PLoS ONE: Association Between TAS2R38 Gene polymorfier og Kolorektal Cancer Risk: A Case-Control Study i to uafhængige populationer af kaukasisk Origin

Abstrakt

Molekylær sensing i linguale slimhinde og i mave-tarmkanalen spille en rolle i påvisning af indtagne skadelige stoffer og toksiner. Derfor kan genetiske polymorfier påvirker evnen til at indlede disse reaktioner være afgørende for den efterfølgende effektivitet undgå og /eller fjerne mulige trusler mod organismen. Ved at bruge en tagging tilgang i regionen Smag receptor 2R38 (

TAS2R38

) gen, undersøgte vi alle de fælles genetiske variation af dette gen region i forhold til kolorektal kræftrisiko med en case-kontrol undersøgelse i en tysk befolkning (709 kontroller og 602 tilfælde) og i en tjekkisk befolkning (623 kontroller og 601 sager). Vi fandt, at der ikke var væsentlige sammenhænge mellem de enkelte SNPs i

TAS2R38

gen og tarmkræft i tjekkisk eller i den tyske befolkning, og heller ikke i den fælles analyse. når vi analyserede diplotypes og fænotyper fundet vi imidlertid, at den ikke-smagsprøve gruppe havde en øget risiko for tyktarmskræft sammenlignet med smageren gruppen. Denne forening var borderline signifikant i den tjekkiske befolkning, (OR = 1,28, 95% CI 0,99-1,67; P

value = 0,058) og statistisk signifikant i den tyske befolkning (OR = 1,36, 95% CI 1,06-1,75; P

value = 0,016) og i fælles analyse (OR = 1,34, 95% CI 1,12-1,61; P

value = 0,001). Afslutningsvis fandt vi en tankevækkende sammenhæng mellem den humane bitter smag fænotype og risikoen for CRC i to forskellige populationer af kaukasisk oprindelse

Henvisning:. Carrai M, Steinke V, Vodička P, Pardini B, Rahner N, Holinski-Feder E, et al. (2011) Forening Mellem TAS2R38 Gene polymorfier og Kolorektal Cancer Risk: A Case-Control Study i to uafhængige populationer af kaukasisk oprindelse. PLoS ONE 6 (6): e20464. doi: 10,1371 /journal.pone.0020464

Redaktør: Yiqing Song, Brigham Kvinders Hospital, og Harvard Medical School, USA

Modtaget: Februar 28, 2011; Accepteret dateret 25. april 2011; Udgivet: Juni 2, 2011

Copyright: © 2011 Carrai et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Finansiering:. Dette projekt blev delvist støttet af Grant Agency Tjekkiets: CZ: GACR: GA310 /07/1430, af det Europæiske økonomiske Samarbejdsområde /Norge Tilskud og Tjekkiet statsbudgettet ved hjælp af forskning støttefond: A /CZ0046 /2 /0012. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet. Ingen yderligere eksterne midler modtaget for denne undersøgelse

Konkurrerende interesser:. EHF og MM er ansat af Medical Genetics Center /Medizinisch Genetisches Zentrum München. Dette ændrer ikke forfatternes tilslutning til alle de PLoS ONE politikker på datadeling og materialer.

Introduktion

Kolorektal cancer (CRC) er den tredje mest almindelige kræftform i verden, og den anden i Europa [1], [2]. Genetisk baggrund menes at spille en rolle i modulering individuel [3] risiko. Den primære interesse af forskningen i den genetiske modtagelighed CRC har været fokuseret på gener involveret i miljøfremmede transport og metabolisme [4], [5], [6], [7], DNA-reparation og cellecyklus [8], [9 ], insulinresistens, fedme og glucoseniveauer [10], og inflammation [11], [12]. Men den mulige sammenhæng mellem smag receptorer, bitter sensing og CRC risiko er for nylig blevet testet [13], [14], [15], [16]. Smagssansen, der er udviklet i løbet af evolutionen, er en ernæringsmæssig gatekeeper af kroppen at bestemme, hvilke fødevarer bør indtages, og som bør afvises som potentielt skadelige. Især har evnen til at diskriminere bitre smag udviklet sig som en central advarselssignal mod indtagelse af mulige toksiske stoffer.

TAS2R38,

de mest studerede gen tilhører denne familie, er i høj grad involveret i evnen til at smage de glucosinolater, en stor familie af bitre vinsmagning forbindelser, som er vidt udbredt i planter og især i

Brassica

sp. [17], [18]. Diskriminationen af ​​bitre smag kan påvirke forbruget af grøntsager indeholder disse ligander og da en reduceret grønt indtag kan øge tyktarmskræft risiko, kunne individuel lydhørhed over for bitre forbindelser modulere sygdomsrisiko [19], [20], [21], [22 ]. Desuden er bitter smag receptorer kodet af TAS2R genfamilien udtrykt ikke blot i tungen, men også i cellerne af mave- tarmkanalen (GI) [23], [24]. Taste receptorer kan give, på denne måde, organismen med to linjer til forsvar mod eventuelle giftige stoffer. Den første kan være på niveau med smag i tungen, ved at undgå indtagelse. Den anden linje i forsvaret, den molekylære sensing i mave-tarmkanalen, kunne være ansvarlig for påvisning af indtaget skadelige stoffer og toksiner, og dermed indlede reaktioner afgørende for overlevelse. Nemlig, er påvisning indledt ved at sende beskeder til nervesystemet til at give anledning til en passende reaktion på deres neutralisering og udvisning [23]. Desuden smagen sensing er en vigtig system til at starte hormonelle og /eller nervebanerne, der fører til regulering af kalorieindtag, bugspytkirtel insulinsekretion, og metabolisme [23]. Selv om disse grundlæggende kontrolsystemer har været kendt i mange år, at de cellulære og nervebanerne, der medierer biologiske reaktioner luminale stimuli i almindelighed og bitre stimuli i særdeleshed, forbliver dårligt karakteriseret, er dog de seneste rapporter hurtigt at tilføje nye oplysninger til meget dette vigtige emne [25], [26], [27], [28]

TAS2R38

gen er præget af tre ikke synonyme kodende SNP’er (rs713598 – G145C, Ala49Pro;. rs1726866 – T785C, Val262Ala; rs10246939 – A886G, Ile296Val). Disse tre polymorfier, som også tagging SNPs og omfatter alle de almindelige genetiske variabilitet af gen locus, giver anledning til flere haplotyper. To af disse haplotyper, Pro-Ala-Val (PAV) og Ala-Val-Ile (AVI) er langt den mest almindeligt forekommende i humane populationer [29], [30], [31]. Fag har mindst én kopi af PAV allel er signifikant mere responsive til bitre smagsstoffer, såsom PROP eller PTC (Courses fænotype), end dem, der er homozygote for allelen AVI (ikke-Courses fænotype). Da de forskellige fænotyper (smagsprøve

vs

ikke-smagsprøve) afspejler en differentieret receptor funktionalitet, den manglende evne til at smage bitre forbindelser kunne også være en markør for en forringet funktion af receptorer i GI: ikke-Courses personer kunne reagere langsommere fjerne miljøfremmede stoffer i tarmen og følgelig er større risiko for CRC.

Formålet med denne undersøgelse var, under anvendelse af en kodning tilgang, at vurdere mulig sammenhæng mellem alle de fælles genetiske variabilitet af

TAS2R38

og det resulterende “prøvesmagning evne” og CRC risiko i alt 1203 tilfælde af kolorektal cancer og 1332 kontroller fra de tyske og tjekkiske befolkninger, som er kendt for at udstille en af ​​de højere forekomst af CRC [32].

Resultater

i dette case-kontrol undersøgelse vi evaluerede variabiliteten i

TAS2R38

gen i en gruppe af emner af tysk og tjekkisk kaukasisk oprindelse. Nærmere oplysninger om de vigtigste karakteristika ved de to studiepopulationer er præsenteret i tabel 1.

Genotypning succesrate og kvalitetskontrol

De genotype distributioner på alle loci var i Hardy-Weinberg ligevægt i kontrollen med ikke-signifikante chi square værdier (p 0,05, data ikke vist). Tilfældig dublerede prøver (8%) var også inkluderet og overensstemmelsen mellem deres genotyper var større end 99%. Den gennemsnitlige takst for de tre SNPs var 97,9%.

Vigtigste virkninger af genotypede SNP’er

Fordelingen af ​​genotyper og deres odds ratio (OR) for association med CRC risiko er vist i tabel 2. Vi evaluerede den yderste periferi separat og samlet for de to populationer. Vi fandt, at der ikke var nogen signifikante sammenhænge mellem SNPs af

TAS2R38

gen og CRC hverken tjekkerne, i tyskerne, heller ikke i den fælles analyse.

Haplotype, diplotype og fænotype analyse

fordelingen af ​​de store haplotyper (PAV og AVI) var ikke signifikant forskellig (p = 0,99) i de to populationer. Selvom sjældne haplotyper (AAV, PVV, AAI, PVI og PAI) tegnede sig for den samme kumulative frekvens (4%) for både den tyske og den tjekkiske grupper optrådte de forskelligt fordelt som rapporteret i supplerende figurer S1 og S2. Udførelse logistisk regressionsanalyse i fællesskab på det tyske og tjekkiske befolkninger vi observeret en statistisk signifikant sammenhæng mellem

TAS2R38

diplotypes og CRC risiko: bærere af AVI /AVI diplotype fremlægge en øget risiko for CRC forhold til PAV /PAV luftfartsselskaber med en OR på 1,33 (95% CI 1,03-1,72; p = 0,027). Oprindelsesland og køn ikke signifikant ændre den observerede association (p = 0,85 og p = 0,36 henholdsvis) som angivet i tabel 3.

I den tjekkiske befolkning bærere af AVI /AVI diplotype præsenteret en statistisk ikke signifikant tendens til øget CRC risiko, med en OR på 1,15. (95% CI 0,80-1,66; p = 0,44)

i den tyske befolkning fandt vi en signifikant sammenhæng mellem AVI /AVI diplotype luftfartsselskaber og øget risiko for CRC med en OR på 1,52 (95% CI 1,05-2,21; p = 0,027) sammenlignet med PAV /PAV luftfartsselskaber

Endelig har vi inddelt alle diplotypes i to grupper, der er defineret ved deres fænotype. , smageren (PAV /PAV; PAV /PVV; P _ * /A_ *)) gruppe og den ikke-smagsprøve ((AVI /AVI, AAV /AVI) gruppe ikke-smagere var forbundet med en øget risiko for CRC i. tyske befolkning (OR = 1,36; 95% CI 1,06-1,75; p = 0,016). ikke-smagsdommere blev også forbundet med en øget risiko i den tjekkiske befolkning, selv ikke på et statistisk signifikant niveau (OR = 1,28; 95% CI 0.99 -1,67; p = 0,0580. Analysere de to populationer sammen foreningen var stærkere (OR = 1,34; 95% CI 1,12-1,61, p = 0,001 (tabel 4)

Effekter af genotypede SNP’er i forskellige befolkningslag

for den Tjekkiske befolkning, vi har udført analyse stratificering for køn og rygning status og vi udførte også en analyse ved hjælp af BMI som justeringsfaktor. for den tyske befolkning havde vi ikke data om rygning og BMI. i vores undersøgelse var der ingen forskel i de genotype fordelinger i de forskellige lag, eller BMI havde nogen effekt på foreningen.

diskussion

i den foreliggende undersøgelse fælles genetisk variation i

TAS2R38

blev fuldstændig fanget. den anvendt intensive SNP tagging tilgang giver en tæt på udtømmende analyse af sammenslutninger af CRC risiko med fælles polymorfe varianter kendt for locus af interesse. Desuden analyser af haplotyper, diplotype og fænotype give et samlet billede af den fælles genetiske variabilitet af

TAS2R38

gen i relation med CRC risiko.

i denne undersøgelse havde vi tilstrækkelig effekt (over 80% for en co-dominant model) til at detektere OR = 1,30 ved alpha = 0,05 for en SNP med en MAF på 0,33 (som er den mest sjældne allel studerede hermed) hvis overvejer kun den tyske befolkning. For den tjekkiske befolkning havde vi den samme magt til påvisning af sammenslutninger af OR = 1,27 eller derover og samle sammen de to populationer vi opnåede tilstrækkelig strøm til at opdage mere beskedne foreninger (OR≥1.21).

Den foreliggende undersøgelse giver interessant bevis på den mulige rolle TAS2R38 i CRC risiko. Analysere de tre SNPs hver vi fandt ikke nogen sammenhæng med CRC risiko. når vi analyserede fordelingen af ​​store diplotypes mellem cases og den kontrol, vi fandt imidlertid, at AVI /AVI kombination er forbundet med en øget CRC risiko. Denne forening var stærkere, når man overvejer de to befolkning sammen (p for trend test = 0,007). Individer der bærer denne diplotype betegnes som bitre forbindelser “ikke-smagere”, i modsætning til “smagsprøve”. Vi endelig overvejet den ikke-smagsprøve fænotype mod alle de andre og fandt, at det var forbundet med øget CRC risiko i begge populationer, selvom foreningen var stærkere i den tyske befolkning end i tjekkisk. Denne forening tyder på, at de forskellige fænotyper, som afspejler en differentieret receptor funktionalitet i den manglende evne til at smage bitre forbindelser, kunne også være en markør for en forringet funktion af receptorer i GI: ikke-Courses individer kunne reagere langsommere i fjerne miljøfremmede stoffer i tarmen og dermed være større risiko for CRC.

mulige begrænsninger af denne undersøgelse omfatter den relativt lille stikprøve, og de mulige forskelle mellem de to udvalgte befolkningsgrupper, især i forbindelse med mulige forstyrrende faktorer såsom kost. Dog kan vi trygt udelukke en stor rolle af etniske forskelle mellem de to populationer. I en nylig undersøgelse Nelis og kolleger undersøgte den underliggende befolkning lagdeling i Europa viser, at der var meget lidt, om nogen, forskelle i genetiske sammensætning af tyskere og tjekkere [32]. Desuden den tjekkiske og de tyske befolkninger har også en sammenlignelig CRC forekomst ifølge Globocan [1]. Kostvaner og fødeindtagelse er ikke dramatisk anderledes i de to lande (https://faostat.fao.org/site/609/DesktopDefault.aspx?PageID = 609). Men vi fandt en svagere sammenhæng mellem den genetiske variabilitet af

locus

og CRC risiko i den tjekkiske befolkning. En forklaring kan være relateret til miljømæssige faktorer (for eksempel kost, rygning). En anden forklaring kunne være den anden indskrivning strategi forsøgspersoner, da tyskerne havde en familie historie CRC eller CRC diagnosticeret under en alder af 50. Mean og median alder er lavere i den tyske befolkning, og dette kan afspejle det faktum årsagssammenhængen af ​​tumor kan have en stærkere genetisk komponent da miljøet havde mindre tid til at ændre cancer risiko for disse individer. Det er også muligt, at samspillet mellem gener og miljø kunne være årsagen til den svagere associering i den tjekkiske befolkning på en måde, vi ikke kunne detektere under denne undersøgelse. Endelig foreningen kunne være en tilfældighed, men vi ville have tendens til at udelukke denne for, at foreningen i de to populationer tyder på den samme gruppe som den øgede risiko individer.

Kønsforskelle for bitre smag har blevet udforsket [33], og for disse grund har vi gennemført stratificerede analyser i begge populationer. Vi fandt, at sex ikke var en modificerende faktor i enten population.

Flere genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS) på CRC risiko er blevet offentliggjort [34], og i ingen

TAS2R38

opstået som en mulig følsomhed locus. Det er dog interessant at bemærke, at den genomiske region, hvor

TAS2R38

ligger dårligt dækket af SNP arrays anvendes i offentliggjort CRC GWAS. Især rs1726866 og rs10246939 ikke er til stede på de platforme (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). Vi fandt en forening ved hjælp af kombinationer af de tre genotyper i diplotypes, derfor er det ikke overraskende, at GWAS, hvor to af de tre SNPs manglede, og som ikke rutinemæssigt studere haplotyper /diplotypes /fænotyper, ikke afsløre eventuelle signal på dette locus.

Afslutningsvis fandt vi en tankevækkende sammenhæng mellem den humane smager bittert fænotype og risikoen for CRC i to forskellige populationer af kaukasisk oprindelse. En større, uafhængig undersøgelse er nødvendig for yderligere at undersøge dette fund.

Materialer og metoder

Etik Statement

Alle deltagere underskrevet en informeret skriftligt samtykke. Undersøgelsen blev godkendt af de etiske anmeldelse bestyrelser de institutioner med ansvar for emne rekruttering i hver af rekruttering centre.

Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle undersøgelsens deltagere. De etiske komiteer var følgende:

Ethik Kommission der Medizinischen Fakultät der Ruhr Universität Bochum [Reg.-Nr.:1514]; Ethik Kommission – Medizinische Fakultät Bonn [LFD. Nr. 115/09]; Ethik Kommission der Medizinische Fakultät der Technischen Universität; Dresden [Bearbeitungs- Nr. EK170102000]; Ethikkommission der Medizinische Fakultät der Heinrich Heine Universität Düsseldorf [Studiennummer: 1172]; Ethikkommission I der Universität – Medizinische Fakultät Heidelberg [Antrags- Nr .: 220/2002]; Ethikkommission II an Fakultät für klinische Medizin under Ruprechts-Karl-Universität Heidelberg (vedrørende prøver fra Mannheim) [Antrags- Nr .: 87/04] Ethikkommission der Medizinische Fakultät Universität München [Projekt Nr. 255/98]; Etická komise Ústravu experimentální medici AV ČR etiske komité af Institut for klinisk og Eksperimentel Medicin og Faculty Thomayer Hospital [C.J. 786/09 (09-04-09)]

Undersøgelse befolkninger

For nuværende tilfælde-kontrol undersøgelse vi har overvejet en gruppe af fag fra to populationer:. En fra Tjekkiet (601 tilfælde, 623 kontroller) og den anden fra Tyskland (602 tilfælde, 709 kontroller).

den tjekkiske befolkning er blevet grundigt beskrevet andetsteds [7]. Kort fortalt tilfælde var CRC patienter besøger ni onkologiske afdelinger (to i Prag, en hver i Benesov, Brno, Liberec, Ples, Pribram, Usti nad Labem, og Zlin) fordelt i alle geografiske regioner i Tjekkiet og er repræsentativ for befolkningen i hele landet. Denne undersøgelse omfatter patienter, som kunne interviewet og forudsat biologiske prøver af tilstrækkelig kvalitet til genetisk analyse. Alle tilfælde havde histologisk bekræftelse af deres tumor diagnose. I gruppen af ​​tilfælde blev gentest for arvelig nonpolyposis CRC (HNPCC) anbefales til fire patienter, der tilhørte familier opfylder Amsterdam kriterierne II, og disse sager blev udelukket.

Kontroller blev udvalgt blandt patienter indlagt til fem store gastroenterologiske afdelinger (Prag, Brno, Jihlava, Liberec, og Pribram) over Tjekkiet, i samme periode som rekruttering af sager. Kun personer, hvis coloskopisk resultater var negative for malignitet blev kolorektale adenomer eller IBD valgt som kontroller. Blandt 739 inviterede kontroller, i alt 623 (84,3%) blev analyseret i denne undersøgelse (mistede kontroller svarede til dem, der følger med hensyn til sex distribution).

Sager inkluderet i denne undersøgelse havde en gennemsnitsalder på 59,2 år (range 27-74), mens kontroller havde en gennemsnitsalder på 55,3 år (spændvidde 28-91).

de genetiske analyser ikke forstyrre diagnostiske eller terapeutiske procedurer for fagene. Alle deltagere underskrev en informeret skriftligt samtykke og udformningen af ​​undersøgelsen blev godkendt af Etisk Udvalg af Institut for Eksperimentel Medicin, Prag, Tjekkiet.

For den tyske befolkning, som beskrevet i [35], [ ,,,0],36] CRC sager omfattede 602 indeks patienter (aldersinterval 13-82 år, betyder 43,2 år) rekrutteret af seks tyske universitetshospitaler (Bochum, Bonn, Dresden, Düsseldorf, Heidelberg og München /Regensburg). Sager blev indsamlet som en del af en stor undersøgelse om modtagelighed for HNPCC. Inklusionskriterier for tilfældene var (i) en familie historie af CRC eller (ii) CRC diagnosticeret under en alder af 50. Analyse for mikrosatellit ustabilitet blev anvendt som en pre-screening test forud for mutation analyse i

MSH2

og

MLH1

gener. Alle sager blev testet til at være mikrosatellit stabil.

kontrol serien bestod af 709 sunde, uafhængige og ethnicity-, køns- og aldersmatchede bloddonorer (26-64 år, betyder 44,5 år), som blev rekrutteret mellem 2004 og 2006 af Institute of Transfusion Medicine og Immunologi, Faculty of Mannheim, Tyskland. Intervallerne matchende for alder var ‘yngre end 30 år «, fem årgange (30-34, 35-39, …, 60-64) og» ældre end 65 år «. Blodprøvetagning blev udført under regelmæssig bloddonation efter tyske retningslinier. Undersøgelsen blev godkendt af de kompetente lokale etiske komitéer, og skriftligt informeret samtykke blev opnået fra alle personer.

Detaljer om de vigtigste karakteristika ved de to studiepopulationer er præsenteret i tabel 1.

Valg af tagging SNPs

Vi har til formål at kortlægge hele sæt fælles genetiske varianter i

TAS2R38

. Til dette formål har vi fulgt en hybrid tagging-funktionel tilgang. Vi anvendte algoritmen beskrevet af Carlson et al [37], der blev udviklet for at vælge den maksimalt informativ sæt tag SNP’er i et kandidat-gen forbindelsesundersøgelse. Alle polymorfier i regionen

TAS2R38

locus med mindre allel frekvens (MAF) ≥5% i kaukasere fra den internationale HapMap Project (version 21a; https://www.hapmap.org) blev inkluderet. Mærkning af SNPs blev udvalgt med brugen af ​​Tagger program inden Haploview (https://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/; https://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) [38 ], [39], under anvendelse af parvis tagging med et minimum r

2 på 0,8. I betragtning af at den genomiske region

TAS2R38

er kendetegnet ved en høj grad af sammenkædning disquilibrium (LD), vi postulerer, at sådanne SNPs sandsynligvis også mærke nogen hidtil uidentificerede fælles SNPs i genet. Vi valgte rs713598, rs1726866 og rs10246939 som tagging SNPs, da de er alle ikke-synonyme funktionelle [29], [30], [40], [41], [42], [43], [44], [45] SNPs .

DNA-ekstraktion og genotypebestemmelse

DNA blev ekstraheret fra blodprøver med standard proteinase K-fordøjelse efterfulgt af phenol /chloroform-ekstraktion og ethanolfældning. Rækkefølgen af ​​DNA’er fra og kontrolpersoner blev randomiseret på PCR-plader for at sikre, at et tilsvarende antal og kontrolpersoner kunne analyseres samtidigt. Alle genotypebestemmelse blev udført ved anvendelse af Taqman assay. MGB Taqman prober og primere blev indkøbt fra Applied Biosystems (Foster City, CA) som præ-designet assays. Reaktionsblandingen indeholdt 10 ng genomisk DNA, 10 pmol af hver primer, 2 pmol hver probe og 2,5 ml 2x Master Mix (Applied Biosystems) i et slutvolumen på 5 pi. Termocyklingen omfattede 40 cykler med 30 sekunder ved 95 ° C efterfulgt af 60 sekunder ved 60 ° C. PCR-plader blev læst på en ABI PRISM 7900HT instrument (Applied Biosystems).

Alle prøver, der ikke giver et pålideligt resultat i den første runde af genotypning blev genfremsat til op til to ekstra runder af genotype. Datapunkter, der stadig ikke er fyldt efter denne procedure, blev tomt.

Haplotype og diplotype genopbygning

haplotyper og diplotypes blev rekonstrueret ved hjælp FASE software [46].

Statistisk analyse

frekvensfordelingen af ​​genotyper blev undersøgt for de tilfælde og kontrollerne. Hardy-Weinberg ligevægt blev testet i de tilfælde og i kontrollerne og i de to populationer separat ved chi square test. Vi brugte logistisk regression for multivariate analyser for at vurdere de vigtigste virkninger af den genetiske polymorfi på CRC risiko ved hjælp af en co-dominant og en dominerende arv model. Den mest almindelige genotype i kontrollerne blev tildelt som reference kategori. Alle analyser blev justeret for alder og køn. I den tjekkiske befolkning vi også justeret for Krop Max Index (BMI) som en kontinuerlig variabel. Vi analyserede de to populationer separat og sammen (vi justeret også til centrum af rekruttering i sidstnævnte tilfælde).

Logistisk regression overvejer den rekonstruerede haplotype korrigeret for alder (kontinuerlig), blev sex og studiecenter udført for at beregne risikoen anslår. Den “smagsprøve” (PAV) haplotype blev sat som referencegruppe. Vi endelig skabt diplotypes for hver enkelt og grupperet og delte dem i to fænotypiske grupper, Courses gruppen ((PAV /PAV; PAV /PVV; P _ * /A_ *) og den ikke-smagsprøve gruppe (AVI /AVI, AAV /AVI ). for diplotype analyse af “smagsprøve” gruppe blev sat som reference.

Vi udførte også stratificeret analyse for køns- og rygevaner. rygere blev klassificeret som rygere, ex rygere (stoppe med at ryge for mere end 5 år ) eller aldrig rygere. rygere blev efterfølgende delt i storrygere (mere end 20 cigaretter om dagen) og ikke-storrygere (mindre end 20 cigaretter om dagen). Alle analyser blev udført ved hjælp Statgraphics

®

Centurion XVI software (© 2009 af StatPoint Technologies, Inc.www.STATGRAPHICS.com) og STATA software (StataCorp, College Station, TX).

Støtte oplysninger

figur S1.

Fordeling af haplotyperne i tjekkiske befolkning

doi:. 10,1371 /journal.pone.0020464.s001

(DOC)

Figur S2

Fordeling af haplotyperne i den tyske befolkning..

doi: 10,1371 /journal.pone.0020464.s002

(DOC)