PLoS ONE: Sammenligning af Global genekspression af gastrisk Cardia og Noncardia Kræft fra en High-Risk Befolkning i Kina

Abstrakt

Målsætning

For at profilere RNA udtryk i gastrisk kræft ved anatomiske underordnede websteder som et første skridt i at identificere molekylære undertyper og give mål for tidlig påvisning og behandling.

Metoder

Vi udførte transkriptom analyse ved hjælp af Affymetrix GeneChip U133A i gastrisk Cardia adenokarcinomer (n = 62), og gastrisk noncardia adenokarcinomer (n = 72) og deres tilpassede normale væv fra patienter i Shanxi-provinsen, og validerede valgt dysregulerede gener med yderligere RNA undersøgelser. Angivelse af dysregulerede gener blev også relateret til overlevelse af sager.

Resultater

Principal Component Analysis viste, at prøverne grupperet af tumor vs. normal, anatomiske placering, og histopatologiske funktioner. Parret t-test af tumor /normalt væv identificeret 511 gener, hvis udtryk blev dysreguleret (

P

4.7E-07 og mindst to-fold forskel i størrelse) i cardia eller noncardia gastrisk kræft, herunder næsten en -Halvdelen (n = 239, 47%) dysreguleret i både Cardia og noncardia, en fjerdedel dysreguleret i cardia kun (n = 128, 25%), og omkring en fjerdedel i noncardia kun (n = 144, 28%). Yderligere RNA undersøgelser bekræftede profilering resultater. Expression var forbundet med sagen overlevelse for 20 gener i mavemunden og 36 gener i noncardia gastrisk kræft.

Konklusioner

De dysregulerede gener identificeret her repræsenterer en omfattende udgangspunkt for fremtidige bestræbelser på at forstå ætiologiske heterogenitet, udvikle diagnostiske biomarkører til tidlig opdagelse, og teste molekylært målrettet behandlinger for mavekræft

Henvisning:. Wang G, Hu N, Yang HH, Wang L, Su H, Wang C, et al. (2013) Sammenligning af Global genekspression af gastrisk Cardia og Noncardia Kræft fra en High-Risk Befolkning i Kina. PLoS ONE 8 (5): e63826. doi: 10,1371 /journal.pone.0063826

Redaktør: Patrick Tan, Duke-National University of Singapore Graduate Medical School, Singapore

Modtaget: Januar 3, 2013; Accepteret: April 5, 2013; Udgivet: 22 maj, 2013