Abstrakt
Endometriecancer (EF) er en kompleks sygdom, der involverer flere gen-gen og gene- miljø interaktioner. TGF-β-signalering spiller afgørende roller i EF-udvikling. Denne undersøgelse havde til formål at undersøge, om de genetiske polymorfier af TGF-β signalering relaterede gener
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
TWIST1
bidrage til EF modtagelighed. Brug af TaqMan genotypebestemmelsesassay blev 19 tagging-SNPs af disse fire gener genotypebestemmes i 516 EF tilfælde og 707 kontroller blandt kinesiske Han-kvinder. Logistisk regression (LR) viste, at de genetiske varianter af
TGFB1
rs1800469,
TGFBR1
rs6478974 og rs10733710,
TWIST1
rs4721745 blev forbundet med nedsat EF risiko, og disse fire loci viste en dosisafhængig virkning (
P
trend 0,0001). Klassificering og regression træ (CART) viste, at kvinder, der bærer både genotyper af
TGFBR1
rs6478974 TT og rs10512263 TC /CC havde den højeste risiko for EF (AOR = 7,86, 95% CI = 3,42-18,07,
P
0,0001). Multifaktor dimensionalitet reduktion (MDR) viste, at
TGFB1
rs1800469 plus
TGFBR1
rs6478974 var den bedste interaktionelle model at opdage EF risiko. LR, CART og MDR alle viste, at
TGFBR1
rs6478974 var det vigtigste beskyttende locus for EF. I haplotype association studie,
TGFBR1
haplotype CACGA luftfartsselskab viste laveste EF risiko blandt kvinder med længere menarche-første fulde sigt graviditet intervaller (11 år) og BMI˂24 (AOR = 0,39, 95% CI = 0,17 -0,90,
P
= 0,0275). Disse resultater tyder på, at polymorfier i
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
og
TWIST1
kan modulere EF modtagelighed, både hver for sig og selskabsmæssigt.
Henvisning: Yang L, Wang YJ, Zheng LY, Jia YM, Chen YL, Chen L, et al. (2016) genetiske polymorfier af
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
og
TWIST1
er forbundet med endometriecancer følsomhed i kinesisk Han Kvinder. PLoS ONE 11 (5): e0155270. doi: 10,1371 /journal.pone.0155270
Redaktør: Joseph Devaney, Børns National Medical Center, Washington, USA
Modtaget: 20. november 2015; Accepteret: April 26, 2016; Udgivet: 12. maj 2016
Copyright: © 2016 Yang et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres
Data Tilgængelighed:. Alle relevante data er inden for papir og dens støtte Information fil
Finansiering:. Denne undersøgelse blev støttet af National Natural Science Foundation of China (nr 81.171.961 og nr 81.321.003) og Open Project of Key Laboratory of Genomic og Precision Medicin, Chinese Academy of Sciences
konkurrerende interesser:. forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser
Introduktion
Endometriecancer (EF) er en af de mest. fælles gynækologiske maligniteter over hele verden. Ifølge National Central Cancerregisteret Kina, forekomsten af EF var omkring 18,5 per 100.000 byens kvinder i 2011 [1]. Længere levetid østrogen eksponering såsom tidlig menarche, sen menopause, nulliparity og postmenopausal østrogen brug, er relateret med øget EF risiko, hvilket indikerer, at østrogen kan køre endometrie carcinogenese. Traditionelt er der tre undertyper af EF udmærker sig ved biologiske og kliniske kurser: hormonelt drevne type I med endometrioide histologi, type II med ikke-endometrioide serøse eller klare celler, og familiær aggregeret EF [2]. Den stigende EF udbredelse i de seneste år understreger vigtigheden for at udvikle strategier for sin risikoberegning og forebyggelse [1].
Det er velkendt, at de genetiske varianter, såsom enkelt nukleotid polymorfier (SNP) spiller en vigtig rolle i kræft modtagelighed . Bidragene fra genetiske variationer eller mutationer til kræftrisiko i en population, afhænger af deres hyppighed og penetrans [3]. Selv om den høje penetrant og lav hyppige mutationer såsom
TP53
,
PTEN
giver høj risiko for sjældne familiær aggregeret EF [4, 5], at langt størstedelen af EF er sporadiske og inddrage polygener, hvilket indikerer, at de fælles polymorfier spiller fremherskende roller i carcinogenese grund af deres høje frekvens [4].
genom-sammenslutning undersøgelse (GWAS) stadig dyre, så mange associationsstudier på SNPs med EF-risiko har været udført i forbindelse med kandidatgener, herunder gener, der regulerer DNA beskadigelse reparation, steroid og kræftfremkaldende metabolisme, cellecykluskontrol og apoptose [2]. Epitel-til-mesenchymal overgang (EMT), en afgørende proces i tumorudvikling, fremmer tumorcelleinvasion fra den primære foci til omgivende væv. Til dato har mange molekyler blevet valideret til at udløse epitelial dedifferentiering og EMT, som er involveret i TGF-β signalering samt EMT-relaterede transkriptionelle faktorer Sneglen og Twist [6, 7]. Canonical mediering af TGF-β1 (kodet af
TGFB1
) signalering er via TβRI (kodet af
TGFBR1
) og TβRII at danne SMAD transkriptionelle komplekser, hvilket fører til en hurtig aktivering af transkriptionelle faktorer sneglen og Twist (kodet af
SNAI1
TWIST1
) [8, 9].
kønscellelinie mutationer i signalering komponenter af TGF-β familien er blevet beskrevet at resultere i maligniteter sammen med andre arvelige lidelser. Polymorfi associationsstudier i gener af denne signalvej er hovedsageligt fokuseret på risikoen for brystkræft [10-12], ovariecancer [13] eller kolorektal cancer [14]. Indtil nu har der været få undersøgelser til at udforske sammenslutning af germlinie varianter i TGF-β gener med EF blandt kinesiske Han-befolkning. Vi antager, at fælles genetiske polymorfier af
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
og
TWIST1
kan påvirke EF modtagelighed i kinesisk Han kvinder.
Materialer og metoder
Etik erklæring
Denne undersøgelse blev godkendt af Peking University IRB (reference nr. IRB00001052-11029). Skriftlige samtykke blev opnået fra alle kontrolprøver. EF patientens genomiske DNA’er blev ekstraheret fra arkiverede formalin-fikserede paraffin-indlejrede normal fallopian rør væv. Fordi kontaktoplysningerne af EF-patienter, der blev behandlet på sygehusene før 2011 ikke var klart, PKU IRB godkendt vores ansøgning om at give afkald på informeret samtykke til de arkiverede EF prøver indsamlet inden april 2011. Denne undersøgelse kun bruges denne del af prøverne. Alle data /prøver blev anvendt anonymt.
studiepopulation
I alt 516 tilfælde med patologisk diagnosticeret endometrie adenocarcinom blev rekrutteret fra Peking University Third Hospital, Beijing Cancer Hospital og Beijing Hospital mellem 1999 og 2011. Patienter med historie af kræft, spredt kræft fra andre organer, og strålebehandling eller kemoterapi historie blev udelukket fra vores undersøgelse. Den epidemiologiske oplysninger, herunder alder, body mass index (BMI), alder ved menarche /overgangsalder /primiparity, rygning historie og familie historie af kræft i de førstegradsslægtninge blev indsamlet. De støtteberettigede 707 kontroller blev tilfældigt udvalgt fra kvinder, der deltog i et community-baseret screeningsprogram for ikke-smitsomme sygdomme gennemført i Beijing mellem 2011 og 2012. De udvælgelseskriterier, der indgår ingen historie af kræft, kinesisk Han etnisk baggrund og frekvens-matchede til sager med 5 års alderen. Alle kontroller forudsat de samme epidemiologiske oplysninger, som vi indsamlet fra sagerne. De karakteristika for de 707 kontroller og 516 sager er sammenfattet i S1 tabel. Denne undersøgelse blev godkendt af den etiske komité i Peking University Health Science Center.
SNPs valg
Vi valgte tagging-SNP’er (tSNPs) ved hjælp Haploview v.4.2 software program baseret på kinesisk Beijing befolkning (CHB) data fra HapMap Project fase I, II og III fusionerede database (https://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/). Alle tSNPs med en mindre allel frekvens (MAF) ≥5% blev identificeret og opdelt i beholdere i henhold til r
2 koblingsuligevægt (LD) statistik (tærskel ≥0.8). Et maksimalt informativ tSNP blev derefter udvalgt fra hver bin, og disse tSNPs kunne indfange alle kendte fælles genetiske varianter inden hele genet [15]. For
TGFB1
, syv tSNPs spænder 5 kb til hver flanke blev identificeret, disse er rs1800469, rs2241716, rs4803455, rs747857, rs12983047, rs10417924 og rs12981053. For
TGFBR1
, det minimum af fem tSNPs, rs10988706, rs6478974, rs10512263, rs10733710 og rs334348, der spænder fra 5 kb opstrøms til 5 kb nedstrøms, blev valgt. For
SNAI1
, tre tSNPs spænder 2kb til hver flanke blev udvalgt, da disse er rs6125849, rs4647959 og rs6020178. For
TWIST1
, fire fælles tSNPs dækker 2 kb flankerende sekvens blev identificeret, disse er rs2285682, rs2285681, rs4721746 og rs4721745.
DNA isolation og genotypebestemmelsesassay
Genomisk DNA for kontrol blev isoleret fra perifere blodleukocytter, hvorimod tilfælde «genomisk DNA blev ekstraheret fra formalin-fikserede paraffin-indlejrede normal fallopian rør væv. Genotypebestemmelse blev udført med ABI 7900HT
® Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, Californien) ved hjælp af TaqMan
® Assay i overensstemmelse med producentens anvisninger. Primere og prober (FAM og tificerer mærket) blev leveret af ABI inkorporering og PCR-reaktionen systemet var de samme som tidligere [16] beskrevne. Kort beskrevet blev alle analyser udført i 384-brønds plader med negative og positive kontroller. Pladerne blev forseglet og opvarmet ved 95 ° C i 5 min, derefter underkastet 45-50 cykler af 92 ° C for 15s og 60 ° C i 1min. Data fra plader svigtende i mere end 15% prøver blev udelukket fra analysen. Mindst 1% af prøverne blev duplikeret tilfældigt i hver SNP genotypning assay, og overensstemmelsen mellem dubletter var mere end 99%.
Statistisk analyse
Forskelle i fordelingen af demografiske karakteristika og udvalgt variabler mellem kontroller og sager blev beregnet ved tosidet Pearsons χ
2 test eller Students t-test, hvor det er relevant. Hardy-Weinberg ligevægt (HWE) blev evalueret i kontrol ved hjælp af goodness-of-fit χ
2 test inden for hver tSNPs. The D ‘værdier af LD parceller blev fremstillet under anvendelse af Haploview programmet. Forventningen-maksimering (EM) algoritme blev anvendt til at evaluere den mest sandsynlige haplotype af maksimal-likelihood estimation blandt nuværende befolkning. En to-sidet χ
2 test blev anvendt til at sammenligne forskelle i fordelingen af genotyper og alleler mellem cases og kontroller. Hver genotype blev vurderet i forhold til additiv (co-dominant), dominerende og recessive modeller af arv. Også Cochran-Armitage trend test blev udført for at estimere sammenhængen mellem EF risiko og allel dosis i hver tSNP (
P
trend). Odds ratio (OR) og 95% konfidensintervaller (CI) blev vurderet ved hjælp af univariate og multivariate ubetinget logistisk regression (LR), med justering for BMI, alder ved menarche /primiparity, overgangsalderen status, antal fødedygtige og arvelig kræft. Statistisk signifikans blev defineret som
P
0,05. En Bonferroni-korrigeret
P Drømmeholdet værdi blev gennemført i de enkelte tSNPs og haplotype /diplotype association analyse. De potentielle gen-miljø interaktioner mellem
TGFBR1
haplotype CACGA og risikofaktorer kliniske (østrogen eksponering, familie historie af kræft og BMI) blev vurderet af LR i stratificeret befolkning. Alle statistikker blev analyseret af SAS-software (V.9.1, SAS Institute, Cary, NC).
Klassificering og regression træ (CART) blev udført for høj-ordens-gen-gen interaktioner ved hjælp SPSS software (v. 19,0; SPSS Inc., Chicago, IL, USA) for at opbygge et beslutningstræ via rekursiv opdeling. Beslutningstræet startede med en rod knude, som indeholdt hele prøven og opdelt i to underordnede knudepunkter. Spaltningsprocessen fortsatte indtil de terminale knuder havde ingen senere statistisk signifikante splits eller nået en forud formodet minimumsstørrelse, og derefter de terminale undergrupper blev yderligere analyseret. Sagen blev beregnet for hver terminal node og sammenslutningen af undergrupper med EF risiko blev vurderet af LR-analyse, ved hjælp af undergruppe med den mindste andel af sager som reference. Den yderste periferi og 95% CI blev justeret som nævnt ovenfor.
Multifaktor dimensionalitet reduktion (MDR) blev udført for at identificere høj-ordens interaktion modeller, der var forbundet med EF-risiko ved brug af open source MDR-software (v.2.0 beta 8.4, https://www.epistasis.org) [17]. Statistisk signifikans blev bestemt ved anvendelse permutation test i MDRpt (v.1.0 beta 2.0). MDR-analyse kollapsede flerdimensionale data i en enkelt uafhængig dimensional variabel med to niveauer (høj og lav risiko) ved hjælp af forholdet mellem antallet af sager til antallet af kontroller, og dermed reducerede flere dimensionelle data i én dimension og tilladt detektering af interaktioner i relativt små stikprøvestørrelser. Den nye endimensional multi-locus genotype variabel blev evalueret for dets evne til at klassificere og behandle sygdom status gennem krydsvalidering og permutation test. Den bedste kandidat interaktion model blev betragtet som den med maksimal nøjagtighed afprøvning og krydsvalidering konsistens (CVC). For bedre at bekræfte og visualisere interaktion modeller, vi yderligere opbygget en entropi-baserede interaktion dendrogram. Dette ville gøre det muligt loci, som stærkt interagerer med hinanden for at blive vist tæt sammen ved grene af træet, og dem med svage vekselvirkning vises fjernt fra hinanden. MDR 1000 gange permutation resultater blev betragtet som statistisk signifikant på
P
0,05. Den conjoint effekt af variablerne i den bedste model blev vurderet ved LR-analyse.
Resultater
Karakteristik af studiepopulation
De karakteristiske træk ved befolkningen blev heri beskrevet i S1 tabel. Kontrollerne og sager syntes at være tilstrækkeligt matchet på alder (
P
= 0,7528). Sagerne, som forventet, havde højere BMI (
P
0,0001), tidligere alder af menarche (
P
0,0001) og senere alder af overgangsalderen (
P
= 0,0002) sammenlignet med kontrollerne. Hertil kommer, at andelen af barnløse kvinder hos patienter var signifikant højere end i kontrollerne (
P
0,0001). EF patienter var mere tilbøjelige til at have familie historie af kræft i førstegradsslægtninge (
P
= 0,0464). Disse variabler med betydelige forskelle mellem cases og kontroller blev brugt i multivariate LR modeller for yderligere at justere for eventuel confounding effekt på sammenslutning af udvalgte genetiske varianter med risiko for EF.
LD grad mellem tSNPs
De genotypefrekvenser for udvalgte 19 tSNPs var alle konsekvent i overensstemmelse med de forventede af HWE i kontroller (
P
˃0.05, S2 tabel). Til vores undersøgelse blev haplotype blokke rekonstrueret i tilfælde og kontroller samt i HapMap CHB population baseret på D ‘værdi (figur 1). Der var nogle forskelle i SNPs ‘parvis LD mellem kontrol og sager. For
TGFB1
blev tre LD blokke rekonstrueret i sygdomsfrie deltagere. For
TGFBR1
samt
SNAI1
, alle valgte tSNPs blev rekonstrueret i en høj LD blok i kontrol. For
TWIST1
, kun én haplotype blok blev rekonstrueret, hvor rs4721746 og rs4721745 blev udelukket fra analysen, fordi deres MAFs var lavere end 5%.
Værdien i hvert diamant indikerer parvis LD mellem tSNPs (målt som D ‘× 100, 10 betyder 0,10, 1 betyder 0,01). Den skygge med en mørk grå-til-hvid gradient afspejler højere til lavere LD værdier.
Foreningen af individuelle tSNPs i
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
,
TWIST1
med EF risiko ved LR-analyse
som vist i tabel 1, to-sidet χ
2 test angivet statistisk forskelle genotypefrekvenser mellem cases og kontroller i polymorfier
TGFB1
rs1800469 (CT),
TGFBR1
rs6478974 (TA),
TGFBR1
rs10512263 (TC),
TGFBR1
rs10733710 (GA),
TWIST1
rs4721746 (CA) og
TWIST1
rs4721745 (CG) (
P
0,0001, 0,0001 ,
P
= 0,0059, 0,0016, 0,0045 og 0,0430, henholdsvis). Også viste multivariat LR, at
TGFB1
rs1800469,
TGFBR1
rs6478974 og rs10733710, og
TWIST1
rs4721745 var beskyttende loci for EF modtagelighed under dominante eller recessive modeller, mens
TWIST1
rs4721746 var en risiko locus (tabel 1).
TGFBR1
rs6478974 fortsat betydelig under et tilsætningsstof og dominerende modeller efter anvendelse af strenge Bonferroni korrektion (Bonferroni-korrigeret
P
0,05). Andre tSNPs viste ikke statistisk signifikans i den multivariate analyse (S3 tabel).
Vi nærmere de kombinationseffekter mellem de førnævnte fire beskyttende polymorfier ved at oprette to binære (1, 0) dummy variabler. For det første vurderede vi den relative betydning af de fire beskyttende tSNPs i deres udpegede modeller. Den justerede OR værdi viste, at disse fire beskyttende tSNPs påvirkede EF modtagelighed på et tilsvarende niveau (S4 tabel). Derefter blev individer kategoriseret i fem grupper baseret på antallet af beskyttende genotyper de gennemførte, og dem uden nogen beskyttende genotyper blev defineret som referencegruppe. Analysen af kombinationseffekter indikerede, at justeret OR for EF for personer, der har to beskyttende genotyper var 0,41 (95% CI = 0,23-0,74,
P
= 0,0029). Co-eksisterende tre eller fire beskyttende genotyper væsentligt reduceret modtagelighed EF i en næsten tilsvarende grad (Tabel 2). Også de beskyttende genotyper trådte i kraft i en dosisafhængig måde (
P
trend 0,0001). (Tabel 2)
Foreningen af høj-ordens interaktioner mellem genetiske varianter med EF risiko ved CART analyse
CART er en binær rekursiv opdeling metode, der producerer et beslutningstræ til at identificere undergrupper af fag på højere risiko [18]. Figur 2 demonstrerede træstrukturen. Træet initieret fra populationen i studiet (node 0) og indeholdt fem terminale knuder i den endelige træstrukturen.
TGFBR1
blev fremhævet i den første opdeling node, og
TGFBR1
rs6478974 TA /AA genotype luftfartsselskaber havde mindst procentdel af EF-sager (35,7%), hvilket indikerer, at rs6478974 locus var den stærkeste modtagelig faktor for EF risiko blandt de undersøgte polymorfier. Derefter skred træet sammen node 1 med de store allel homozygoter af SNP rs6478974. Vi er udpeget node 2 som reference node, fordi kvinder i denne node (med
TGFBR1
rs6478974 TA /AA genotyper) havde den laveste EF risiko. Denne træstruktur viste, at personer, der huser
TGFBR1
rs6478974 TT,
TGFBR1
rs10512263 TT,
TGFB1
rs4803455 CC og
TGFBR1
rs10733710 GG genotyper (node 7 ) havde signifikant højere risiko beregnes ved multivariat LR analyse (AOR = 3,71, 95% CI = 2,14-6,43,
P
0,0001), og kvinder med både genotyper af
TGFBR1
rs6478974 TT og
TGFBR1
rs10512263 TC /CC (node 4) bibringes den højeste disposition til EF risiko i vores befolkning (AOR = 7,86, 95% CI = 3,42-18,07,
P
0,0001 , tabel 3).
Foreningen af høj-ordens interaktioner mellem genetiske varianter med EF risiko ved MDR-analyse
Vi anvendte MDR-metoden, en parametrisk og genetisk model- gratis analyse, at identificere interaktionsmodeller. Det bedste enfaktormodellen genereret af MDR for behandlingen EF risiko var
TGFBR1
rs6478974 (test nøjagtighed 0,561, CVC 9/10, tabel 4), hvilket var i overensstemmelse med den første opdeling node ved CART analyse. De to-faktor model herunder både
TGFB1
rs1800469 og
TGFBR1
rs6478974 var den bedste interaktion model, som gav den maksimale CVC af 10/10 og den højeste test nøjagtighed 0,589. Det bedste tre-faktor model herunder
TGFB1
rs1800469,
TGFBR1
rs6478974 og
TGFBR1
rs10733710 og fire-faktor model, som består af
TGFB1
rs1800469,
TGFBR1
rs6478974,
TGFBR1
rs10512263 og
TGFBR1
rs10733710 havde større test nøjagtighed sammenlignet med den enfaktormodellen (0,584, 0,575, henholdsvis), men de Kontrolkoder blev nedsat (7/10, 6/10, henholdsvis). Alle interaktion permutation
P Drømmeholdet værdi var mindre end 0,05. Samspillet dendrogram viste, at
TGFB1
rs1800469 og
TGFBR1
rs6478974 havde den stærkeste synergistisk interaktion (sort linje), som også interagerede med
TGFBR1
rs10733710 (mørkegrå linje). Desuden
TGFBR1
, rs10512263 havde svag interaktion med
TGFBR1
rs10733710,
TGFB1
rs1800469 og
TGFBR1
rs6478974 (lysegrå linje, figur 3). For den kombinerede effekt af
TGFB1
rs1800469 og
TGFBR1
rs6478974 i den bedste interaktion model identificeret ovenfor, viste LR analyse, at den justeret OR for EF var 0,43 (95% CI = 0,27 til 0,69,
P =
0,0003, data ikke vist). Sammendraget af disse tre tilgange til single-locus analyse blev vist i S5 tabel.
loci, som stærkt interagerer med hinanden synes tæt på hinanden på grene af træet (sort linje), mens loci med svage interaktion synes fjernt fra hinanden (grå linje).
Foreningen af haplotyper og diplotypes i
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
,
TWIST1
med EF risiko ved LR-analyse
for yderligere at udforske de beskedne ætiologiske virkninger af polymorfier på EF-modtagelighed blev haplotype rekonstrueret som surrogat for at give højere opløsning og potentielt større statistisk effekt [ ,,,0],16]. I vores undersøgelse,
TGFB1
haplotyper (rs1800469 og rs2241716) med over 1% frekvens blev testet separat mod de mest almindelige haplotyper, og de resterende sjældne haplotyper i blokken (frekvens 1%) blev ikke analyseret. Den haplotype CG i blok 1 blev forbundet med øget EF risiko i forhold til haplotype TG ved univariate LR algoritme (OR = 1,60, 95% CI = 1,32-1,95,
P
˂0.0001, tabel 5), og diplotype CA-CG, transporterer udsatte haplotype CG, steget omkring 62% af EF-risiko i forhold til de mest almindelige diplotype TG-CA (AOR = 1,62, 95% CI = 1,08-2,43,
P
= 0,0187) . De havde ikke forbliver signifikant efter Bonferroni korrektion. For
TGFBR1
, CACGA, husly et beskyttende locus rs6478974, kunne falde omkring 42% af EF-risiko (AOR = 0,58, 95% CI = 0,43-0,77,
P
= 0,0003). Selv efter justering for Bonferroni-korrigeret multipel testning, haplotypen var stadig signifikant associeret med EF risiko (Bonferroni-korrigeret
P
0,05). Endvidere blev diplotype CACGA-CTTAA, der indeholder en beskyttende haplotype CACGA også forbundet med nedsat EF risiko sammenlignet med de mest almindelige diplotype TTTGG-CACGA (AOR = 0,35, 95% CI = 0,18 til 0,66,
P
= 0,0012), med en Bonferroni korrigeret
P
0,05 (tabel 5). Haplotyper i
SNAI1
og
TWIST1
var ikke forbundet med EF-modtagelighed (S6 tabel).
Foreningen af samspil mellem genetiske varianter og miljømæssige faktorer med EF risiko
i betragtning af at langvarig udsættelse for østrogen, kræft historie i første grads slægtninge og overvægt er kliniske EF risikofaktorer [19], vi gennemførte analyse stratificeret befolkning til at udforske, om sammenslutninger af genetiske varianter med EF risiko var modificeret af disse risikofaktorer kliniske. Tabel 6 viser, at kvinder, der huser
TGFBR1
beskyttende haplotype CACGA havde en endnu lavere EF risiko blandt dem med længere menarche-FFTP’en intervaller (11 år [20], AOR = 0,49, 95% CI = 0,31-0,75,
P
= 0,0012) og uden familie historie af kræft (AOR = 0,49, 95% CI = 0,30-0,80,
P
= 0,0044). Også CACGA luftfartsselskaber havde lidt lavere EF risiko i BMI˂24 undergruppe end i BMI≥24 undergruppe (BMI˂24, AOR = 0,62, 95% CI = 0,40-0,96,
P
= 0,0323; BMI≥ 24, AOR = 0,70, 95% CI = 0,51-0,96,
P
= 0,0255). Desuden bærere af denne haplotype viste laveste EF risiko blandt kvinder med længere menarche-FFTP’en intervaller og BMI˂24 (AOR = 0,39, 95% CI = 0,17-0,90,
P
= 0,0275) (tabel 6) .
diskussion
i denne undersøgelse har vi anvendt flere strategier, herunder LR, CART og MDR nærmer systematisk evaluere sammenslutning af EF-modtagelighed med germlinie varianter i TGF-β signalering relaterede gener
TGFB1
,
TGFBR1
,
SNAI1
og
TWIST1
blandt kinesiske Han-kvinder.
I single-locus analyse ved hjælp multivariate LR fem polymorfier, rs1800469 i
TGFB1
, rs6478974 og rs10733710 i
TGFBR1
, rs4721746 og rs4721745 i
TWIST1
viste signifikant sammenhæng med EF-modtagelighed. Selvom LR har været meget anvendt i multivariate gen-gen eller gen-miljø interaktioner, kan det ikke fuldt ud at karakterisere dem på grund af den sparsomme data i høje dimensioner. Desuden ville den statistiske styrke falde og type II fejl vil stige i relativt lille stikprøve [21]. Så den ikke-parametrisk CART og MDR-analyse blev anvendt i high-ordens-gen-gen interaktioner til behandling af særlige kombinationseffekter af genetiske varianter. I denne undersøgelse, CART analyse viste, at det vigtigste opdeling variabel var
TGFBR1
rs6478974, efterfulgt af
TGFBR1
rs10512263. MDR-metoden, hvilket reducerer genotype parametre fra multi- dimension til en dimension, viste, at
TGFB1
rs1800469 og
TGFBR1
rs6478974 sammen var de bedste interaktionelle polymorfier at undersøge EF risiko.
Alle de tre tilgange i single-locus analyse konsekvent angivet, at genotypen
TGFBR1
rs6478974 TA /AA (placeret i intron 1) havde den stærkeste beskyttende virkning på EF-modtagelighed. Indtil nu, var almindelige varianter sjældent rapporteret i exons eller funktionelle områder af
TGFBR1
at have klar funktionel relevans. Selvom størstedelen af SNP’er er placeret i de genomiske ikke-kodende regioner, nye beviser tyder på, at SNP’er, der ligger i genpromotoren eller regulatoriske regioner, spiller kritiske roller i regulering af arten af og tidspunktet for genekspression [22]. Chen J
et al
fandt, at rs6478974 var forbundet med øget risiko for mavekræft i kinesiske befolkning (i dominerende model: AOR = 1,36, 95% CI = 1,14-1,63; i additive model: AOR = 1,23, 95 % CI = 1,08-1,40) [23]. De opdagede, at rs6478974 var i moderat LD med rs334348 og rs1590 (i 3′-UTR, både r
2 = 0,504) ved hjælp online software SNPinfo (https://manticore.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo /snpfunc.cgi), og disse to loci sandsynligvis reguleret miRNA bindende og påvirket mavekræft udvikling. Fordi TβRI hæmmer cellevækst i den tidlige tumorigenese [9, 24], vi spekulere, at personer bærer
TGFBR1
rs6478974 TA /AA udtrykker højere niveauer af TβRI end TT genotype luftfartsselskaber, og derfor har lavere følsomhed over for EF. Vi fandt også, at personer med både genotyper af
TGFBR1
rs6478974 TT og
TGFBR1
rs10512263 TC /CC havde højere følsomhed sammenlignet med dem huser genotypen
TGFBR1
rs6478974 TA /AA ved CART analyse, hvilket indikerer, at rs10512263 kunne være en risiko locus. En to-trins case-kontrol undersøgelse af mavekræft (den første fase af sager /kontroller = 650/683, den anden fase af sager /kontroller = 484/348) viste, at rs10512263 i dominerende modeller (CT /CC vs. TT) var signifikant forbundet med øget risiko for mavekræft i kinesiske befolkning [23], hvilket er i overensstemmelse med vores resultater. Men Scollen S
et al
opdagede, at den mindre allel C i rs10512263 havde en beskyttende virkning på brystkræft modtagelighed (OR = 0,87, 95% CI = 0,81-0,95,
P
= 0,001) i meta-analyse af SØG og PbCS undersøgelser [25]. De forskelle mellem disse resultater kan skyldes den etniske mangfoldighed af befolkningsgrupper og komplicerede miljømæssige faktorer.
I
TGFB1
, observerede vi, at T allel af rs1800469 (CT ved 5 ‘ UTR-regionen) blev forbundet med nedsat EF modtagelighed under dominerende model, der var i overensstemmelse med resultatet i gastrisk cancer blandt samme etniske population (sager /kontroller = 675/704, AOR = 0,65, 95% CI = 0,52-0,82) [26 ]. Vores MDR-analyse viste, at de kombinerede genetiske varianter af
TGFB1
rs1800469 og
TGFBR1
rs6478974, den bedste interaktion model, faldt EF-risiko, som var i overensstemmelse med de analyseret af LR resultater. Det blev rapporteret, at T allel af rs1800469 kunne forbedre affiniteten af dets promotor med nogle transkriptionelle faktorer, såsom Yin Yang 1 (YY1), og øge ekspressionen af TGF-β1 [27, 28]. Desuden Grainger DJ
et al
viste, at koncentrationen af TGF-β1 i plasma var ekstremt højere i T allel luftfartsselskaber end C allel luftfartsselskaber blandt britiske befolkning [29]. Polymorfien
TGFB1
rs1800469 kan udføre sin beskyttende funktion i den tidlige tumorigenese ved at ændre ekspressionen af TGF-β1.
I
TWIST1
, opdagede vi, at variant genotyper af rs4721746 og rs4721745, både lokalisere i de 3 ‘flankerende regioner, havde modsatrettede effekter på EF risiko i vores befolkning. Ved brug af web-baserede funktionelle annotation værktøj F-SNP (https://compbio.cs.queensu.ca/F-SNP/) [30], er disse to polymorfier blev begge forventes at påvirke transkriptionel regulering af TFSearch og Consite værktøjer (funktionel betydning scoringer = 0,239; 0,208, henholdsvis). Yderligere undersøgelser i andre befolkning er nødvendige for at bekræfte vores resultater.
Haplotype tilgang kan have større magt end single-locus analyse, når SNPs er i stærk LD og ville give yderligere statistisk styrke til at påvise gener involveret i komplekse træk sygdomme [31, 32]. I vores haplotype-genopbygning forening undersøgelse fandt vi, at
TGFB1
haplotype CG og diplotype CA-CG blev begge forbundet med øget EF modtagelighed. I
TGFBR1
, haplotype CACGA og diplotype CACGA-CTTAA faldt EF-risiko. Også, vi observerede væsentlige joint effekter af haplotype CACGA, familie historie af kræft, BMI status og østrogen eksponering i stratificeret analyse. Haplotype CACGA, husly en beskyttende allel A i rs6478974, faldt risikoen for EF uanset hvad de miljømæssige faktorer var, som yderligere angivet, at en allel af rs6478974 kunne være den vigtigste beskyttende locus i vores befolkning. Hvis disse haplotyper og diplotypes kunne bevises i andre populationer, kan de bruges som molekylære beslutningstagere for estimering af EF-risiko, og kan også give nogle fingerpeg til at finde kausale SNPs.
Der er tre største styrker i vores studere.
Leave a Reply
Du skal være logget ind for at skrive en kommentar.