PLoS ONE: Differential Gene Expression mellem African American og europæiske amerikanske tarmkræft Patienter

Abstrakt

Forekomsten og dødeligheden af ​​kolorektal cancer (CRC) er højere i afroamerikanere (AAS) end andre etniske grupper i US, men årsagerne til forskellene er ukendte. Vi udførte genekspression profilering af sporadiske CRC’er fra AA’ere vs. europæiske amerikanere (EAS) at vurdere bidraget til CRC forskelle. Vi evaluerede genekspression af 43 AA og 43 EA CRC tumorer modsvares af scenen og 40 matchende normale kolorektale væv ved hjælp af Agilent menneskelige hele genomet 4x44K cDNA arrays. Gene og pathway-analyser blev udført ved anvendelse Betydning Analyse af microarrays (SAM), Ten-fold krydsvalidering, og opfindsomhed Pathway Analysis (IPA). SAM afslørede, at 95 gener differentielt blev udtrykt mellem AA og EA patienter på en falsk opdagelse på ≤5%. Brug IPA vi fastslået, at mest fremtrædende sygdom og pathway sammenslutninger af differentielt udtrykte gener var relateret til inflammation og immunrespons. Ti gange krydsvalidering viste, at følgende 10 gener kan forudsige etnicitet med en nøjagtighed på 94%: CRYBB2, PSPH, ADAL, VSIG10L, C17orf81, ANKRD36B, ZNF835, ARHGAP6, TRNT1 og WDR8. Angivelse af disse 10 gener blev valideret af QRT-PCR i en uafhængig test sæt 28 patienter (10 AA, 18 EA). Vores resultater er de første til at implicere differential genekspression i CRC racemæssige forskelle og angive fremtrædende forskel i CRC betændelse mellem AA og EA patienter. Forskelle i følsomhed over for inflammation støtte eksistensen af ​​forskellige tumor mikromiljøer i disse to patientgrupper

Henvisning:. Jovov B, Araujo-Perez F, Sigel CS, Stratford JK, McCoy AN, Yeh JJ, et al. (2012) Differential Gene Expression mellem African American og europæiske amerikanske tarmkræft Patienter. PLoS ONE 7 (1): e30168. doi: 10,1371 /journal.pone.0030168

Redaktør: Hassan Ashktorab, Howard University, USA

Modtaget: Marts 30, 2011; Accepteret: 15. december 2011; Udgivet: januar 19, 2012