PLoS ONE: miRNA-mRNA Correlation-Network moduler i human prostatakræft og Forskelle mellem primære og metastatiske Tumor Undertyper

Abstrakt

Nylige undersøgelser har vist bidrag miRNA til kræft patogenese. Prostatacancer er den hyppigst diagnosticerede cancer hos mænd. I modsætning til andre hovedtyper af kræft, har ingen enkelt gen blevet identificeret som værende muteret i størstedelen af ​​prostatatumorer. Dette indebærer, at udtrykket profilering af gener, herunder ikke-kodende miRNA, kan i det væsentlige variere fra enkelttilfælde af denne cancer. Den inden-class variabilitet gør det muligt at rekonstruere eller udlede sygdomsspecifikke miRNA-mRNA korrelation og lovgivningsmæssige modulære netværk ved hjælp af high-dimensionelle microarray data for prostata tumor prøver. Da miRNA og tumorsuppressorgener er normalt vævsspecifik, miRNA-mRNA moduler kan potentielt variere mellem primær prostatacancer (PPC) og metastatisk prostatacancer (MPC). Vi udførte heri en

i silico

analyse for at udforske de miRNA-mRNA korrelation netværksmoduler i de to tumor undertyper. Vores analyse identificerede 5 miRNA-mRNA modul par (parlamentsmedlemmer) for PPC og MPC, hhv. Hver MP omfatter en positiv-tilslutning (korrelation) modul og en negativ-tilslutning (korrelation) modul. Antallet af miRNA eller mRNA’er (gener) i hvert modul varierer fra 2 til 8 eller fra 6 til 622. Modulerne opdaget for PPC er mere informativ end for MPC i forhold til de implicerede biologiske indsigter. Især én negativ-tilslutning modul i PPC passer godt med den populært anerkendt miRNA-medieret post-transkriptionel regulering teori. Det vil sige, er 3’UTR sekvenser af de involverede mRNA (~620) beriget med målområdet motiver af de 7 modulære miRNA, har-miR-106b, -191, -19b, -92a, -92b, -93, og -141. Omkring 330 GO vilkår og Kegg veje, herunder TGF-beta-signalvejen, der opretholder vævshomeostase og spiller en afgørende rolle i undertrykkelsen af ​​spredning af kræftceller, er overrepræsenterede (adj.p 0,05) i den modulære gen listen. Disse beregningsmæssigt identificerede moduler giver bemærkelsesværdige biologiske beviser for indblanding af miRNA i udviklingen af ​​prostatakræft og garanterer yderligere opfølgning i uafhængige laboratorieundersøgelser

Henvisning:. Zhang W, Edwards A, Fan W, Flemington EK, Zhang K (2012) miRNA-mRNA Correlation-Network moduler i human prostatakræft og Forskelle mellem primære og metastatiske Tumor undertyper. PLoS ONE 7 (6): e40130. doi: 10,1371 /journal.pone.0040130

Redaktør: Lorenzo Chiariotti, Università di Napoli Federico II, Italien

Modtaget: Marts 19, 2012; Accepteret: 1 Jun 2012; Udgivet: 29 juni, 2012