PLoS ONE: En nøjagtig prostatakræft prognosticator Ved hjælp af en syv-Gene Signature Plus Gleason Score og tage Cell Type Heterogeneity ind Konto

Abstrakte

En af de store udfordringer i udviklingen af ​​prostatakræft prognostiske biomarkører er den cellulære heterogenitet i vævsprøver. Vi udviklede en objektiv Cluster-korrelation (CC) analyse for at identificere genekspression ændringer i forskellige celletyper, der er forbundet med progression. I Cluster trin blev prøver samlet (uden opsyn) baseret på ekspressionen værdier af hvert gen gennem en blanding model kombineret med en multipel lineær regressionsmodel, hvori celle-type percent data blev anvendt til sønderdeling. I Correlation trin blev en Chi-square test, der anvendes til at vælge potentielle prognostiske gener. Med CC analyse identificerede vi 324 signifikant udtrykte gener (68 tumor og 256 stroma celle udtrykte gener), som var associeret med den observerede biokemiske tilbagefald status. Betydning Analyse af Microarray (SAM) blev derefter anvendt til at udvikle en syv-gen klassifikator. Klassificeringen er valideret ved hjælp af to uafhængige datasæt. Den samlede forudsigelse nøjagtighed og følsomhed er 71% og 76%, hhv. Inddragelsen af ​​Gleason beløb til syv-genet klassificeringen rejst forudsigelse nøjagtighed og følsomhed over for 83% og 76% henholdsvis baseret på uafhængige test. Disse resultater viste, at vores prognostiske model, der omfatter celletype justeringer og hjælp Gleason score og de syv-genet signatur har nogle anvendelighed til forudsigelse af resultater for prostatacancer for individuelle patienter på tidspunktet for prognose. Strategien kunne have applikationer til forbedring af markør præstation i andre kræftformer og andre sygdomme

Henvisning:. Chen X, Xu S, McClelland M, Rahmatpanah F, Sawyers A, Jia Z, et al. (2012) En nøjagtig prostatakræft prognosticator Ved hjælp af en syv-Gene Signature Plus Gleason Score og tage Cell Type Heterogeneity i betragtning. PLoS ONE 7 (9): e45178. doi: 10,1371 /journal.pone.0045178

Redaktør: Bart O. Williams, Van Andel Institute, USA

Modtaget: 17. maj 2012; Accepteret: August 16, 2012; Udgivet: 28 september, 2012