PLoS ONE: Kræft Association Study of Aminoacyl-tRNA-syntetase Signaling Network i glioblastoma

Abstrakt

Aminoacyl-tRNA syntetaser (ARSs) og ARS-interagerende multifunktionelle proteiner (AIMPs) udviser bemærkelsesværdige funktionelle alsidighed ud over deres katalytiske aktiviteter i proteinsyntese. Deres ikke-kanoniske funktioner er blevet patologisk knyttet til cancere. Her beskrev vi vores integrativ genom-dækkende analyse af ARSs at vise kræft-associerede aktiviteter i glioblastoma multiforme (GBM), den mest aggressive maligne primære hjernetumor. Vi først udvalgt 23 ARS /AIMPs (sammen benævnt ARSN), 124 cancer-associerede druggable målgener (DTGS) og 404 protein-protein interaktionskandidater (PPI) af ARSs hjælp NCI kræft gen indeks. 254 GBM Affymetrix microarray data i The Cancer Genome Atlas (TCGA) blev anvendt til at identificere de probe sæt, hvis udtryk blev stærkest korreleret med overlevelse (Kaplan-Meier plot versus overlevelse gange, log-rank t-test 0,05). Analysen identificerede 122 probe sæt som overlevelse underskrifter, herunder 5 i ARSN (VARS, QARS, CARS, NARS, FARS), og 115 i DTGS og PPI (PARD3, RXRB, ATP5C1, HSP90AA1, CD44, thrA, TRAF2, KRT10, MED12 osv). Notatet blev 61 overlevelse-relaterede sonder udtrykkes forskelligt i tre forskellige prognose undergrupper i GBM patienter og viste korrelation med etablerede prognose markører såsom alder og fænotypiske molekylære signaturer. CARS og FARS viste også signifikant højere forening med forskellige molekylære netværk i GBM patienter. Tilsammen vores resultater viser evidens for en ARSN biologi-dominerende bidrag i biologi GBM

Henvisning:. Kim YW, Kwon C, Liu JL, Kim SH, Kim S (2012) Cancer Association Study of Aminoacyl -tRNA Synthetase Signaling Network i glioblastoma. PLoS ONE 7 (8): e40960. doi: 10,1371 /journal.pone.0040960

Redaktør: Natarajan Kannan, University of Georgia, USA

Modtaget: Marts 9, 2012; Accepteret: 15 juni 2012; Udgivet: 31 august, 2012