PLoS ONE: polymorfier i DNA-reparation gener i en kohorte af prostatakræft patienter fra forskellige områder i Spanien: forskellene mellem forskellige befolkninger som Confounding Factor i Association Studies

Abstrakt

Baggrund

Forskelle i fordelingen af ​​genotyper mellem individer af samme etnicitet er en vigtig confounder faktor almindeligt undervurderet i typiske association undersøgelser i radiogenomics.

mål

for at vurdere genotypisk fordeling af SNPs i en lang række spanske prostatacancer-patienter for at bestemme homogenitet af befolkningen og at afsløre potentielle bias.

design, indstilling og deltagere

i alt 601 patienter prostatakræft fra Andalusien, Baskerlandet, Canary og Catalonien blev genotype i 10 SNPs placeret i 6 forskellige gener, der er forbundet til DNA-reparation: XRCC1 (rs25487, rs25489, rs1799782), ERCC2 (rs13181), ERCC1 (rs11615), LIG4 (rs1805388, rs1805386), ATM (rs17503908, rs1800057) og P53 (rs1042522). Den SNP genotypning blev lavet i en Biotrove OpenArray® NT cycler.

Outcome målinger og statistisk analyse

Sammenligninger af genotypisk og allele frekvenser blandt befolkninger, samt haplotype analyser blev bestemt ved anvendelse af web- baseret miljø SNPator. Principal komponent analyse blev foretaget ved hjælp af SnpMatrix og XSnpMatrix klasser og metoder er gennemført som en R-pakke. Ikke-overvåget hierarkisk klynge af SNP blev foretaget ved hjælp af MultiExperiment Viewer.

Resultater og begrænsninger

Vi observerede, at genotype distribution af 4 ud 10 SNPs var statistisk forskellig blandt de undersøgte populationer, der viser de største forskelle mellem Andalusien og Catalonien. Disse observationer blev bekræftet i cluster analyse, principal komponent analyse og i den differentielle fordeling af haplotyper blandt befolkningerne. Fordi tumor variablerne ikke er blevet taget i betragtning, er det muligt, at nogle polymorfier kan påvirke tumor egenskaber på samme måde, at det kan udgøre en risikofaktor for andre sygdomsområder karakteristika.

Konklusion

Forskelle i fordelingen af ​​genotyper inden for forskellige populationer af samme etnicitet kunne være et vigtigt confounding faktor er ansvarlig for den manglende validering af SNPs forbundet med stråling-induceret toksicitet, især når omfattende meta-analyse med fag fra forskellige lande udføres.

Henvisning: Henríquez-Hernández LA, Valenciano A, Foro-Arnalot P, Álvarez-Cubero MJ, Cozar JM, Suárez-Novo JF, et al. (2013) polymorfier i DNA-reparation gener i en kohorte af prostatakræft patienter fra forskellige områder i Spanien: forskellene mellem forskellige befolkninger som Confounding Factor i Association Studies. PLoS ONE 8 (7): e69735. doi: 10,1371 /journal.pone.0069735

Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA

Modtaget: Maj 2, 2013; Accepteret: 12 jun 2013; Udgivet: 23 Jul 2013

Copyright: © 2013 Henríquez-Hernández et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af en bevilling fra Instituto de Salud Carlos III (Ministerio de Economía y Competitividad fra Spanien), ID: PI12 /01867. Almudena Valenciano har en bevilling fra Instituto Canario de Investigación del CANCER (ICIC). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

Genetiske polymorfier er varianter af genomet, der vises af mutationer i nogle personer, overføres til afkom og erhverve nogle frekvens (mindst 1%) i befolkningen efter mange generationer. Polymorfier er grundlaget for udviklingen, og dem, der er konsolideret kan være tavse eller give fordele til enkeltpersoner, men kan også være involveret i sygdomsudvikling [1]. De hyppigste polymorfier er single nucleotide (SNP’er). Den etniske oprindelse af en population afgør fordelingen af ​​genotyper i en population, og har ikke at være lig med andre. Desuden observerede forskelle i populationer af samme etniske oprindelse antyder, at race ikke er en tilstrækkelig faktor til at sikre ensartethed i prøven. I den forstand er det kendt tilstedeværelsen af ​​flere væsentlige akser lagdeling, mest fremtrædende i en nordlig-sydøstlige trend, men også langs en øst-vest-akse, blandt genotypen distribution af europæiske befolkning [2]. I Spaniens tilfælde, selv om befolkninger lever den iberiske halvø viser en betydelig genetisk homogenitet [3], er der fund tyder på, at Northwest afrikanske påvirkninger eksisterende blandt de spanske populationer og disse forskelle kan øge risikoen for falske positiver i genetiske, epidemiologiske undersøgelser [4 ].

strålebehandling (RT) er en effektiv behandling, der tilbydes patienter med lokaliseret prostatacancer som et levedygtigt alternativ til kirurgi [5]. Selv om begge behandlingsformer viste sammenlignelige resultater i form af overlevelse [6], er de væsentligste forskelle mellem dem relateret til bivirkninger. Tumor kontrol ved RT kræver anvendelse af maksimal dosis, som kan afgives samtidig opretholde en tolerance risiko for normalt væv toksicitet, er klinisk toksicitet den faktor, der begrænser effektiviteten af ​​behandlingen [7]. Rolle genetik i svaret fra normale væv til RT er almindeligt accepteret af det videnskabelige samfund, og det ville hjælpe at forklare, hvorfor patienter behandlet med RT opleve en stor variation i normalt væv toksicitet, selv når lignende doser og tidsplaner administreres [8 ]. Stråling forårsager tabet af struktur og funktion af de fleste biologiske molekyler, herunder DNA. Den individuelle DNA-reparation kapacitet består af flere mekanismer (nukleotid og base excision reparation, homolog rekombination, ikke-homolog endjoining, mismatch reparation og telomer metabolisme) og den enkeltes evne til at reparere beskadiget DNA kan modificere responset af tumorvæv og normalt væv for stråling [9]. Således har undersøgelser af kandidatgener været fokuseret på gener hovedsageligt involveret i DNA-skader anerkendelse og reparation (f.eks, ATM, XRCC1, XPD, ERCC1, LIG4, og TP53 blandt andre), og også i fri radikaler (f.eks SOD2), eller anti-inflammatorisk reaktion (f.eks TGFB1).

Sammenhængen mellem SNPs og stråling toksicitet har været dybt udforsket [10] og talrige konsortier er blevet dannet for at identificere fælles genetiske variationer forbundet med udviklingen af ​​stråling toksicitet [ ,,,0],11]. Selvom lovende, det samlede resultat mislykkedes på valideringsstadiet [12], og i dag, udvikling af en SNP signatur tilknyttet til forudsigelse af toksicitet er stadig langt væk. Selv om denne manglende association kunne forklares ved forskellige årsager (tilstedeværelse af forstyrrende faktorer, utilstrækkelig prøve størrelse, og manglende konsensus i den metode, der anvendes i form af genotypebestemmelse, statistik, og selv i sortering af stråling toksicitet) [13], den heterogenitet af de undersøgte populationer er en faktor, hvis virkning er blevet almindeligt undervurderet.

med alle disse antagelser i tankerne, designet vi en undersøgelse havde til formål at evaluere den genotypiske fordeling af 10 SNPs i 6 forskellige gener involveret i DNA-reparation og klassisk forbundet for stråling-induceret toksicitet, i en bred række af spanske prostatacancer-patienter, for at bestemme homogeniteten af ​​befolkningen, og at oplyse potentielle undervurderet konfoundere i associationen mellem SNP’er og stråling toksicitet.

Materialer og metoder

1. Patienter

I alt 601 patienter med ikke-metastaserende lokaliseret prostatacancer (PSA) blev inkluderet i undersøgelsen. Geografisk fordeling af patienterne var som følger (tabel 1): 91 (15,14%) fra Andalusien, 51 (8,48%) fra Baskerlandet, 238 (39,60%) fra Canary og 221 (36,77%) fra Catalonien. Alle patienter var fra spansk oprindelse og alle af dem har modtaget skriftligt informeret samtykke før prøvetagning. Alle deltagere forudsat at deres skriftligt informeret samtykke til at deltage i denne undersøgelse. Undersøgelsen blev godkendt af udvalget Forskning og etik i hver institution deltager i undersøgelsen: Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín (Las Palmas de Gran Canaria), Hospital de la Esperanza. Parc de Salut Mar (Barcelona), Hospital Universitario Virgen de las Nieves (Granada), Hospital Universitari de Bellvite (L’Hospitalet de Llobregat), Onkologikoa (Guipuzcoa), Institut Català d’Oncologia (L’Hospitalet de Llobregat), Hospital de la Santa Creu i Sant Pau (Barcelona) og Hospital Universitario Virgen del Rocío (Sevilla).

2. DNA Isolation og kvantificering

Alle Blodprøverne blev sendt til Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín for DNA-ekstraktion og efterfølgende analyser. DNA blev isoleret fra 300 pi hel-blod i et iPrep rensningssystem (Applied Biosystems, Foster City, CA) ved hjælp af iPrep ™ PureLink ™ gDNA Blood Kit (Applied Biosystems). DNA blev kvantificeret, og kvaliteten af ​​prøverne blev bestemt i en NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, DE).

3. Gener og SNP’er

I alt 10 SNPs i 6 forskellige vigtige gener involveret i DNA-reparation blev undersøgt: X-ray reparation cross-komplementerende protein 1 (XRCC1) [14], [15], excision reparation grænseoverskridende supplere gnaver reparation mangel, komplementering gruppe 2 (ERCC2) [16], excision reparation cross-komplementerende gnaver reparation mangel, komplementering gruppe 1 (ERCC1) [17], ligase IV (LIG4) [18], ataksi telangiectasia muteret (ATM) [ ,,,0],19], og tumor protein p53 (TP53) [20]. Fordi RT retsakter producere DNA-skader og genetisk variation i DNA-reparation og skade responset ændre følsomhed over for strålebehandling, har disse SNPs været klassisk forbundet for stråling-induceret toksicitet i flere tumortyper. Beskrivelse af SNP’er er indeholdt i tabel 2.

4. Genotypebestemmelse

SNP genotypning blev lavet i en Biotrove OpenArray® NT Cycler (Applied Biosystems). DNA for OpenArray (OA) blev fortyndet til en koncentration på 50 ng /pl og et forhold mellem A260 /A280 og A260 /230 af 1,7-1,9. blev anvendt i alt 300 ng genomisk DNA. En endelig mængde på 150 ng blev indarbejdet i array med den autoloader og genotypebestemmes i henhold til producentens anbefalinger. En ikke-template-kontrol (NTC) bestående af DNase-fri dobbeltdestilleret vand blev indført i hvert assay. Når DNA og master mix blev overført, blev lastet OA plade fyldt med en fordybelse væske og forseglet med lim. Multiplex TaqMan assay blev udført i en Dual Flat Block (384 brønde) GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) med følgende PCR-cyklus: et indledende trin ved 93 ° C i 10 minutter efterfulgt af 50 cykler af 45 sekunder ved 95 ° C, 13 sekunder ved 94 ° C og 2 minutter, 14 sekunder ved 53 ° C; efterfulgt af et sluttrin i 2 minutter ved 25 ° C og henstand ved 4 ° C.

Fluorescens resultater blev aflæst under anvendelse af OpenArray® SNP Genotypebestemmelse Analysis softwareversion 1.0.5. (Applied Biosystems). Genotypebestemmelse analyse blev foretaget med TaqMan Genotyper softwareversion 1.0.1. (Findes på: ttp: //www.invitrogen.com/site/us/en/home/Global/forms/taqman-genotyper-software-download-reg.html) hjælp autocalling som opkaldet metode. Kvaliteten Værdien af ​​datapunkter genotype blev bestemt ved en tærskel, over 0,95. Genotypebestemmelse analyse blev udført for hver population separat (figur 1).

Hver graf viser en spredt plot af en allel (FAM probe) versus den anden allel (VIC probe). De prøver, der er homozygote vises i blå eller rød; heterozygote prøver indeholder fluorescens fra begge sonder og vises i grønt. De NTC vises i lyseblå firkanter og repræsenterer baggrundsfluorescens fra prøver uden template-DNA. Prøver, der ikke bestemmes vises som sorte punkter og prøver ikke amplificeret vises som orange punkter. De scatter plots blev opnået fra TaqMan Genotyper softwareversion 1.0.1.

5. Statistisk analyse

Genotype og allele frekvenser blev bestemt ved hjælp af web-baseret miljø SNPator (SNP analyse Til Resultater fra Spaniens nationale Genotypning Center og Statens Institut for Bioinformatik) [21]. Relativ overskydende heterozygositet blev bestemt til at kontrollere foreneligheden af ​​genotypefrekvenser med Hardy-Weinberg ligevægt (HWE). Således blev p-værdier fra standard nøjagtige HWE manglende fit test beregnet under anvendelse SNPator. Sammenligninger af genotypiske og allele frekvenser blandt befolkninger, samt haplotype analyser blev også udført i SNPator.

Principal komponent analyse (PCA) blev foretaget ved hjælp af SnpMatrix og XSnpMatrix klasser og metoder [22], gennemføres som en R pakke og fås fra BioConductor (fra version 2.11, https://bioconductor.org). Den består i omdannelsen af ​​det sæt af originale variabler i et andet sæt af variabler – hovedkomponenter – fremstillet som en lineær kombination af disse. De nye variabler bevarer alle de oplysninger, men de fleste af de vigtigste komponenter har så lille variabilitet, som kan ignoreres. Således kan få komponenter (generelt 3 eller færre) repræsenterer og forklare rimelighed sættet af objekter af prøven uden tab af information. PCA reducerer kompleksiteten af ​​data og tillader grafisk repræsentation af de variabler

Ikke-overvåget hierarkisk klyngedannelse [23] af SNP i hver population blev foretaget ved hjælp MultiExperiment Viewer (findes på: www.tigr.org). . Clustering blev fremstillet ved anvendelse euklidiske afstand korrelation og gennemsnitlig binding. Til succes udføre klynger, var vilde homozygot kodet som -1, heterozygote som 0 og muterede homozygote som 1.

Alle yderligere statistiske analyser blev udført ved hjælp af PASW Statistics 15 (IBM Corporation, Armonk, NY, USA).

Resultater

alle de genotypeprøver mødtes kvalitetskriterier som anført ovenfor, og alle prøver blev genotypebestemmes med samme parti materiale på samme tid. I alt 601 PCA patienter blev genotype i 10 SNPs. Af de 6.010 mulige afgørelser, blev 94,36% succes genotype. De takster blandt befolkninger var (median (område)): 79,5% (68,1-91,2%) for Andalusien, 100% (80,4-100%) for Baskerlandet, 97,7% (94,5-99,2%) for Canary, og 97,9% (83,3-99,1%) for Catalonien

genotypiske og allele frekvenser er vist i tabel 3. en relativ overskud af heterozygositet, hvilket indikerer en afvigelse fra HWE, blev observeret i 4 SNPs fra 2 forskellige populationer:. rs25487 ( XRCC1) i emner fra Catalonien og rs13181 (ERCC2), rs11615 (ERCC1) og rs180057 (ATM) i fag fra Andalusien (tabel 3). Den genotype fordeling var forskellig mellem undersøgelsens befolkninger i 4 af de 10 SNP’er: rs25487, rs13181, rs11615, og rs1805386 (LIG4) (χ

2 test, tabel 3), der viser en differentieret fordeling af genotyper blandt befolkningerne. En ikke-overvåget hierarkisk klynge blev udført forsøg på at visualisere forskellene i genotypen fordelinger mellem de fire populationer. Som vist i figur 2, blev polymorfier fordelt i to hovedgrupper, hver med forskellige antal og identitet af SNP’er, hvilket tyder heterogenitet blandt populationer. Desuden blev det webbaserede værktøj SNPator bruges til at sammenligne befolkninger individuelt én mod én. Forskelle i genotypiske distributioner var hovedsageligt til stede mellem Andalusien og de andre populationer (χ

2 test, tabel 4). Ifølge dette resultat, befolkningerne fra Catalonien og Andalusien viste de største forskelle, med 3 SNPs (rs25487, rs13181 og rs11615) forskelligt fordelt PCA patienter fra begge populationer.

Clustering blev foretaget ved hjælp af euklidiske afstand korrelation og gennemsnitlige kobling, og blev behandlet og vises med MultiExperiment Viewer (https://www.tigr.org). Den dendogram viser gruppering af SNPs. Symbolet genet blev tilsat til at identificere hver SNP. Linjer under hvert panel viser de to vigtigste klynger genereret. Vejviser

Principal komponent analyse (PCA) blev udført at forsøge at identificere de globale forskelle blandt befolkningerne. Komponenterne 1 og 2 var ansvarlige for 15,3% og 14,3% af variansen hhv. Når begge dele blev plottet, hovedkomponenterne syntes ikke at diskriminere mellem populationer (figur 3A). Men når komponenter blev analyseret separat, kunne den første skelne mellem befolkningerne i Andalusien og Catalonien (figur 3B), der bekræfter de observerede i tabel 4 resultater og tydeligt viser forskellene i fordelingen af ​​genotyper mellem de analyserede befolkninger.

Symboler i plot A: ° (sort), Andalusien; Δ (rød), Baskerlandet; + (grøn), Kanariske; × (blå), Catalonien. Forkortelser i plot B: Og Andalusien; Basq, Baskerlandet; Kan, Canary; Kat, Catalonien.

Endelig haplotype analyse blev udført i SNPator. Som vist i tabel 5 er de tre hyppigste haplotyper var forskellige blandt populationer. Således for SNPs i kromosom 11 (dem, der findes i ATM-gen), haplotypen GG var fraværende i den andalusiske befolkning. For SNPs i kromosom 13 (dem, der findes i LIG4 gen), haplotyper GG og AA viste en anden fordeling blandt befolkningerne. I tilfælde af SNPs i kromosom 19 (dem placeret i XRCC1, ERCC2 og ERCC1 gener), haplotype CCGGG var kun til stede i PCA patienter fra Canary og Catalonien, mens haplotype CCGTG var kun til stede i PCA patienter fra Andalusien og Baskerlandet. Det faktum, at de hyppigste haplotyper var ens i alle populationer tyder på en lighed mellem individer af samme etnicitet.

Diskussion

Radiogenomics er studiet af genetiske varianter, primært enkelt nukleotid polymorfier (SNPs), der er forbundet med udviklingen af ​​strålebehandling toksicitet, i et forsøg på at finde et assay i stand til at forudsige, hvilke kræftpatienter er mest tilbøjelige til at udvikle uønskede virkninger efter RT [9]. Forudsigelsen af ​​normalt væv toksicitet ville tillade justering af strålingsdoser individuelt for hver patient, især når højere stråling dosisniveauer er forbundet med forbedrede biokemiske kontrol resultater og reduktion i fjernmetastaser i PCA patienter [24]. Rolle genetik i stråling-toksicitet er blevet bevist [25]. I den forstand, genetik synes at bidrage til at forklare den høje inter-individuel variation observeret mellem tilfælde, selv når patienterne er ens og behandles med det samme behandlingsprogram [26]. Men selv om det er blevet offentliggjort en masse bibliografi rapportering forprogrammeret rolle nogle SNPs i normale væv toksicitet, har valideringsundersøgelserne mislykkedes, at sætte spørgsmålstegn ved nytten af ​​SNPs som et redskab til at forudsige stråling-induceret toksicitet [12].

Population association mellem genotype på et bestemt locus og en binær egenskab (såsom tilstedeværelse /fravær af strålingsinduceret toksicitet) kan opstå på tre måder [27]: i) locus kan være kausalt relateret til sygdom ( forskellige alleler der bærer forskellige risici), ii) locus kan ikke selv være afslappet (men kan være tilstrækkeligt tæt på en kausal locus som at være i bindingsuligevægt pinsemandag det), eller iii) tilknytning kan skyldes confounding efter populationsstratificering eller blanding. Confounding kan handle for at skabe befolkningens forening i mangel af en afslappet link eller tilsløre et afslappet forhold. Således er det vigtigt at udelukke falsk forening ved passende udformning og /eller analyse af undersøgelser, taget i betragtning, at bias, der skyldes systematiske fejl (såsom valg bias eller skævheder i måling resultater) fortsætter som prøve størrelse øges. Confounding ville opstå, hvis populationen indeholdt adskillige etniske grupper, hvis allelfrekvenser ved locus af interesse afveg mellem grupper, og hvis sygdom frekvens afveg også mellem grupper af årsager helt uden forbindelse med locus af interesse. Det er kendt, at etnisk påvirker anvendeligheden af ​​farmakogenetik [28].

Canary befolkning, samt resten af ​​populationer inkluderet i denne undersøgelse, betragtes som Caucasian. Men den naturlige historie, for eksempel, Canary og Baskerlandet, er forskellige. Således, mens Canary befolkning har indflydelse fra Northwest Afrika migration og europæisk kolonisering [29], baskere har en anden oprindelse [30]. Men i en nylig offentliggjort papir, 30 personer fra 10 forskellige populationer fra Spanien (De Kanariske befolkning blev ikke medtaget i denne undersøgelse) blev genotype i 120 SNPs, konkluderede, at de undersøgte populationer var genotypisk lignende [3]. Ingen af ​​SNP’er behandles i den foreliggende undersøgelse blev inkluderet i denne tidligere artikel. Vi fandt, at genotype distribution af 4 SNPs var anderledes blandt befolkninger fra Andalusien, Baskerlandet, Canary og Catalonien. Vi sammenlignede vores resultater med den største gruppe af PCA patienter analyseret i Spanien [31]. I alt 698 galiciske PCA patienter blev screenet for 14 SNPs beliggende i ATM, ERCC2, LIG4, MLH1 og XRCC3 gener. Tre af disse SNPs indgik i vores multicenter studie: rs1805388 (LIG4), rs1805386 (LIG4) og rs1800057 (ATM). Genotypiske fordelinger af rs1805388 og rs1805386 var signifikant forskellige blandt galiciske samt befolkningsgrupper indgår i nærværende undersøgelse (χ

2 test, p = 0,001 og p = 0,007, henholdsvis), fremhæver variabilitet mellem populationer af samme etnicitet (kaukasiere) fra samme land afhængig af hver SNP. Ifølge vores resultater, Andalusien var befolkningen forskelligt fordelt, viser den største forskel med catalansk (resultater observeret i ×

2 analyser og PCA). Forskelle blandt populationer var også tydeligt i haplotype analyse og efterfølgende distribution. Disse resultater tyder på, at hver SNP skal overvejes individuelt, forsøger at finde mulige forstyrrende variabler, der ville være afgørende for fortolkningen af ​​resultaterne. I case-control studier, som er den sædvanlige type design i undersøgelser for at opdage sammenhænge mellem SNPs og stråling toksicitet, den grundlæggende antagelse er, at disse to serier af emner (kontroller og sager) kan anvendes til at give upartiske skøn over de tilsvarende fordelinger blandt påvirkede og upåvirkede medlemmer af en underliggende population [27]. Denne grundlæggende antagelse kan ikke opfyldes i praksis, hvilket fører til biased resultater, der falder i to brede klasser: selektionsbias forårsaget af uhensigtsmæssig prøvetagning af sager og kontroller, og information skævhed forårsaget af differential målefejl i tilfælde og kontroller. Når confounding variable registreres i undersøgelsen, den klassiske metode i epidemiologi, er ved lagdeling af analysen af ​​den potentielt confounding variable og teste for association mellem faktorer af interesse (dvs. genotype) og sygdom i lag (dvs. kvaliteter af stråling-induceret toksicitet ). Bekymring over tilstedeværelsen af ​​bias fra befolkningen lagdeling i genetiske case-kontrol-undersøgelser bør afhjælpes ved korrekt design og analyse af case-control studier, evaluering af sandsynligheden for større skævhed i en given undersøgelse [32], og hvis det er nødvendigt, metoder til korrektion [33].

Den foreliggende undersøgelse har nogle begrænsninger, der bør bemærkes. Først alle fag var PCA patienter og genotype frekvens kan være anderledes, hvis det sammenlignes med en befolkning på raske forsøgspersoner. Men i undersøgelser med henblik på at vurdere mulige sammenhænge mellem SNPs og stråling toksicitet, kontroller er patienter med null-lav grad af toksicitet, og sager er patienter med høj grad af toksicitet, men alle emner er kræftpatienter. Således kunne denne begrænsning betragtes som en fordel, fordi det efterligner standard design af sådanne undersøgelser. For det andet er antallet af forsøgspersoner fra den anden population varierer meget. det faktum, at de væsentligste forskelle ikke fandtes i befolkningen med det mindste antal patienter (Baskerlandet, med 51 PCA) tyder dog på, at denne begrænsning ikke kan være afgørende for fortolkningen af ​​resultaterne. Desuden, hvis heterogenitet blandt populationer betragtes som en systematisk skævhed, den er uafhængig af prøvens størrelse. For det tredje, at blinde analysen, ingen kliniske data vedrørende patienter var til rådighed, der er, er der ikke data om TNM mellemstationer, tumor kvalitet, biokemisk fiasko, eller Gleason Score. I den forstand er det muligt, at nogle polymorfi kan påvirke tumor egenskaber på samme måde, at det kan udgøre en risikofaktor for andre sygdomsområder egenskaber [34], [35]. I den anden side bør nogle fordele fremhæves: i) det indeholder en række fag tilstrækkeligt at have pålidelige data om fordelingen af ​​disse 10 SNPs i PCA undersøgte populationer (især for Canary og Catalonien); ii) alle fag var mænd, så man undgår den mulige skævhed genereret af køn; og iii) alle bestemmelser (6010 i alt) blev udført med samme metode (OpenArray, Applied Biosystems), med samme batch af chips og af samme investigator, hvilket minimerer afvigelser fra teknisk oprindelse.

Konklusioner

Forskelle i fordelingen af ​​genotyper inden for forskellige populationer af samme etnicitet kunne være et vigtigt confounding faktor er ansvarlig for den manglende validering af disse SNPs forbundet med stråling-induceret toksicitet, især når omfattende meta-analyse med fag fra forskellige lande gennemføres [36]. Vores resultater tyder på, at ligestilling mellem mennesker (især blandt dem, der betragtes som kontrol) bør kontrolleres før du fortsætter med nogen yderligere analyse.

Tak

Vi takker teknisk støtte fra Immunology Department (Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín) personale: Nereida González-Quevedo og Yanira Florido-Ortega. Særlig tak til Eduardo Salazar Villaverde for bistand til forberedelse tal.