PLoS ONE: Genetisk Variant rs7758229 i 6q26-q27 er ikke forbundet med kolorektal cancer risiko i en kinesisk Befolkning

Abstrakt

Baggrund

En nylig genom-dækkende forening undersøgelse har identificeret en ny genetisk variant rs7758229 i

SLC22A3

for tarmkræft modtagelighed i en japansk befolkning, men det er uvist, om dette nyligt identificerede variant er associeret med colorectal cancer i andre populationer, herunder den kinesiske befolkning.

Metoder

Vi undersøgte sammenhængen mellem rs7758229 og kolorektal cancer risiko blandt 1.147 sager og 1.203 kontroller modsvares af alder og køn. Logistisk regression model blev anvendt til at vurdere foreningerne.

Resultater

Ingen signifikant sammenhæng blev fundet mellem rs7758229 og kolorektal cancer risiko (OR = 0,95, 95% CI = 0,84-1,09,

P

= 0,463). Lignende resultater blev observeret i lagdeling af tumor placering (OR = 0,94, 95% CI = 0,80-1,11,

P

= 0,481 for tyktarmskræft, og OR = 0,96, 95% CI = 0,82-1,13,

P

= 0,621 for endetarmen kræft).

konklusioner

Vores resultater ikke understøtter en sammenhæng mellem rs7758229 i 6q26-q27 og risikoen for kolorektal cancer i en kinesiske befolkning.

Henvisning: Zhu L, Du M, Gu D, Ma L, Chu H, Tong N, et al. (2013) genetisk variant rs7758229 i 6q26-q27 er ikke forbundet med kolorektal cancer risiko i en kinesisk Befolkning. PLoS ONE 8 (3): e59256. doi: 10,1371 /journal.pone.0059256

Redaktør: Hengyi Rao, University of Pennsylvania, USA

Modtaget: September 21, 2012; Accepteret: 12. februar 2013; Udgivet: 12 Marts 2013

Copyright: © 2013 Zhu et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Denne undersøgelse blev delvist støttet af National Natural Science Foundation of China (81201570, 81102089, og 81230068), National Natural Science Foundation i Jiangsu-provinsen (BK2010080 og BK2011773), Key Program for Basic Research i Jiangsu Provincial Department of Education (11KJB330002), Qing Lan Projekt i Jiangsu Provincial Department of Education, og projekt finansieret af Priority Academic Program Udvikling af Jiangsu videregående uddannelsesinstitutioner (Folkesundhed og forebyggende medicin). De finansieringskilder havde ingen rolle i undersøgelsen design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser

Indledning

Tyktarmskræft er den førende årsag til cancer-relaterede dødsfald i de fleste lande, som er forårsaget af en kombination af genetiske og miljømæssige risikofaktorer [1], [2], [3]. Twin undersøgelser har vist, at genetiske modtagelighed konti for ~35% af sygdom ætiologi, hvoraf de fleste er stadig uklart [4]. Seneste udbredte tilgængelighed af højt gennemløb genomiske tilgange har givet mulighed for at scanne genomer af et stort antal personer i genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS) hurtigt [5]. Adskillige GWAS er afsluttet med det formål at identificere genetiske varianter, der påvirker risikoen for kolorektal cancer [6]. Tidligere tre validering [7], [8], [9] studier i kinesisk undladt at kopiere det meste af GWAS-identificerede loci, hvilket tyder på, at genetisk heterogenitet eksisterede mellem kaukasiere og asiater.

For nylig, Cui et al. gennemført en GWAS i en japansk befolkning (4,809 kolorektal cancer tilfælde og 2.973 kontroller) og identificeret en ny locus rs7758229 i

SLC22A3

for distal tyktarmskræft [10]. Desuden fandt de kumulative virkninger af rs7758229, kunne andre genetiske og miljømæssige faktorer øger kolorektal cancer risiko. Men lidt eller intet er kendt om hvorvidt virkningen af ​​dette locus findes i andre asiatiske befolkninger. Her har vi gennemført en uafhængig case-kontrol undersøgelse for at vurdere sammenhængen mellem rs7758229 identificeret af Cui et al. og kolorektal cancer risiko i et kinesiske befolkning.

Materialer og metoder

studiepopulation

De patienter af kolorektal cancer blev rekrutteret i september 2010 på First Affiliated Hospital og Nanjing First Hospital i Nanjing Medical University, som er blevet beskrevet i detaljer tidligere [11]. Alle sager blev histologisk bekræftet kolorektal adenocarcinom. Den patologiske stadium af colorectal cancer blev klassificeret i Dukes A, B, C og D. Tumor klasse var opdelt i lav, mellemliggende og høj. Kontrolpersonerne blev tilfældigt udvalgt fra en pulje af mere end 25.000 cancerpatienter-frie individer på grundlag af fysiske undersøgelser og frekvens-matchede til tilfælde på alder og køn. Udelukkelseskriterierne omfattede ingen historie af kræft. Efter at have underskrevet informeret samtykke, hver emne doneret 5 ml blod for genomisk DNA-ekstraktion. Denne undersøgelse blev godkendt af de institutionelle anmeldelse bestyrelser Nanjing Medical University.

Genotypning

Genomisk DNA blev isoleret fra perifert blod lymfocytter. I denne undersøgelse blev rs7758229 genotype under anvendelse af TaqMan assay (Applied Biosystems). Sekvenserne af primer og probe for hver SNP er tilgængelige på anmodning. Genomisk DNA fra 50 ng og 0,5 × blanding (Takara Bio, JPN) blev anvendt til hver reaktion og amplificering blev udført under følgende betingelser: 50 ° C i 2 min, 95 ° C i 10 minutter efterfulgt af 45 cykler af 95 ° C i 15 sekunder, og 60 ° C i 1 min. Vi vurderede genotype datakvalitet ved at skrive 10% blindede udtages; konkordansen sats var 100,0%.

statistiske analyser

Hardy-Weinberg ligevægt af kontrollerne ‘genotype distributioner blev testet af en goodness-of-fit chi-square test. Ubetingede univariate og multivariate logistisk regression blev udført for at opnå rå og justerede odds ratio (OR) for risiko for kolorektal cancer og deres konfidensintervaller 95% (CIS). En

P

værdi 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant, og alle statistiske tests var tosidet. Statistiske analyser blev udført ved hjælp af SAS-software, frigive 9,1 (SAS Institute, Cary, NC).

Resultater

I alt 1.147 kolorektal kræfttilfælde og 1.203 kontrolpersoner blev inkluderet i denne undersøgelse (tabel 1). Den gennemsnitlige alder var 60,1 år for sager og 59,9 år for kontrollen. Sager var mere tilbøjelige til at have familiemedlemmer med kræft end kontroller (21,2% versus 10,6%,

P

0,001). De observerede rs7758229 genotypefrekvenser blandt kontrolpersonerne var efter aftale med Hardy-Weinberg ligevægt (

P

= 0,778). Som vist i tabel 2, frekvenserne af GG, GT og TT-genotyperne var 58,3%, 35,6% og 6,1%, henholdsvis blandt tilfældene og 56,4%, 37,6% og 6,0%, henholdsvis blandt kontrollerne. Desuden rs7758229 T allel frekvens var 0,248 blandt de tilfælde og 0,238 blandt kontrollerne, og forskellen var ikke statistisk signifikant (OR = 0,95, 95% CI = 0,84-1,09,

P

= 0,463). Vi udførte en lagdeling analyse ifølge tumor placering (tyktarm og endetarm) for at undersøge sammenhængen mellem rs7758229 og kolorektal cancer risiko. Tilsvarende blev rs7758229 T allel ikke forbundet med risiko for tyktarmskræft eller rektum cancer, sammenlignet med G-allelen (OR = 0,94, 95% CI = 0,80-1,11,

P

= 0,481 for coloncancer, og OR = 0,96, 95% CI = 0,82-1,13,

P

= 0,621 for endetarmen kræft).

diskussion

i den foreliggende undersøgelse, vi fandt ingen statistisk signifikant sammenhæng mellem rs7758229 i

SLC22A3

og kolorektal cancer risiko, og ingen sammenhæng med risiko for tumor placering.

Vores manglende evne til at replikere resultaterne af Cui et al. [10] kan skyldes flere årsager. For det første kan en svag og utilstrækkelig effekt forklare vores inkonsistente resultater. Men denne undersøgelse havde rimelig effekt ( 75%) for at detektere en OR på 1,28 pr kopi af T-allel, som tidligere var blevet rapporteret af Cui et al. [10]. For det andet, vi rekrutterede kolorektal kræfttilfælde fra hospitaler og udvalgte kontroller fra bestande, som måske ikke godt repræsenterer hele befolkningen og kan føre til potentiel selektionsbias. For det tredje er det biologisk tænkeligt, at den samme følsomhed variant for tarmkræft kan være impliceret tværs af forskellige befolkningsgrupper. Derfor kan de afvigende fund relateres til genetiske og /eller miljømæssige modifikatorer, der varierer i frekvens mellem de kinesiske befolkninger og de japanske befolkninger. Endelig Cui et al, rapporterede, at rs7758229 havde en mere signifikant sammenhæng med risiko for distal tyktarmskræft (

P

= 7,92 × 10

-9) end kolorektal cancer (

P

= 1,31 × 10

-5) [10], hvilket tyder på, at deres karcinomer har forskellige patologiske mekanismer carcinogenese involverer forskellige genetiske og epigenetiske defekter [12].

som konklusion vores undersøgelse bekræftede, at rs7758229 i 6q26 -q27 kan ikke bidrage til risikoen for colorectal cancer i en kinesisk population. Derfor yderligere andre loci og store GWAS af kolorektal cancer i den kinesiske befolkning forventer.