PLoS ONE: monoallelisk chromatin Kropsbygningsklasse flankerende Long-Range Silenced domæner i Cancer-afledte og normale celler

Abstrakt

Epigenetisk inaktivering af kromatin spiller en vigtig rolle i fastlæggelsen celle fænotype i både normale og kræftceller, men vores viden er stadig ufuldstændig med hensyn til enhver potentiel monoallelisk karakter af fænomenet. Vi har genotype DNA isoleret fra kromatin af to kolorektal cancer-afledte linier og en kultur af normale humane intestinale epitelceller (HIEC), som blev immunpræcipiteret med antistoffer til acetyleret vs. methylerede histon H3K9, og præsenterede data som B allel frekvens uoverensstemmelser multiple enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) bevæger vindue gennemsnit. [B-allel er en vilkårlig term er defineret som en af ​​de to alleler i en given SNP, navngivet A og B]. Tre forskellige valideringsforsøg bekræftede, at toppe udviser forskelle repræsenterede monoallelisk domæner. Disse komplementære test bekræftede følgende: 1) gener i regioner med høj B allel frekvens forskel blev udtrykt monoallelically; 2) i normale celler alle fem prægning kontrol regioner, der gennemførte heterozygote SNPs var præget af B allel forskel toppe; og 3) haplotyperne i B allel forskellen toppe blev trofast opretholdt i kromatin immunpræcipiteret med de respektive antistoffer. I begge prøver de fleste af de monoallelisk domæner blev fundet på grænserne mellem regionerne åben og lukket kromatin. Med hensyn til cancer line, dette støtter den etablerede begrebet konformation spredning, men resultaterne fra de normale celler var uventet. Da disse celler var polyklonale, blev monoallelisk strukturer sandsynligvis ikke bestemt af tilfældige valg som forekommer i X-inaktivering, så vi foreslår, at epigenetisk inaktivering i nogle områder kan være arvelige og polymorfe i normale humane celler

Henvisning.: Di Paola D, Raelson J, Rampakakis E, Basik M, Zannis-Hadjopoulos M, Bradley WEC (2013) monoallelisk kromatin Kropsbygningsklasse flankerende Long-Range Silenced domæner i Cancer-afledte og normale celler. PLoS ONE 8 (5): e63190. doi: 10,1371 /journal.pone.0063190

Redaktør: Brian P. Chadwick, Florida State University, USA

Modtaget: Februar 15, 2013; Accepteret: 27 marts 2013; Udgivet: May 16, 2013