3 alkoholholdige drikkevarer om ugen for . 6 måneder blev betragtet som “alkohol drikkende”

Isolering af DNA og genotypning af æggelederne Detection Reaction

Blodprøver blev indsamlet fra patienter hjælp vakuumbeholdere og overført til rør foret med ethylendiamin tetra-eddikesyre (EDTA). Genomisk DNA blev isoleret fra helblod med QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Berlin, Tyskland) [21]. Prøve-DNA blev amplificeret ved PCR i overensstemmelse med producentens anbefalinger. Prøverne blev genotypebestemmes hjælp af æggelederne Detection Reaction (LDR) metode med teknisk støtte fra Shanghai Biowing Applied Biotechnology Company som beskrevet tidligere [22]. For kvalitetskontrol, blev gentagne analyser gjort for 160 (12,17%), tilfældigt udvalgte prøver med høj DNA kvalitet.

Statistiske Analyser

Forskelle i fordelingen af ​​demografiske karakteristika, udvalgte variable og genotyper af

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G,

pre-miR-125a

rs12975333 G T og

HSA-miR-423

rs6505162 C En varianter mellem de tilfælde og kontroller blev evalueret ved hjælp af student t-test og

χ

2 test. Foreningerne mellem de fire SNPs og risiko for ESCC blev estimeret ved at beregne disse regioner og deres 95% CIs ved hjælp af logistisk regression analyser for rå yderste periferi og justerede yderste periferi, når der korrigeres for alder, køn, rygning og drikke status. Den Hardy-Weinberg ligevægt (HWE) er blevet underkastet en goodness-of-fit

χ

2 test til at sammenligne de observerede genotypefrekvenser til de forventede dem blandt kontrolpersoner. Alle statistiske analyser blev udført med SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC, USA).

Resultater

Karakteristik af den undersøgte population

Karakteristik af sager og kontroller inkluderet i undersøgelsen er sammenfattet i tabel 1. de sager og kontroller syntes at være tilstrækkeligt matchet på alder og køn som foreslået af

χ

2 tests (

s

= 0,541 og

s

= 0,185, henholdsvis). Som det fremgår af tabel 1, var signifikant forskel detekteret på rygning status mellem de tilfælde og kontroller (

s

0,001), og drikke var højere i ESCC patienter end hos kontrolpersoner (

p

0,001). Den primære information til fire genotypede SNP’er var i tabel 2. genotypebestemmelse succesrate er i området fra 95,13% til 96,81% i alle 1315 prøver. Konkordansen satser for gentagne analyser var 100% for alle fire SNPs. Mindre allel frekvens (MAF) i vores kontroller var magen til MAF for kinesisk i database for alle fire SNP’er (tabel 2). De observerede genotypefrekvenser for

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G og

HSA-miR-423

rs6505162 C Et polymorfier i kontrollerne var i HWE (

s

= 0,675,

s

= 0.400 og

s

= 0,299), bortset fra

præ- miR-125a

rs12975333 G T (ikke tilgængelig) (tabel 2)

Foreninger mellem HSA-miR-34b /c rs4938723 T . C, pri-miR-124 -1 rs531564 C G, præ-miR-125a rs12975333 G T og HSA-miR-423 rs6505162 C En polymorfier og risikoen for ESCC

genotypen fordelinger af

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G,

pre-miR-125a

rs12975333 G T og

HSA-miR- 423

rs6505162 C A i de tilfælde og kontrollerne er vist i tabel 3. i enkelt locus analyser genotypefrekvenserne af

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C var 46,2% (TT), 46,3% (TC), og 7,5% (CC) i tilfælde patienter og 46,1% (TT), 43,1% (TC), og 10,8% (CC) i kontrolgruppen, og forskellen var ikke statistisk signifikant (

s

= 0,101). I recessive model, når den

HSA-miR-34b /c

rs4938723 TT /TC genotyper blev brugt som referencegruppe, CC homozygot genotype var forbundet med en statistisk signifikant nedsat risiko for ESCC (CC vs. TT /TC: justeret OR = 0,65, 95% CI = 0,44-0,97,

s

= 0,036). Når

HSA-miR-34b /c

rs4938723 TT homozygot genotype blev anvendt som referencegruppe blev TC genotypen ikke forbundet med risiko for ESCC (TC vs TT: justeret OR = 1,11, 95% CI = 0,88-1,40,

s

= 0,397); CC-genotypen var ikke forbundet med risiko for ESCC (CC vs TT: justeret OR = 0,69, 95% CI = 0,45-1,04,

s

= 0,076). I den dominerende model,

HSA-miR-34b /c

rs4938723 TC /CC varianter blev ikke forbundet med risiko for ESCC sammenlignet med

HSA-miR-34b /c

rs4938723 TT genotype (justeret OR = 1,02, 95% CI = 0,82-1,28,

s

= 0,853) (tabel 3).

Der blev ikke observeret sammenhæng mellem

pri- miR-124-1

rs531564 C G og

HSA-miR-423

rs6505162 C En polymorfier og risikoen for ESCC (tabel 3). For

pre-miR-125a

rs12975333 G T, alle genotyper er GG homozygote (tabel 3)

Stratificering analyser af HSA-miR-34b /c rs4938723 T . C, pri- miR-124-1 rs531564 C G og HSA-miR-423 rs6505162 C A og risiko for ESCC

for at vurdere virkningerne af

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G og

HSA-miR-423

rs6505162 C A genotyper på ESCC risiko efter forskellig alder, køn, rygning og alkoholindtagelse status; Vi udførte lagdeling analyser (tabel 4). En signifikant nedsat risiko for ESCC associeret med

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C polymorfi var tydelig blandt patienter, der aldrig drikker (CC vs TT /TC: justerede OR = 0,57, 95% CI = 0,34-0,94,

s

= 0,029) (tabel 4). Hos patienter, som rygning,

HSA-miR-423

rs6505162 C En magt forbundet med en signifikant øget risiko for ESCC (AA vs. CC /CA: justeret OR = 4,94, 95% CI = 1,42-17,21,

s

= 0,012) (tabel 4).

diskussion

i dette hospital-baseret case-kontrol undersøgelse af ESCC, vi undersøgte sammenslutninger af

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C,

pri-miR-124-1

rs531564 C G,

pre-miR-125a

rs12975333 G T og

HSA-miR-423

rs6505162 C a med risiko for ESCC i en høj risiko kinesiske befolkning. Vores multivariable logistisk analyse viste, at

HSA-miR-34b /c

rs4938723 CC genotype havde en nedsat risiko for ESCC. Foreningen var tydelig blandt patienter, der aldrig drikker.

Hsa-miR-423

rs6505162 C En magt forbundet med en signifikant øget risiko for ESCC hos patienter, som rygning

Det er velkendt, at medlemmer af miR-34 familie udtryk er direkte. induceret af p53 som respons på DNA-skade eller onkogen stress [6]. En rotte model eksperiment viste, at ændringen af ​​miR-34b /c under en inflammatorisk mikromiljø kan påvirkes af p53 [23]. Ved DNA methylering af sin egen promotor, har MIR-34 familien blevet afbrudt i talrige cancere [24]. Ved udløsning Wnt signaling kaskader, tabet af MIR-34 hæmmer p53-medieret celledød. Overekspression af MIR-34 kan inducere apoptose [25] – [27]. Rolle miR-34a i undertrykkelse af tumorvækst er også blevet påvist i vivo [28]. I en tidligere undersøgelse, nedregulering af mir-34b /c ved methylering blev fundet i colorektal cancer [7], oral cancer [8] og malignt melanom [9].

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C SNP er beliggende inden for CpG øen pri-miR-34b /c og kan påvirke en forudsagt GATA-X transskriptionsfaktorbindende [10].

Hsa-miR-34b /c

rs4938723 T C polymorfi var forbundet med risiko for nasopharynx karcinom [11], hepatocellulært carcinom [12], kolorektal cancer [13] og brystkræft overlevelse [14].

Hsa-miR-423

rs6505162 C En polymorfi var forbundet med nedsat risiko for brystkræft [18], og både den samlede overlevelse og fornyet overlevelse af kolorektal cancer [19]. I vores undersøgelse fandt vi

HSA-miR-34b /c

rs4938723 CC genotype havde en nedsat risiko for ESCC blandt patienter, der aldrig drikker,

HSA-miR-423

rs6505162 C En magt forbundet med en signifikant øget risiko for ESCC hos patienter, der ryger, indikerer gen-miljø interaktion.

Hyppigheden af ​​genetiske polymorfier varierer ofte mellem etniske grupper. I den foreliggende kinesisk undersøgelse, at allel frekvens på

HSA-MIR-34b /c

rs4938723 C var 0,324 blandt 686 kontrolpersoner, hvilket er lidt højere end for japanske befolkning (0,261), og svarende til den i europæisk befolkning (0,310) og syd for Sahara afrikanske befolkning (0,305). Den allel frekvens

HSA-miR-423

rs6505162 A var 0,188 blandt 686 kontrolpersoner, hvilket er i overensstemmelse med den af ​​kinesiske befolkning (0,200) og japanske befolkning (0,178). Men allel frekvens er betydeligt lavere end for europæiske befolkning (0,575) og syd for Sahara afrikanske befolkning (0,783) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP, http: //hapmap.ncbi.nlm .nih.gov /).

Brug Power og Sample Size Beregning (PS, version 3.0, 2009, https://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize), overvejer

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T c mutant alleler i kontrolgruppen, OR, ESCC prøver og kontrolprøver, magt vores analyse (α = 0,05) var 0,929 i 600 ESCC tilfælde og 673 kontroller med justeret OR 0,65. Kraften i vores analyse (α = 0,05) var 0,962 i 404 ESCC tilfælde og 519 kontroller med justeret OR 0,57 i ikke drikke undergruppe. For

HSA-miR-423

rs6505162 C A, magt vores analyse (α = 0,05) var 1,000 i 263 ESCC tilfælde og 179 kontroller med justeret OR 4,94 i rygning undergruppe

. I dette case-kontrol undersøgelse, skal løses flere begrænsninger. For det første blev de patienter og kontrolpersoner tilmeldt fra hospitaler og kan ikke repræsentere den almindelige befolkning. For det andet blev statistisk styrke af vores undersøgelse begrænset især i lagdeling analyser, er det bedre at kontrolgruppen er større end tilfældet gruppe; derfor er det muligt at have en mere statistisk styrke. For det tredje blev detaljerede oplysninger om kræft metastaser og overlevelse ikke er ansat indtil nu, hvilket begrænsede yderligere analyser af rollen af ​​de fire polymorfier i ESCC progression og prognose. Endelig er oplysninger om virusinfektioner og immune parametre var ikke tilgængelig, hvilket begrænsede magt vores analyser.

Som konklusion, vores undersøgelse dokumenterer, at funktionelle polymorfier

HSA-miR-34b /c

rs4938723 T C og

HSA-miR-423

rs6505162 C En kan ændre individuelle følsomhed over for ESCC. Fremtidige større studier med andre etniske befolkningsgrupper og funktionel analyse er forpligtet til at bekræfte de aktuelle resultater.