PLoS ONE: KRASness og PIK3CAness hos patienter med fremskreden kolorektal cancer: Outcome efter Behandling med Early-Fase Forsøg med målrettet Pathway Inhibitors

Abstrakt

Formål

At evaluere clinicopathologic og molekylære funktioner i patienter med metastatisk kolorektal cancer (mCRC) og deres resultater med forsøg tidlige fase ved hjælp af pathway-målrettede midler.

patienter og metoder

Vi analyserede karakteristika 238 patienter med mCRC henvist til forsøgene fase 1 enhed på MD Anderson Cancer center.

KRAS

,

PIK3CA

BRAF

status blev testet ved hjælp af PCR-baseret DNA-sekventering.

Resultater

Fifty-én procent af patienterne nærede

KRAS

mutationer; 15% havde

PIK3CA

mutationer. I multivariate regressionsmodel for kliniske karakteristika

KRAS

mutationer var forbundet med en øget forekomst af lunge- og knoglemetastaser og nedsat forekomst af adrenal metastaser;

PIK3CA

mutationer blev marginalt korreleret med mucinøse tumorer (p = 0,05). I univariat analyse,

KRAS

PIK3CA

mutationer blev stærkt associeret. Avanceret Duke etape (p 0,0001) og

KRAS

mutationer (p = 0,01) var de eneste signifikante uafhængige prædiktorer for dårlig overlevelse (Cox proportional hazard model). Patienter med

PIK3CA

mutationer havde en tendens til kortere progressionsfri overlevelse ved behandling med anti-EGFR behandlinger (p = 0,07). Atten af ​​78 evaluerbare patienter (23%) behandlet med PI3K /Akt /mTOR akse hæmmere opnåede stabil sygdom [SD] ≥ 6. måned eller komplet respons /partielt respons (CR /PR), kun én af dem var i undergruppen (N = 15) med

PIK3CA

mutationer, måske fordi 10 af disse 15 patienter (67%) havde sameksisterende

KRAS

mutationer. Ingen SD ≥ 6. måned /CR /PR blev observeret i de 10 patienter behandlet med mitogenaktiverende protein kinase (MAPK) pathway rettet mod narkotika.

Konklusioner

KRAS

PIK3CA

mutationer ofte sameksistere i patienter med colorectal cancer, og er forbundet med kliniske karakteristika og resultat. At overvinde modstand kan kræve målrette begge veje

Henvisning:. Garrido-Laguna I, Hong DS, Janku F, Nguyen LM, Falchook GS, Fu S, et al. (2012) KRASness og PIK3CAness hos patienter med fremskreden kolorektal cancer: Outcome efter Behandling med Early-Fase Forsøg med målrettet Pathway Inhibitors. PLoS ONE 7 (5): e38033. doi: 10,1371 /journal.pone.0038033

Redaktør: Rui Manuel Reis, University de Minho, Portugal

Modtaget: December 30, 2011; Accepteret: April 30, 2012; Udgivet: 31. maj 2012 |

Copyright: © 2012 Garrido-Laguna et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette arbejde blev støttet af Grant nummer RR024148 fra National center for Research Resources, en komponent i NIH køreplanen for Medical Research. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

der er stigende opbakning til konceptet, at specifikke mutationer forudsige de kliniske manifestationer og respons på behandling af patienter med kræft. I kolorektal cancer,

RAS

mutationer har modtaget montering kontrol. Især aktiverende mutationer i

KRAS

drive resistens over for anti-EGFR terapier i patienter med metastatisk sygdom. [1], [2] Men en delmængde af personer med

KRAS

mutationer (p.G13D) kunne drage fordel af anti-EGFR behandlinger. [3] rolle

PIK3CA

mutationer i forudsige resistens over for anti-EGFR behandlinger er blevet drøftet, med indledende undersøgelser nå modsatrettede konklusioner. [4], [5] For nylig viste en multicenter retrospektiv undersøgelse, at

PIK3CA

mutationer i exon 20 var involveret i resistens mod anti-EGFR behandlinger, mens mutationer i exon 9 ikke var. [6] Endelig viste vores gruppe, at aktiverende mutationer i

PIK3CA

kan forudsige respons på PI3K /Akt /mTOR-hæmmere. [7]

Her gennemgår vi de kliniske og molekylære karakteristika patienter med metastatisk kolorektal cancer (mCRC), som blev henvist til vores kliniske forsøg enhed. Formålet med undersøgelsen var at identificere kliniske karakteristika forbundet med

KRAS

PIK3CA

mutationer, og resultater på tidlige kliniske forsøg med PI3K /Akt /mTOR og MAPK-hæmmere.

Resultater

Patient kendetegn

Patient og tumor clinicopathologic egenskaber for undersøgelsens patienter de 238 er anført i tabel 1. Fifty-fire procent af patienterne var mænd. Halvfjerds-én procent af patienterne var over en alder af halvtreds. De fleste patienter (69%) var kaukasere. De mest almindelige steder for metastaser var lever, lymfeknuder og lunge, fundet i 83%, 75% og 72% af patienterne. Alle 238 patienter blev testet for

KRAS

status. Et-hundrede-og-tyve-to patienter (51%) havde

KRAS

mutationer. Af de 168 patienter testet for

PIK3CA

mutationer, 25 (15%) havde en mutation. Af de 173 patienter testet for

BRAF

mutationer, 11 (6%) havde en mutation.

Hyppigheden af ​​

KRAS

Mutation undertyper

Dernæst vurderede vi forekomsten af ​​forskellige typer af

KRAS

mutationer. Placeringen af ​​

KRAS

mutationer var til rådighed i 108 ud af 122 patienter. Den hyppigste

KRAS

mutation var p.G12D (31 patienter [29%]), efterfulgt af p.G12V (23 patienter [21%]), p.G12A (14 patienter [13%]) og p.G13D (13 patienter [12%]). Andre mutationer forekom følgende lave forekomster: p.G12C (11 patienter [10%]), p.G12S (8 patienter [7%]), p.Q61H (5 patienter [5%]) og p.G12R, s .G13C og p.G12F, en patient hver (1%).

Evaluering af “KRASness”

kliniske karakteristika.

Patienter med

KRAS

mutationer (N = 122) havde en højere forekomst af lunge (79% [96/122] vs. 66% [76/116], p = 0,03) og knoglemetastaser (20% [24/122] vs. 9% [ ,,,0],11/116], p = 0,03) sammenlignet med dem med vildtype

KRAS

(N = 116).

for yderligere at vurdere sammenhængen mellem

KRAS

mutationer og forskellige kliniske funktioner i patienter med colorectal cancer, vi monteret univariate og multivariate logistiske regressionsmodeller. De univariate modeller foreslået, at patienter med

KRAS

mutationer havde en højere sandsynlighed for at have lunge (p = 0,02) og knoglemetastaser (p = 0,03) (tabel 2). Vi monteret en multivariat model herunder de variable med univariate p-værdier 0,5 i den fulde model. Efter baglæns model valg, viste den multivariate model, øget lunge og knoglemetastaser og nedsat adrenal metastaser er signifikant associeret med

KRAS

mutationer (tabel 2)

molekylære karakteristika.

En-hundrede-og-tres-otte patienter havde test for både

KRAS

og

PIK3CA

mutationer. Halvdelen af ​​patienterne testes (N = 84) havde en

KRAS

mutation og en halv (N = 84) ikke gjorde. Sammenlignet med

KRAS

vildtype patienter, patienter huser

KRAS

mutationer oftere haft

PIK3CA

mutationer (21% [18/84] vs. 8% [7 /84], p = 0,03). Som tidligere rapporteret,

BRAF

KRAS

mutationer var gensidigt udelukkende (173 patienter testet for begge) (tabel 1). [6]

PIK3CA

mutationer var signifikant associeret med

KRAS

mutationer i univariate modeller (p = 0,03). Af interesse, da vi indførte molekylære funktioner i den kliniske multivariate model (dvs.

PIK3CA

status), den eneste variabel er forbundet med

KRAS

mutationer var

PIK3CA

(data ikke vist).

KRAS

Mutationer var forbundet med en kortere OS

Vi har udført en univariat analyse af overlevelse for forskellige patientkarakteristika, herunder alder, køn, race, tumortype (mucinøs vs. ikke), hertugens scenen på diagnose, stedet primær tumor,

KRAS

,

BRAF

og

PIK3CA

mutationer. I den multivariate analyse, hertugens scenen på diagnose og

KRAS

status var væsentlige prædiktorer for overlevelse (

KRAS

HR 1,71, 95% CI 1,11-2,62) (tabel 3). Den mediane OS fra diagnosetidspunktet for patienter med

KRAS

mutationer var 57,5 ​​måneder (95% CI: 50.0-64.8 måneder), mens der for

KRAS

vildtype-patienter den mediane OS var 89,5 måneder (95% CI 63.5-120.1 måneder) (log-rank p = 0,007) (Figur 1).

Patienter med

KRAS

vildtype mCRC havde længere OS i forhold til

KRAS

mutant patienter (kryds mærker repræsenterer patienterne stadig i live på tidspunktet for sidste opfølgning).

Vi vurderede også, om forskellige typer af

KRAS

mutationer var forbundet med overlevelse. Vi fandt ingen forskelle i OS på tværs af forskellige typer af

KRAS

mutationer. For eksempel er den gennemsnitlige OS for patienter med en kodon 12-mutation var 57,5 ​​måneder (95% CI 50-62.2 måneder), og den mediane OS for patienter med en kodon 13-mutation var 56,8 måneder (95% CI 28.8- ikke estimerbar) (log -rank p-værdi = 0,52). Vi vurderes yderligere OS, som defineret af den specifikke type aminosyre involveret i de forskellige mutationer. Til denne analyse holdt vi kun undergrupper med mindst 10 observationer (tabel S1). Der var ingen forskel i OS. Men antallet af patienter i hver undertype gruppe var, lille, fra 11 til 31, er til hinder endelige konklusioner.

Evaluering af “PIK3CAness”

kliniske funktioner.

Til vurdere sammenhængen mellem

PIK3CA

mutationer og forskellige kliniske funktioner i patienter med colorectal cancer, forsøgte vi at passe univariate og multiple logistiske regressionsmodeller. Den univariat model foreslået, at patienter med

PIK3CA

mutationer oftere havde mucinøse tumorer (p = 0,04). De havde også en tendens til at have mindre hyppige levermetastaser sammenlignet med patienter med

PIK3CA

vildtype-tumorer (OR 0,40, p = 0,07) (tabel 4). I den multivariate analyse, mucinøse tumorer var marginalt signifikant (p-værdi = 0,05), med patienter, der har mucinøse tumorer oftere at have

PIK3CA

mutationer (OR 2,61; 95% CI 0,99-6,87). Desuden viste alder en uge tendens (p-værdi = 0,15), med ældre patienter mindre hyppigt at have

PIK3CA

mutationer (OR 0,52; 95% CI 0,22-1,26). Som tidligere nævnt,

PIK3CA

status var ikke en uafhængig variabel forudsige overlevelse i multivariat analyse.

molekylære karakteristika.

168 (71%) af patienterne blev testet for

PIK3CA

mutationer. Af de 143 patienter med vildtype

PIK3CA

, 66 (46%) havde

KRAS

mutationer. Af de 25 (15%) patienter med

PIK3CA

mutationer, 18 (72%) havde

KRAS

mutationer (p = 0,03) (tabel 1). Af de 147 patienter testet for både

PIK3CA

og

BRAF

, én patient (0,7%) havde begge mutationer. En nylig rapport viste, at

PIK3CA

mutationer i exon 20 var involveret i resistens mod anti-EGFR behandlinger, mens mutationer i exon 9 ikke var. [6] Yderligere, selv om

KRAS

mutationer menes at forudsige resistens mod EGFR inhibitor behandling, en undergruppe af personer med

KRAS

p.G13D mutationer kan stadig drage fordel af anti-EGFR behandlinger. [3] Vi har derfor analyseret koeksistenser

PIK3CA

mutationer (exon 9 og 20) i patienter med

KRAS

mutationer. Vi fandt, at patienter med

KRAS

p.G13D mutationer havde den laveste forekomst af

PIK3CA

mutationer (10%) sammenlignet med patienter med

KRAS

p.G12A (36% havde

PI3KCA

mutationer), p.G12C (33%), p.G12D (22%) og p.G12V (12%). Desuden er ingen af ​​de ni patienter med

KRAS

p.G13D mutationer havde en

PIK3CA

mutation i exon 20, mens

PIK3CA

mutationer i exon 20 blev fundet i alle andre typer af

KRAS

mutationer (tabel S2). Men det lille antal patienter udelukker tegning nogen statistisk signifikante konklusioner.

PFS på anti-EGFR behandling.

Vi analyserede PFS hos patienter behandlet med anti-EGFR behandlinger (Cetuximabs eller panitumumab). Patienter med

KRAS

mutant mCRC behandlet med anti-EGFR behandlinger (N = 24) havde kortere PFS sammenlignet med patienter med vildtype

KRAS

(N = 98) (15 vs. 22 uger , p = 0,01). Inden for gruppen af ​​testet for patienter

PIK3CA

mutationer, der modtog anti-EGFR behandlinger, patienter med

PIK3CA

mutationer (N = 9) havde en tendens til en kortere PFS end

PIK3CA

vildtype patienter (N = 82) (17 vs. 22 uger, p = 0,07) (Figur S1)

reaktion på PI3K /Akt /mTOR-hæmmere eller MAP kinase Pathway Inhibitors:. konsekvenser af sameksistens af

PIK3CA

KRAS

mutationer

Firs patienter blev behandlet på fase 1-protokoller, der indeholder PI3K /Akt /mTOR-hæmmere (NCT00454090, NCT00554268, NCT00610493, NCT00687622, ​​NCT00726583, NCT00731263 , NCT00756847, NCT00761644, NCT00770731, NCT00880321, NCT00920257, NCT00940381, NCT00972686, NCT01054313, NCT01072175, NCT01087554, NCT01087983, NCT01138085, NCT01155453, NCT01263145) (www.clinicaltrials.gov). Halvfjerds-otte patienter var vurderbare for respons ved RECIST (figur 2). Af disse 78 patienter, 43 havde en

KRAS

mutation i deres tumorer og 35 var

KRAS

vildtype. Af de 43 patienter med

KRAS

-mutant sygdom, 9 (21%) opnåede SD ≥6 måneder /CR /PR; af de 33 patienter med

KRAS

vildtype, 9 (27%) havde SD ≥ 6. måned /CR /PR (Fishers eksakte test p = 0,59).

Femten patienter med

PIK3CA

mutationer blev behandlet med PI3K /Akt /mTOR-hæmmere, og én (7%) havde SD ≥ 6. måned /CR /PR; 10 af disse patienter (67%) havde en samtidig

KRAS

mutation, og ingen havde en

BRAF

mutation. Sixty-tre patienter med vildtype eller ukendt

PIK3CA

status blev behandlet med PI3K /Akt /mTOR-hæmmere, og 17 (27%) havde SD ≥ 6. måned /CR /PR (Fishers eksakte test for SD ≥ 6 måneder /CR /PR i

PIK3CA

mutant vs. vildtype p = 0,17); 33 af disse patienter (52%) havde en

KRAS

mutation.

I alt 10 patienter blev behandlet med MAPK pathway hæmmere (generelt BRAF eller MEK hæmmere). Af de patienter, fire havde

BRAF

og fem havde

KRAS

mutationer. Ingen havde

PIK3CA

mutationer. Ingen af ​​disse patienter havde SD ≥ 6. måned /CR /PR (figur 2).

Diskussion

I 238 patienter med kolorektal cancer henvises til vores kliniske forsøg enhed, vi fandt, at 122 (51 %) havde

KRAS

mutationer. Den hyppigste

KRAS

mutation undertyper var p.G12D (31 patienter [25%]), efterfulgt af p.G12V (23 patienter [19%]), p.G12A (14 patienter [11%]) og p.G13D (13 patienter [11%]). Denne forekomst af

KRAS

undertyper var i overensstemmelse med det rapporteret i Katalog over somatiske mutationer i Cancer (COSMIC) database (www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/accessed den 17. juni

th, 2011). I den multivariate analyse af kliniske karakteristika,

KRAS

mutationer var forbundet med øget forekomst af lunge- og knoglemetastaser (p = 0,05 for hver variabel) og nedsat forekomst af adrenal metastaser (p = 0,04) sammenlignet med

KRAS

vildtype patienter. Tidligere undersøgelser fundet en højere sandsynlighed for lungemetastaser hos patienter med mCRC med

KRAS

mutationer. [8], [9] På molekylært niveau, patienter huser

KRAS

mutationer oftere havde samtidig

PIK3CA

mutationer sammenlignet med personer med vildtype

KRAS Hotel (21 % vs. 8%, [p = 0,03]). Yderligere 72% af patienter med

PIK3CA

mutationer havde også en

KRAS

mutation mens kun 46% af patienter med vildtype

PIK3CA

havde en

KRAS

mutation (p = 0,03).

PIK3CA

mutationer var signifikant associeret med

KRAS

mutationer i både univariate og multivariate modeller.

Den mediane OS fra diagnosetidspunktet for patienter med

KRAS

mutationer var kortere end for dem med vildtype

KRAS

(57,5 vs 89,5 måneder, p = 0,007) (Figur 1). Desuden i multivariat analyse, hertugens scenen på diagnose og

KRAS

status var væsentlige uafhængige prædiktorer for overlevelse.

BRAF

mutationer har for nylig vist sig at være prognostisk for kortere OS hos patienter med mCRC. [10], [11] Imidlertid rolle

KRAS

status som indikator for OS er kontroversiel. En tidligere retrospektivt studie med 3.439 patienter i en multivariat overlevelsesanalyse fundet, at kun p.G12V mutationer var prædiktiv for dårlig overlevelse. Interessant var incidensen af ​​p.G12V mutationer i denne undersøgelse var betydeligt lavere end den rapporteret i COSMIC database (8% vs. 23%). En nylig undersøgelse viste øget OS hos patienter med

KRAS

vildtype mCRC behandles med den bedste understøttende behandling sammenlignet med patienter med

KRAS

-mutant mCRC. [1] Men efter forløber på understøttende behandling, patienter med

KRAS

vildtype fik lov til at krydse over til panitumumab; derfor, behandlingseffekt kan ikke helt udelukkes. Det er uklart, hvorfor forskellige undersøgelser viser modstridende data vedrørende den prognostiske effekt af

KRAS

, selvom det er tænkeligt, at dette er relateret til terapi gives og /eller andre valg faktorer.

I univariat analyse, patienter med

PIK3CA

mutationer oftere havde mucinøse tumorer (p = 0,04), og havde en tendens til mindre hyppigt have levermetastaser sammenlignet med patienter med

PIK3CA

vildtype-tumorer. Kun foreningen med mucinøs tumor var (marginalt) væsentlige i den multivariate analyse (p = 0,05).

PIK3CA

status var ikke en uafhængig variabel forudsige overlevelse i multivariat analyse. På molekylært niveau, 72% af patienter med

PIK3CA

mutationer havde sameksisterende

KRAS

mutationer. Af mulige interesse, patienter med muteret

PIK3CA

havde en tendens til en kortere PFS, når de behandles med anti-EGFR behandlinger end dem med vildtype

PIK3CA

(median = 22 uger vs. 17 uger , p = 0,07). Andre rapporter antyder også, at patienter med

PIK3CA

mutationer er mindre følsomme over for anti-EGFR terapier. [4] Men et større multicenter analyse for nylig fundet, at kun

PIK3CA

mutationer i exon 20 blev associeret med en dårligere resultat efter behandling med cetuximab. [6] Selv om flere linjer af beviser tyder på, at patienter med kolorektal cancer og

KRAS

mutationer gøre dårligt med EGFR-hæmmere, seneste data tyder på, at de personer med

KRAS

mutation p.G13D kan drage fordel af EGFR-hæmmere. [3] Vi har derfor analyseret patienter med p.G13D

KRAS

mutationer for exon 20

PIK3CA

mutationer og fandt ingen, disse mutationer blev fundet i andre

KRAS

mutante undertyper. Men det lille antal patienter vurderes udelukker, endelige konklusioner. Det kan være berettiget til at vurdere, i prospektive undersøgelser, uanset om sameksistens af exon 20 muteret

PIK3CA

i visse undertyper af

KRAS

mutant sygdom kunne bidrage til EGFR inhibitor modstand.

Firs patienter blev behandlet på protokoller indeholdende p 3K /AKT /mTOR-hæmmere, hvoraf 78 (98%) var vurderbare. 23% opnåede SD ≥6 måneder /CR /PR. Der var ingen signifikant forskel i antallet af SD ≥ 6. måned /CR /PR mellem dem med vildtype eller mutant

KRAS

. Af interesse, kun 1 patient med en

PIK3CA

mutation opnåede SD ≥6 måneder /CR /PR, når de behandles med en PI3K /Akt /mTOR-hæmmer. De fleste af disse patienter (67%) havde co-eksisterende

KRAS

mutationer, som kan forklare deres modstand. Faktisk aktivering af MAPK-vejen er for nylig blevet foreslået som en mekanisme af resistens over for PI3K-inhibitorer. [12] Alligevel, det kan være af interesse, at blandt de 13 patienter, der havde en slags reduktion tumor, 7 havde

KRAS

mutation. Sidstnævnte tyder på, at selv om satserne for SD ≥ 6. måned /CR /PR var lave, og patienter med co-eksisterende

KRAS

PIK3CA

mutationer svarede ikke, tilstedeværelsen af ​​en

KRAS

mutation alene er ikke en absolut indikator for fuldstændig modstand mod PI3K /Akt /mTOR-hæmmer-baseret behandling. Vi har for nylig rapporteret, at sameksistens af

PIK3CA

KRAS

mutationer ikke var prædiktiv af resistens over for PI3K /Akt /mTOR i patienter med kræft i æggestokkene. [13] Bestemt, sygdommen type kontekst spiller en rolle, og yderligere mutationer ikke medtaget i denne analyse kan påvirke respons på disse behandlinger. En nylig arbejde har vist, at aktivering af et komplekst netværk af feed-back loops kan fx forklare resistens over for BRAF-hæmmere hos patienter med kolorektal cancer med

BRAF

mutationer. [14]

Uventet, 27% af patienter med vildtype eller ukendt

PIK3CA

status behandlet med en PI3K /Akt /mTOR-hæmmer nået SD ≥6 måneder /CR /PR (p = 0,09). Det er muligt, at en molekylær aberration i PI3K /Akt /mTOR pathway fandtes i disse patienter, men blev ikke genkendt, og at en sådan afvigelse ikke kan have samme tilbøjelighed til at sameksistere med

KRAS

eller

BRAF

mutationer. Faktisk, tab af PTEN udtryk, der ofte indikerer en

PTEN

mutation, er blevet rapporteret hos 40% af patienter med metastatisk kolorektal cancer. [15]

I alt 10 patienter (hvoraf ni havde

KRAS

eller

BRAF

mutationer og hvoraf ingen havde

PIK3CA

mutationer) var behandlet med MAPK pathway hæmmere (generelt BRAF eller MEK-inhibitorer). Selvom antallet af patienter er små, ingen opnåede SD ≥6 måneder /CR /PR.

Vores arbejde har flere begrænsninger. Først, det er en retrospektiv undersøgelse i en enkelt institution med et relativt lille antal patienter. For det andet kunne vi ikke validere svarprocent på anti-EGFR behandlinger, da denne information ikke var til rådighed for mange af de patienter, der blev behandlet i andre end MD Anderson institutioner forud for at blive henvist til vores enhed; dermed den eneste tilgængelige kliniske resultat for disse patienter var PFS. For det tredje, alle mutationsanalyser kunne ikke gennemføres for alle patienter inkluderet i studiet på grund af begrænsede mængder af tilgængelige væv.

Som konklusion, viser vi, at

KRAS

PIK3CA

mutationer er ofte forbundet med patienter med colorectal cancer. I forbindelse med tidlige kliniske forsøg, lægemidler rettet mod den PI3K /Akt /mTOR pathway havde begrænset aktivitet i disse patienter, selv ved tilstedeværelse af

PIK3CA

mutationer, muligvis på grund af den hyppige sameksistens af aktiverende mutationer i det MAPK sti.

Metoder

patienter

Vi retrospektivt gennemgået de clinicopathologic karakteristika og kliniske resultater af 238 konsekutive patienter med mCRC, som blev set i fase 1 Clinic (Clinical center for målrettede Terapi) på The University of Texas MD Anderson Cancer center begynder i oktober 2008, og for hvem

KRAS

status var kendt. Data blev indsamlet fra transskriberede noter og radiologi rapporter i den elektroniske database for disse patienter. De steder af metastatisk sygdom blev indsamlet fra den sidste tilgængelige radiologi rapport for hver patient. Patologi blev gennemgået af en MD Anderson patolog i alle tilfælde. MD Anderson Cancer Center Institutional Review Board har godkendt undersøgelsen. Skriftligt samtykke blev givet af patienterne for deres oplysninger, der skal lagres på hospitalet databasen og bruges til forskning.

KRAS, BRAF, PIK3CA

Mutation Test

Mutation test var gjort i Clinical Laboratory Improvement Ændring-certificeret Molekylær diagnostisk Laboratorium i afdelingen for Patologi og Laboratory Medicine ved MD Anderson. DNA blev ekstraheret fra mikro-dissekeret paraffinindlejret tumor og analyseret ved en polymerasekædereaktion (PCR) -baseret DNA-sekventering metode til at undersøge kodoner 12, 13 og 61 i

KRAS

proto-onkogen. Følsomheden af ​​påvisning af denne analyse er ca 1 ud af 10 mutation-bærende celler i mikrodissekeret område. Når det er muligt, blev analyse udført for

PIK3CA

mutationer i codon [c] 532-554 af exon 9 (spiralformet domæne) og c1011-1062 af exon 20 (kinase domæne) og

BRAF

C595 -600 mutationer af exon 15 af pyrosekventering som tidligere beskrevet. [16]

Statistiske metoder

Statistisk analyse blev udført og valideret af vores statistiker (XW). Patient karakteristika er sammenfattet ved hjælp deskriptiv statistik. Sammenhængen mellem

KRAS

eller

PIK3CA

mutation status og patientkarakteristika blev vurderet ved hjælp af Fishers eksakte test. Samlet overlevelse (OS) er defineret som tidsintervallet mellem tidspunktet for diagnose og død. Patienter, som var i live, blev bedømt ved sidste opfølgning date. Progressionsfri overlevelse (PFS) blev defineret som tiden fra behandlingsstart til påvisning af progressiv sygdom eller død. Patienter, som ikke fremskridt under behandlingen blev censureret på den sidste dag i opfølgning. Sandsynlighederne for OS og PFS blev estimeret ved anvendelse af fremgangsmåden Kaplan og Meier og blev sammenlignet blandt undergrupper af patienter, der bruger log-rank test. [17], [18] Cox proportionel risiko regressions modeller blev egnet til at vurdere sammenhængen mellem OS og patientkarakteristika og

KRAS

mutation status. [19] Univariate og flere logistiske regressionsmodeller var egnet til at vurdere sammenhængen mellem

KRAS

PIK3CA

mutation og patientens kliniske karakteristika. Oprindeligt univariate logistiske regressionsmodeller kunne tåle og variable med p-værdier mindre end 0,5 indgik i multipel logistisk regressionsmodel. Vi derefter udført baglæns model udvælgelse og holdes kun de variable med p-værdier mindre end 0,05. Alle statistiske analyser blev udført ved hjælp af SAS-software (version9.2) og Splus (version 8.0).

Støtte Information

Figur S1.

Kaplan-Meier plot af progressionsfri overlevelse (PFS) og

PIK3CA

status på patienter med mCRC behandlet med et regime, herunder anti-EGFR behandlinger. Patienter med mCRC /

PIK3CA

mutant havde en tendens til en kortere PFS sammenlignet med

PIK3CA

patienter vildtype

doi:. 10,1371 /journal.pone.0038033.s001

(TIF)

tabel S1.

Median samlet overlevelse (OS) for hver gruppe af

KRAS

mutationer.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038033.s002

(DOCX)

tabel S2.

Type af

PIK3CA

mutationer findes i patienter med

KRAS

mutationer *.

doi: 10,1371 /journal.pone.0038033.s003

(DOCX)

Tak

Joann Aaron, MA, for videnskabelig redigering

.