PLoS ONE: HSD3B og Gene-Gene Interaktioner i et Pathway-analyse af genetisk disposition for blærekræft

Abstrakt

Blærekræft er 4

th mest almindelige kræftform blandt mænd i USA Vi analyserede variant genotyper hypotese at ændre store biologiske processer er involveret i blæren carcinogenese, herunder hormon regulering, apoptose, DNA-reparation , immunovervågning, metabolisme, proliferation og telomer vedligeholdelse. Logistisk regression blev anvendt til at vurdere forholdet mellem genetisk variation påvirker disse processer og modtagelighed i 563 genotypede urothelial celle karcinom tilfælde og 863 kontroller indskrevet i en case-kontrol undersøgelse af hændelsen blærekræft gennemført i New Hampshire, USA Vi evaluerede gen-gen interaktioner ved hjælp Multifaktor dimensionalitet Reduction (MDR) og Statistisk epistasis Network analyse. Den 3’UTR flankerende variant form af det hormon regulering genet

HSD3B2

var forbundet med øget blærekræft risiko i New Hampshire befolkning (justeret OR 1,85 95% CI 1,31-2,62). Dette fund blev succesfuldt gentaget i Texas blærekræft Undersøgelse med 957 kontroller, 497 tilfælde (justeret OR 3,66 95% CI 1,06-12,63). Effekten af ​​denne fremherskende SNP var stærkere blandt mænd (OR 2,13 95% CI 1,40-3,25) end kvinder (OR 1,56 95% CI 0,83-2,95), (SNP-køn interaktion

P

= 0,048). Vi identificerede også et SNP-SNP interaktionen mellem T-celle aktivering relaterede gener

GATA3

CD81

(interaktion

P

= 0,0003). Det faktum, at blærekræft forekomsten er 3-4 gange højere hos mænd tyder inddragelse af hormon niveauer. Denne biologiske proces-baseret analyse tyder kandidat modtagelighed markører og støtter teorien om, at forstyrret hormon regulering spiller en rolle i blære carcinogenese

Henvisning:. Andrew AS, Hu T, Gu J, Gui J, Ye Y, Marsit CJ et al. (2012)

HSD3B

og Gene-Gene Interaktioner i et Pathway-analyse af genetisk modtagelighed til blærekræft. PLoS ONE 7 (12): e51301. doi: 10,1371 /journal.pone.0051301

Redaktør: Joellen M. Schildkraut, Duke University Medical Center, USA

Modtaget: Juni 4, 2012; Accepteret 31. oktober, 2012; Udgivet: December 19, 2012