PLoS ONE: Analyse og sammenligning af somatiske mutationer i parret Primary og tilbagevendende epithelial kræft i æggestokkene Samples

Abstrakt

TP53

mutationer er blevet bevist at være domineret i kræft i æggestokkene i en undersøgelse fra Den Cancer Genome Atlas (TCGA). Men de molekylære karakteristika af tilbagevendende kræft i æggestokkene efter indledende behandling er blevet dårligt estimeret. Denne undersøgelse var at undersøge mønsteret af somatiske punktmutationer i matchede parrede prøver af primære og tilbagevendende epiteliale ovariecancere, ved hjælp af OncoMap mutationspåvisning protokol. Vi har tilpasset en high-throughput genotyping platform for at bestemme mutationen status af et stort panel af kendte cancer-gener. OncoMap v.4.4 blev anvendt til at evaluere genomisk DNA isoleret fra et sæt af 92 formalinfikserede, paraffinindlejrede (FFPE) tumorer, bestående af matchede parrede prøver af oprindeligt diagnosticeret og tilbagevendende tumorer fra 46 epitelovariecancer (EOC) patienter. Mutationer blev fundet i 33,7% af prøverne, med 29,3% af disse prøver har en enkelt mutation, og de resterende 4,3% har to eller flere mutationer. Blandt de 41 gener analyserede blev 35 mutationer fundet i fire gener, nemlig

CDKN2A

(2,2%),

KRAS

(6,5%),

MLH1

(8,2% ) og

TP53

(20,7%).

TP53

var den hyppigst muterede gen, men der var ingen korrelation mellem tilstedeværelsen af ​​mutation i ethvert gen og klinisk prognose. Desuden har somatiske mutationer ikke variere mellem primære og tilbagevendende ovariecarcinomer. Hver mutation til stede i tilbagevendende prøver blev påvist i den tilsvarende primære prøve. Afslutningsvis disse OncoMap data for koreansk EOC prøver bestemme, at somatiske mutationer blev fundet i

CDKN2A

,

KRAS

,

MLH1

, og

TP53

. Der blev ikke påvist forskelle i mutationsstatus mellem primære og tilbagevendende prøver. For at forstå biologi tumor tilbagefald i epitelial kræft i æggestokkene, er det nødvendigt flere undersøgelser, herunder epigenetiske ændringer eller yderligere mutationer i andre gener

Henvisning:. Kim YM, Lee SW, Chun SM, Kim DY, Kim JH, Kim KR, et al. (2014) Analyse og sammenligning af somatiske mutationer i parret Primary og tilbagevendende epithelial kræft i æggestokkene prøver. PLoS ONE 9 (6): e99451. doi: 10,1371 /journal.pone.0099451

Redaktør: Anthony W.I. Lo, Den kinesiske University of Hong Kong, Hongkong

Modtaget: 8. februar 2014 Accepteret: 14 maj 2014; Udgivet: 17 Jun 2014

Copyright: © 2014 Kim et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse blev støttet af en bevilling af de førende Foreign Research Institute Rekruttering Program gennem National Research Foundation Korea (NRF) finansieret af Ministeriet for Uddannelse, Videnskab og Teknologi (MEST) (2011 til 0.030.105). De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Introduktion

kræft i æggestokkene er den mest almindelige dødsårsag blandt de gynækologiske maligniteter [1]. Standarden behandling er kirurgisk cytoreduktion efterfulgt af platinbaseret kemoterapi. Men de fleste patienter med tiden tilbagefald og dø af kemo-resistente sygdomme. Desværre har tilgængelige bjærgning regimer for platin-refraktær ovariecancer givet skuffende resultater, fordi svarprocenter er lav (20-50%), og svarene er korte varighed. Det er derfor nødvendigt at undersøge nye behandlingsstrategier til både nydiagnosticerede patienter samt patienter med tilbagevendende kræft [2]. Især nye midler til molekylært og genetisk karakteriserer ovariecancer er nødvendige for at tilpasse og forbedre behandlingen [3].

Somatiske mutationer i onkogener er blevet observeret i mange humane cancere og er kendt for at være forudsigende af lægemiddel følsomhed eller resistens [4]. Somatiske mutationer mere end 30 onkogener og tumorsuppressorgener, der har været impliceret i æggestokkene onkogenese blev detekteret i epitel ovariecancer (EOC) prøver. Genetiske ændringer kørsel ændret signalering, der inducerer proliferation; hæmmer apoptose; blokerer anoikis; øger motilitet, adhæsion og invasion; og tiltrækker stromale komponenter, herunder mesenkyme stamceller og blodkar endotelceller [5]. Denne onkogen afhængighed danner grundlag for behandlinger rettet mod onkogener, såsom den vellykkede anvendelse af imatinib og erlotinib i kræftsygdomme, som havnen

BCL-ABL

og

EGFR

ændringer, hhv. Men den mutations spektrum i kræft i æggestokkene er overraskende enkel, som vist i en undersøgelse fra The Cancer Genome Atlas (TCGA). Mutationer i

TP53

dominerende, forekommer i mindst 96% af high-grade serøse ovariecancer prøver; Endvidere

BRCA1

BRCA2

var muteret i 22% af tumorerne som følge af en kombination af kimcellelinje og somatiske mutationer. Syv andre væsentligt muterede gener blev identificeret, men kun i 2-6% af high-grade serøse ovariecancer prøver [6].

Vi har tilpasset en high-throughput genotyping platform for at bestemme mutationen tilstanden i en stor panel af kendte kræft onkogener for at identificere undergrupper af patienter med ovariecancer, der måske gavn af målrettet terapi relateret til deres status sygdom [7] – [10]. Denne genotype platform, kaldet OncoMap, beskæftiger massespektrometrisk-baserede genotypebestemmelse teknologi (Sequenom) for at identificere 471 onkogene mutationer i 41 almindeligt muterede gener (Tabel S1). Denne undersøgelse rapporterer typen og hyppigheden af ​​somatiske punktmutationer i parrede primære og tilbagevendende EOC prøver ved anvendelse OncoMap.

Metoder

Patienter

Asan Center for Cancer Genome Discovery (CCGD ), i samarbejde med Dana-Farber Cancer Institute (DFCI), har udviklet OncoMap genotype platform [8]. OncoMap v.4.4 blev anvendt til at analysere et sæt af 92 formalinfikserede, paraffinindlejrede (FFPE) EOC prøver bestående af matchede parrede prøver af oprindeligt diagnosticeret og tilbagevendende tumorer fra 46 patienter behandlet i Asan Medical Center, Korea, i januar 2002 til december 2011. Alle patienter var blevet behandlet med indledende cytoreduktive kirurgi efterfulgt af platinbaseret kemoterapi og modtog sit andet cytoreduktive operation på grund af recidiverende eller metastatisk sygdom. Alle tumorprøver blev opnået fra FFPE tumorprøver baseret på en 80% cutoff for tumorprøven renhed. Denne undersøgelse blev godkendt af Asan Medical Center Institutional Review Board (AMC IRB), og vi valgte patienter, der havde skrevet den informeret samtykke til at bruge deres arkivering væv for gentest. Alle data var de-identificeret

DNA Extraction

gennemgang af alle H . E slides blev udført af en patolog at bekræfte tumortype, og for at sikre, at stikprøven var repræsentativ for tumoren og at normale omgivende væv blev ikke inkluderet. Genomisk DNA blev ekstraheret fra 10-20 6-um-tykke slides per FFPE blok, afhængigt af tumorstørrelsen. Oprensning af genomisk DNA blev udført ved anvendelse af QIAamp DNA FFPE væv kit (# 56.404; Qiagen, Hilden, Tyskland) ifølge producentens instruktioner. De-paraffinization med xylen og ethanol blev udført som følger. Efter inkubering i 5 minutter med 1 ml xylen blev prøverne centrifugeret i 1 min ved 12.000 rpm, og supernatanten blev fjernet uden at forstyrre pelleten. Prøverne blev derefter vasket med 1 ml absolut ethanol for at fjerne den resterende xylen, og pelleten blev lufttørret i 10 minutter for at tillade den resterende ethanol til at fordampe. Pelleten blev lyseret ved inkubation med 0,2 mg proteinase K natten over ved 60 ° C og derefter underkastet søjle- oprensning. Hver genomisk DNA-prøve blev elueret i 50 pi DNase- og RNase-frit vand, kvantificeret ved hjælp af Quant-iTTM PicoGreen dsDNA Assay kit (Invitrogen /Life Technologies, Grand Island, NY), og normaliseret til en 5 ng /pl koncentration.

Genotypning Brug OncoMap_V4.4-Core Panel

Profilering af somatiske mutationer til 41 kritiske gener relateret til tumor udvikling blev udført ved hjælp OncoMap udgave 4.4-Core (OncoMap_v4.4C) under Sequenom MassARRAY teknologi platform (Sequenom, San Diego, CA). OncoMap_v4.4C er en multiplex panel af 32 puljer af gener, der tilsammen spænder 471 unikke mutationssteder i 41 onkogener og tumorsuppressorgener (tabel S1), der vides at være druggable mål. Denne OncoMap panel er en opgraderet version af OncoMap_v1, som er beskrevet i publiceret litteratur [7], [8]. I alt 320 ng oprenset genomisk DNA blev anvendt som en skabelon for 32 forskellige puljer af multiplex amplifikation under anvendelse IPLEX kemi (# 10.134-2; Sequenom, San Diego, CA), med 10 ng per reaktion. En yderligere 50-80 ng DNA blev derefter anvendt til homogen masse Extension (HME) validering af mutation kandidater, der blev identificeret af IPLEX reaktionen. Multiplex PCR-amplifikation blev udført på 10 ng af genomisk DNA i et slutvolumen på 5 pi i en 384-brønds plade med 0,5 U of HotStarTaq DNA Polymerase (Qiagen), 0,12 uM af hver PCR-primer, 500 pM dNTP mix, og 3,5 mM MgCl

2, under anvendelse af et DNA Engine Dyad Cycler (Bio-Rad, USA). Multiplex PCR blev kørt med det følgende program: 95 ° C i 15 minutter; 45 cykler ved 95 ° C i 20 sek, 56 ° C i 30 sekunder og 72 ° C i 60 sek; derefter 72 ° C i 3 minutter. Resterende deoxynukleotider i PCR-produkterne blev inaktiveret ved inkubation i 40 minutter ved 37 ° C med 2 pi reje-alkalisk phosphatase (SAP) fra IPLEX-Pro kit (# 10.142-2, Sequenom, San Diego, CA), efterfulgt af en yderligere inkubering i 10 minutter ved 85 ° C for at inaktivere SAP. Dernæst blev single-basen forlængelse (SBE) udføres med yderligere 2 ul af IPLEX Gold Kemi blanding (0,1 ul IPLEX opsigelse mix, 1,2 ul forlængelse sonde mix og 0,0205 pi IPLEX enzym) som følger: 94 ° C i 30 sek; 40 cykler af 94 ° C i 5 sek og fem indre cykler af (52 ° C i 5 sek og 80 ° C i 5 sek); og 72 ° C i 3 minutter. Efter SBE blev 16 pi DNase-frit destilleret vand tilsat, og afsaltning blev udført ved inkubering i 25 minutter med 6 mg kationbytterharpiks (Sequenom). Endelig blev 10 nl af det afsaltede produkt spottet på en 384-format SpectroCHIP II med MassARRAY Nanodispenser (Sequenom). Masse bestemmelse blev gjort med MassARRAY Analyzer Compact MALDI-TOF massespektrometer. Genotyper blev kaldt ved hjælp af en klyngeanalyse algoritme udviklet af CCGD af DFCI, derefter revideret manuelt ved to uafhængige forskere at fjerne eventuelle usikre opkald på grund af klyngedannelse artefakter. Prøve kvalitet blev anset tilstrækkeligt til analyse, hvis mere end 80% af de forsøgt genotyper resulterede i identificerbare produkter. For validering af kandidat mutationer, blev specifikke HME genotypebestemmelse udføres for hele prøver. Validation puljer for HME blev designet ved hjælp AssayDesigner software i MassARRAY Typer pakken (v4.0). Proksimale SNP’er blev filtreret og specificiteten af ​​PCR-amplifikation og efterfølgende primerforlængelsesreaktionen blev bekræftet med maksimalt seks assays per pool. Multiplex PCR-amplifikation og SAP behandling blev udført på samme måde som for IPLEX reaktion, bortset fra at 5 ng DNA blev anvendt til multiplex-PCR-skabelon. HME-reaktionen blev udført med yderligere 2 ul af HME Master Mix (0,2 pi passende HME EXTEND mix, 1 pi MassEXTEND primerblanding, og 0,025 pi ThermoSequenase enzym) som følger: 94 ° C i 2 min; 75 cykler af 94 ° C i 5 sek, 52 ° C i 5 sek, og 72 ° C i 5 sek; og 72 ° C i 5 minutter. De resterende trin, herunder tilsætning af vand, afsaltning, spotting, og analyse blev udført som for IPLEX reaktionen. Kun overensstemmende opkald fra både IPLEX og HME analyse blev anset for at være validerede mutationer. Alle fundne mutationer blev bekræftet ved standard, tovejs Sanger sekventering

Statistisk analyse

overlevelse analyse blev udført ved hjælp af Kaplan-Meier-metoden og log rank test, og statistisk signifikans blev defineret som p 0,05. SPSS v21.0 blev anvendt til alle statistiske analyser.

Resultater

I denne undersøgelse 46 par af primær-tilbagevendende EOC prøver (dvs. 92 EOC prøver, hvoraf 46 var fra primære kræft sites og 46 var fra matchede parrede tilbagevendende sites) blev analyseret. Alle patienter havde histologisk bekræftet EOC, hvoraf papillær serøs adenokarcinom var mest almindelige (67,4%). Alle patienter undtagen én fik adjuverende platinbaseret kemoterapi mellem januar 2002 december 2011. baseline karakteristika patientpopulation er sammenfattet i tabel 1.

Af de 92 FFPE prøver testede, blev identificeret 35 mutationer og valideret i 31 prøver (33,7%). En enkelt mutation blev påvist i 29,3% af prøverne, og de resterende 4,3% havde to eller flere mutationer. De 35 mutationer, der blev valideret forekom i fire gener, og 19 af disse mutationer blev placeret i

TP53

(tabel 2). Mutationer blev valideret i gener

TP53

(20,7%),

MLH1 Hotel (8,7%),

KRAS Hotel (6,5%), og

CDKN2A

( 2,2%), med tumorsuppressorgen

TP53

det mest almindeligt muterede gen i EOC (20,7% af prøverne). Dette fund er i overensstemmelse med to nylige rapporter, der påviste, at

TP53

mutationer er de mest almindelige somatiske genmutationer i høj kvalitet serøs ovariecancer [6], [10]. Der var imidlertid ingen sammenhæng mellem tilstedeværelsen af ​​en mutation i

TP53

gen og klinisk prognose i alt 46 patienter. Medianen sygdomsfri overlevelse (DFS) var 20,1 (spændvidde, 4,7-55,4) måneder i

TP53

mutation-negative gruppe og 27,9 (spændvidde, 5,1-40,6) måneder i

TP53

mutation-positive gruppe (P = 0,958). Den mediane samlede overlevelse (OS) var 47,9 (15.8-177.4) måneder i det tidligere og 55.0 (37.7-97.1) måneder i sidstnævnte gruppe (P = 0,433) (fig. 1). Overlevelsen analyse mellem

TP53

vildtype og

TP53

mutant typen opnået det samme resultat, når de kun omfatter 31 serøse prøver (fig. 1).

TP53

mutationer og

MLH1

mutationer dukkede op i papillær serøs adenocarcinom, og ellers

KRAS

mutationer og

CDKN2A

mutationer dukkede op primært i mucinøs adenocarcinom (tabel 3).

sygdom-free-overlevelse og samlet overlevelse er ikke forskellig mellem

TP53

mutation-negative gruppe og

TP53

mutation-positive gruppe. A og B, Disease-free-overlevelse og samlet overlevelse i alt EOC patienter (n = 46, 36

TP53

mutation (-) vs. 10

TP53

mutation (+)). C og D, Disease-free-overlevelse og samlet overlevelse i serøs adenokarcinom (n = 35, 27

TP53

mutation (-) serøs vs. 8

TP53

mutation (+) serøs). Vejviser

Næste, de 46 par af primære og tilbagevendende tumor prøver blev sammenlignet med henblik på at vurdere overensstemmelsen på somatiske mutationer. De fleste patienter viste de multiple metastaser og de testede tilbagevendende tumor prøver blev opnået fra det lokale recidiv og fjernmetastaser (tabel 3). Interessant nok forekom nogen somatiske mutationer i den eneste tilbagevendende tumor ikke havde påvist i denne OncoMap analyse af EOC (tabel 4). En konkordans sats næsten 100% blev observeret ved sammenligning mutationer mellem primære og tilbagevendende tumor par. Den eneste patient (tilfælde 12) viste en

TP53

mutation i delprøven dog, at blev ikke påvist i den tilbagevendende prøve. Endvidere frekvensen af ​​mutation detektion var ens mellem primær og recidiverende tumor. Med andre ord blev somatiske mutationer ikke påvirket af lokalt recidiv eller metastaser i EOC.

Diskussion

OncoMap er en optimeret mutation profilering platform udviklet til effektivt at analysere mutationer i kendte onkogener og tumor suppressor-gener, hvoraf mange er kendt for at forudsige respons eller resistens over for målrettede behandlinger [8]. Vores nuværende version af OncoMap (v.4.4) afhører 471 mutationer i 41 gener, der er relevante for kræft. Den OncoMap platform kan anvendes til at analysere DNA afledt fra både frisk frosset væv og FFPE prøver. Følsomheden og specificiteten af ​​OncoMap var 93,8% og 100%, henholdsvis i DNA afledt fra frisk frosset væv, og 89,3% og 99,4% i henholdsvis FFPE-afledt DNA [8]. Når der anvendes FFPE væv, følsomheden og specificiteten af ​​OncoMap er sammenlignelige med resultater under anvendelse af frisk frosset væv. OncoMap er ikke blevet udviklet til en bestemt cancer type, så det har den begrænsning, der indeholder mange gener ikke at være relevant for en bestemt biologi hver kræft. Alligevel er det mest bemærkelsesværdige fordel OncoMap er, at den muliggør screening af hundredvis af hotspot mutationer fra FFPE væv til en rimelig pris [8]; Derfor kunne denne teknologi gør det nemmere for klinikere at screene for druggable mutationer i forskellige kræftformer. OncoMap er allerede blevet rapporteret som en pålidelig metode til screening for somatiske mutationer i en række solide tumorer [7], [9] – [12].

En OncoMap studie blev udført i EOC at identificere mutationer, der er druggable med nye biologiske lægemidler. Selvom EOC ikke er karakteriseret ved specifikke genmutationer (undtagen

TP53

, ifølge TCGA data) [6], er det nødvendigt at undersøge de somatiske mutationer forbundet med forskelle i sygdomstilstande. Samlet, 31 (33,7%) af 92 FFPE væv screenet under anvendelse OncoMap havde somatiske mutationer. Af de EOC prøverne, 20,7% havde

TP53

mutationer, og færre prøver nærede

MLH1 Hotel (8,7%),

KRAS Hotel (6,5%), eller

CDKN2A Hotel (2,2%) mutationer.

TP53

er et tumorsuppressorgen der koder for et protein medierer celle apoptose, og tab af funktion mutation af

TP53

er en af ​​de mest almindelige funktioner i humane cancere [13]. Fra den første omfattende kortlægning af

TP53

mutation sats i en homogen gruppe af high-grade serøse æggestokkene kræftpatienter, den overordnede

TP53

dysfunktion sats nærmede 100% af 123 patienter. Patogene

TP53

mutationer blev identificeret i 96,7% af disse prøver ved sekventering exonerne 2-11 og intron-exon-grænser i tumor-DNA [14]. I overensstemmelse med disse publicerede resultater,

TP53

var muteret i 303 af 316 prøver (95,9%) i TCGA undersøgelse [6]. Hyppigheden af ​​

TP53

mutation var lavere i vores undersøgelse (20,7%) sammenlignet med den rapporteret i tidligere undersøgelser. Da OncoMap kun undersøger

TP53

mutationer ved syv loci og ikke registrerer sletning begivenheder, den lavere

TP53

mutationer observeret i denne undersøgelse er i overensstemmelse med den seneste arbejde fra TCGA, som nævnt i en anden undersøgelse udført under anvendelse OncoMap (fig. 2) [10]. Denne tidligere OncoMap undersøgelse blev udført på et sæt af 203 FFPE avancerede iscenesat høj kvalitet serøs kræft i æggestok prøver i Dana-Farber Cancer Institute, hjælp OncoMap v.3.0. Vi brugte en opgraderet platform OncoMap (v.4.4) herunder mere genet og analyser og undersøgt mutationen profil fra kun koreanske kvinder; imidlertid den hyppige somatisk mutation af EOC var ikke særpræg sammenligne tidligere OncoMap undersøgelse (fig. 2). Talrige undersøgelser har evalueret sammenhængen mellem

TP53

mutationer i kræft og prognose i æggestokkene. Vores data viste ikke forskelle i DFS eller OS med hensyn til

TP53

mutation status. Selv om der har været mange rapporter om, at tilstedeværelsen af ​​

TP53

mutationer er forbundet med prognosen i kræft i æggestokkene, ingen sammenhæng mellem

TP53

mutation og progressionsfri eller OS blev fundet i den omfattende kortlægning af

TP53

mutation i den aktuelle undersøgelse [14]. Det er muligt, at det lave antal patienter med

TP53

mutationer kan være utilstrækkelige til at påvise forskelle i prognose.

Denne OncoMap v.4.4 undersøgelse fra koreanske kvinder afslørede lignende hyppighed af

TP53

somatisk mutation (20,7% vs. 22,7%), og den særprægede resultat af

MLH1

mutation (8,7% vs. 0%) at sammenligne tidligere OncoMap v.3.0 undersøgelse udført i Dana-Farber Cancer Institute.

i denne undersøgelse, den anden mest almindeligt muterede gen i EOC blev

MLH1 Hotel (8,7%), der blev ikke fundet at være muteret i de offentliggjorte OncoMap data i høj kvalitet serøs kræft i æggestokkene. Kønscellelinie mutationer i fejlparringsreparationsgener, herunder

MLH1

,

MSH2

, og

MSH6

, er blevet identificeret i æggestokkene kræftpatienter med arvelig ikke-polypose colorectal cancer (HNPCC) [15]. En undersøgelse, der omfattede 1.893 kvinder med EOC foreslået, at mindre end 1% af kvinder med ovariecancer huser en kimcellelinje mutation i HNPCC gener, og patogene mutationsbærere havde en tidligere gennemsnitsalder ved diagnose af ovariecancer, med en større sandsynlighed for et ikke -serous histologi, og et større antal slægtninge med HNPCC-relaterede kræftformer [15]. I en meta-analyse, somatiske mutationer i

MLH1

MSH2

gener viste sig at være udbredt i kolorektal cancer, desuden en højere forekomst af somatiske mutationer i

MLH1

gen i forhold til

MSH2

genet blev observeret i den europæiske gruppe [16]. Men der er ingen rapporter om

MLH1

somatiske mutationer i EOC. Dette er den første rapport afsløre somatiske mutationer i

MLH1

i sporadisk EOC; derfor er der ingen uafhængige validering data tilgængelige. Det vil være nødvendigt at afhøre, om

MLH1

somatiske mutationer er associeret med specifikke æggestokkene typer kræft.

KRAS

mutationer (6,5%) og

CDKN2A

mutationer (2,2%) blev også påvist i denne undersøgelse. Mutationer i

KRAS

gen er en af ​​de hyppigste genetiske abnormiteter i kræft i æggestokkene, og de er oftere til stede i karcinom i en lavere lønklasse og International Federation of Gynækologi og obstetrik (FIGO) fase, og i læsioner af en mucinøs histotype [17].

KRAS

mutation er forbundet med mucinous differentiering, fordi disse mutationer også ophobes i mucinous carcinomer i andre organer [18], [19]. Tre patienter havde

KRAS

mutationer, og at to af dem havde mucinous maligniteter. Endvidere er det for nylig blevet vist, at pre-invasive æggestokkene mucinous tumorer er karakteriseret ved cyclinafhængige kinaseinhibitor 2A (CDKN2A) og Ras-vejen aberrationer [20]. Især den ene patient med en

CDKN2A

mutation i vores undersøgelse havde også en

KRAS

mutation. Denne undersøgelse er den største og højeste opløsning analyse af mucinøse godartede og borderline tumorer udført til dato, og giver stærk støtte til den hypotese, at disse læsioner er forløbere for primær ovariecancer mucinøs adenocarcinom.

Vi undersøgte genmutationer i parret prøver af oprindeligt diagnosticeret og tilbagevendende tumorer fra 46 patienter ovariecancer. Mange onkologer har været interesseret i intratumoral heterogenitet samt intertumoral heterogenitet mellem primære og tilbagevendende tumor prøver fra den samme patient. En stor prospektiv undersøgelse i brystcancer identificeret en switch i receptorstatus for ER i 10,2% af patienterne, for PR i 24,8% og for HER2 i 2,9%; omskifteren i receptorstatus førte til en ændring i den efterfølgende behandlingsplan for 17,5% af patienterne [21]. Forfatterne derfor foreslået, at forvaltningen af ​​recidiverende brystkræft bør omfatte væv prøvetagning for at identificere kontakter i ER, PR, eller HER2 status i lokalt recidiverende eller metastatisk brystkræft, som kan påvirke den planlagte behandling. Faktisk har nogle rapporter i lungekræft demonstreret disharmoniske mutation mønstre mellem primære og metastatiske tumorer og en heterogen fordeling af epidermal vækstfaktor receptor (

EGFR

) mutationer i individuelle tumorer [22] – [25]. heterogene mutationer i

KRAS

TP53

Dog er knappe, fordi disse mutationer er forbundet med den tidlige patogenese af cancer [26]. I en rapport undersøger tumorprøver fra Katalog over somatiske mutationer i Cancer (COSMIC) database og Aichi Cancer Center Kohorte, der blev ikke konstateret disharmoniske mutation mønstre blandt 77 parrede primære og metastatiske stedet prøver, eller blandt 54 primære og tilbagevendende tumor par [27 ]. Forfatterne konkluderede, at heterogen fordeling af

EGFR

mutationer er sjældne, men fordi mutant

EGFR

alleler selektivt amplificeret i tumorer kan prøver analyseret ved mindre følsomme detektionsmetoder fejlagtigt synes at være heterogent for

EGFR

mutationer

i kræft i æggestokkene, har nogle undersøgelser vist uharmonisk udtryk for gener eller protein biomarkører i parrede primære og tilbagefald æggestokkene kræft vævsprøver, som målt ved immunhistokemiske analyser [28] -. [30 ]. For nylig, men det modsatte data er blevet rapporteret, at ingen nye mutationer opstod fra diagnose til tilbagefald efter kemoterapi ved exome sekventering af matchede prøver fra en patient, hvilket tyder på, at mutationer, der allerede er til stede i den primære tumor bidraget til metastase og kemoterapi modstand [31]. I vores undersøgelse blev en næsten 100% konkordans rate observeret i parrede primære og tilbagevendende prøver. Selvom en patient viste uoverensstemmelse,

TP53

mutation blev påvist i den primære prøve, men ikke i den tilbagevendende prøve. Vores resultater tyder på, at disse gener (

TP53

,

MLH1

,

KRAS,

CDKN2A

) er involveret i tidlig tumor udvikling, som nævnt ovenfor .

Denne OncoMap analyse viste, at somatiske mutationer var sjældne i EOC.

TP53

mutationer var mest almindelige, i overensstemmelse med offentliggjorte OncoMap og TCGA data og somatiske mutationer i

CDKN2A

,

KRAS

, og

MLH1

var også opdages, selv om meget lavere priser. Da der ikke var nogen uoverensstemmelse mellem primære og tilbagevendende prøver, kunne vi ikke finde den specifikke somatiske mutation associeret med tumor tilbagefald og fjernmetastaser i EOC, blandt kendte onkogener og tumorsuppressorgener. For at forstå biologi tumor tilbagefald i EOC, er det nødvendigt flere undersøgelser, herunder epigenetiske ændringer eller yderligere mutationer i andre gener. Endvidere vil fremtidige undersøgelser være nødvendigt at korrelere tilstedeværelsen af ​​

TP53

mutationer med den biologiske aktivitet og klinisk prognose af kræft. Desuden bør analyseres ikke-serøse typer af EOC, fordi molekylære begivenheder i disse kræftformer kan give mulighed for behandlinger rettet mod specifikke mutationer og veje. Bedre funktionelle genetik og sygdomme lagdeling i kræft i æggestokkene vil gøre roman, målrettede terapeutiske mål og individualiserede behandlinger muligt.

Støtte oplysninger

tabel S1.

OncoMap_4.4C består af 439 analyser i 32 separate reaktioner designet til at screene 471 mutationer i 41critical gener

doi:. 10,1371 /journal.pone.0099451.s001

(DOC)