PLoS ONE: TARGETgene: Et værktøj til identifikation af potentielle terapeutiske mål i kræft

Abstrakte

bred vifte af i silico ressourcer og data af høj throughput profilering i øjeblikket tilgængelig i livet videnskaber forskning giver mulighed for at hjælpe kræft-gen og lægemiddelforskning processen. Her foreslår vi at drage fordel af disse ressourcer til at udvikle et værktøj, TARGETgene, for effektivt at identificere mutation chauffører, mulige terapeutiske mål, og lægemiddelkandidater i kræft. Den enkle grafiske brugergrænseflade muliggør hurtig, intuitiv kortlægning og analyse på systemniveau. Brugere kan finde, vælge og udforske identificerede målgener og forbindelser af interesse (fx nye cancer gener og deres berigede biologiske processer), og validere forudsigelser ved hjælp brugerdefinerede benchmark gener (f.eks målgener detekteret i RNAi skærme) og kurateret kræft gener via TARGETgene. De højtstående kapaciteter TARGETgene er også demonstreret gennem to ansøgninger i dette papir. Forudsigelserne i disse to ansøgninger blev derefter tilfredsstillende valideret af flere måder, herunder kendte cancer gener, resultater af RNAi skærme, gen-funktion anmærkninger, og target gener af lægemidler, der er blevet anvendt eller i kliniske forsøg i kræftbehandling. TARGETgene er frit tilgængelige fra Biomedical Simuleringer Resource hjemmeside (https://bmsr.usc.edu/Software/TARGET/TARGET.html)

Henvisning:. Wu CC, D’Argenio D, Asgharzadeh S, Triche T (2012) TARGETgene: Et værktøj til identifikation af potentielle terapeutiske mål i Cancer. PLoS ONE 7 (8): e43305. doi: 10,1371 /journal.pone.0043305

Redaktør: Ying Xu, University of Georgia, USA

Modtaget: 19. april, 2012; Accepteret: 18 Juli 2012; Udgivet: 31 august, 2012