PLoS ONE: Tekst Mining for Litteratur Anmeldelse og Knowledge Discovery i Cancer Risikovurdering og forskning

Abstrakt

Forskning i biomedicinsk tekst mining er begyndt at producere teknologi, som kan gøre information i biomedicinsk litteratur mere tilgængeligt for bio-forskere. En af de aktuelle udfordringer er at integrere og forfine denne teknologi til at støtte virkelige videnskabelige opgaver i biomedicin, og vurdere dens anvendelighed i forbindelse med sådanne opgaver. Vi beskriver KRABBE – en fuldt integreret tekst mining værktøj designet til at understøtte kemisk vurdering sundhedsrisiko. Denne opgave er kompleks og tidskrævende og kræver en grundig gennemgang af de eksisterende videnskabelige data på en bestemt kemikalie. Dækker mennesker, dyr, cellulære og andre mekanistisk data fra forskellige områder af biomedicin, det er meget varieret, og derfor vanskeligt at høste fra litteraturdatabaser via manuelle midler. Vores værktøj automatiserer processen ved at udvinde relevante videnskabelige data i publiceret litteratur og klassificere det i henhold til flere kvalitative dimensioner. Udviklet i tæt samarbejde med risikoanalytikere, giver værktøjet navigere klassificeret datasæt på forskellige måder og deling af data med andre brugere. Vi præsenterer en direkte og bruger-baserede evaluering, som viser, at teknologien er integreret i værktøjet er meget præcise, og rapporterer en række casestudier, der viser, hvordan værktøjet kan bruges til at støtte videnskabelige opdagelser i bedømmelsen og forskning kræftrisikoen. Vores arbejde viser nytten af ​​en tekst mining rørledning lette komplekse forskningsopgaver i biomedicin. Vi diskuterer videre udvikling og anvendelse af vores teknologi til andre typer risikovurdering af kemikalier i fremtiden

Henvisning:. Korhonen A, Ó Séaghdha D, Silins I, Sun L, Högberg J, Stenius U (2012) Tekst Mining for Litteratur anmeldelse og Knowledge Discovery i Cancer Risk Assessment og forskning. PLoS ONE 7 (4): e33427. doi: 10,1371 /journal.pone.0033427

Redaktør: Neil R. Smalheiser, University of Illinois-Chicago, USA

Modtaget: November 25, 2011; Accepteret: 8. februar 2012; Udgivet: 12 april, 2012