Abstrakt
TMPRSS2
/
ERG
omlejring,
PTEN
gendeletion, og androgen receptor (
AR
) genamplifikation er blevet observeret i forskellige stadier af menneskelig prostatakræft. Vi antager, at bruge disse markører som et kombineret panel ville muliggøre en bedre differentiering mellem lav risiko og prostatakræft høj risiko. Vi analyserede 110 primær prostatakræft prøver, 70 metastatiske tumorer prøver fra 11 patienter, og 27 xenograft væv stammer fra 22 fremskreden prostatacancer patienter ved hjælp af fluorescens in situ hybridisering (FISH) analyse med sonder rettet mod
TMPRSS2
/
ERG
,
PTEN
, og
AR
gen loci. Heterogenitet de fundne afvigelser blev evalueret. Genetiske mønstre blev også korreleret med transkriptniveauer. Blandt prøver med komplette data, de tre-markør FISH panel opdaget kromosomafvigelser i 53% af de primære prostatakræft og 87% af metastatisk (Met) eller kastrationsresistent (CRPC) tumorer. Antallet af markører med unormal FISH resultat havde en anden fordeling mellem de to grupper (
P
0,001). På patientniveau, Met /CRPC tumorer er 4,5 gange mere tilbøjelige til at vise abnormiteter end patienter primære kræft (
P
0,05). Heterogenitet blandt Met /CRPC tumorer er for det meste inter-patient. Intra-patient heterogenitet skyldes primært forskelle mellem den primære prostata tumor og metastaser, mens flere metastatiske websteder viser konsistente abnormiteter. Intra-tumor variabilitet er mest fremtrædende med
AR
kopi nummer i primære tumorer.
AR
kopi nummer korreleret godt med
AR
mRNA-ekspression (rho = 0,52,
P
0,001). Især blandt
TMPRSS2: ERG
fusion-positive CRPC tumorer,
AR
mRNA og
ERG
mRNA-niveauer er stærkt korreleret (rho = 0,64,
P
0,001). Samlet set kan de tre-markør FISH panel repræsenterer et nyttigt værktøj til risiko lagdeling af patienter med prostatacancer
Henvisning:. Qu X, Randhawa G, Friedman C, Kurland BF, Glaskova L, Coleman I, et al. (2013) en tre-Marker FISH Panel registrerer mere Genetiske Afvigelser af
AR
,
PTEN
TMPRSS2 /ERG
i kastrationsresistent eller metastaserende prostatakræft end i Primary prostatatumorer. PLoS ONE 8 (9): e74671. doi: 10,1371 /journal.pone.0074671
Redaktør: Dean G. Tang, The University of Texas M.D Anderson Cancer Center, USA
Modtaget: May 3, 2013; Accepteret: 4. august, 2013; Udgivet den 30. september, 2013 |
Copyright: © 2013 Qu et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres
Finansiering:. Denne undersøgelse blev støttet af PNW SPORE P50 CA097186, P50CA138293, P01CA085859, PC093372, og PC093509 uddelt af National Cancer Institute. Den xenograft generation og klinisk prøvetagning blev støttet af Richard M. Lucas Foundation. De finansieringskilder havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklæret, at der ikke findes konkurrerende interesser
Introduktion
opdagelsen af tilbagevendende
ETS
gen omlejringer i prostatakræft har ført til studier, der evaluerer funktionelle rolle af
ETS
gener i patogenesen af denne sygdom, og som diagnostisk og prognostisk biomarkører. Den mest almindelige form for
ETS
omlejring, fusion af androgen-regulerede
TMPRSS2
med onkogene
ERG
detekteres i ca. halvdelen af prostata tumorer, men ingen af godartede kirtler [1]. Men undersøgelser, der vurderer den prognostiske betydning af
TMPRSS2
:
ERG
fusion har givet inkonsistente resultater [2] – [5]. Yderligere genetiske faktorer er tilbøjelige til at arbejde i koncert med fusionen under kræft progression. Nylige undersøgelser har vist, at genetiske afvigelser er ikke kun almindelige i prostatakræft, men også interagere med hinanden via forbundne veje, og dermed bidrage til progression til invasive sygdomme.
TMPRSS2
reguleres af androgener, og androgen receptor (AR) er ofte forstærkes hos patienter behandlet med androgen deprivation terapi [6], [7].
PTEN
sletning, en anden almindelig aberration i prostatakræft, blev korreleret med ekspressionen af nedstrøms p-Akt og i forbindelse med kræft dødelighed [8], [9].
ETS
gen omlejringer viste sig at samarbejde med
PTEN
sletning og påvirke prostatakræft prognose [10], [11]. Krydstale mellem PI3K og AR signalveje blev for nylig foreslået som en mekanisme for udviklingen af kastrationsresistent prostatacancer (CRPC) [12], [13].
PTEN
sletning viste sig at undertrykke androgen-responsiv genekspression ved at modulere
AR
transskription faktor aktivitet. Også,
PTEN
AR
udtryk har vist sig at omvendt korrelere i prostatakræft [14].
En kritisk klinisk spørgsmål vedrører identificerende karakteristika af nydiagnosticerede prostatakræft, som vil skelne aggressiv fra indolent adfærd. Den molekylære heterogenitet prostatakræft antyder, at individuelle biomarkører måske ikke er tilstrækkelig, og at multiple genetiske markører kan bedre associere med resultatet. I den foreliggende undersøgelse, brugte vi en tre-markør fluorescens in situ hybridisering (FISH) panel til at opdage
TMPRSS2
og /eller
ERG
omrokeringer,
AR
genamplifikation, og
PTEN
sletning i både primære og CRPC prostata cancer prøver og sammenlignet forekomsten, samstemmende, og samspillet mellem disse tre markører. Med henvisning af mRNA-ekspression data fra matchende tumorprøver fra den samme patient, vi også vist, hvordan FISH resultater korrelerede med ændringer i genekspression. Intra- og inter-patient tumor heterogenitet blev også analyseret.
Materialer og metoder
Sample Acquisition
Etik erklæring.
Undersøgelsen blev godkendt af Institutional Review Boards (IRB) i Fred Hutchinson Cancer Research center og University of Washington Medical center. IRB frafaldes behovet for skriftligt samtykke til denne undersøgelse, fordi kun de-identificerede materialer blev brugt, som var fra University of Washington Urology vævsbank.
Patient prøver.
De-identificerede arkiveret ubehandlet primær prostatacancer prøver (n = 110) blev opnået fra University of Washington (UW) og Virginia Mason Hospital i Seattle. genereret i alt 83 primære tumorer analyserbare data for mindst én FISH markør i panelet, herunder 69 patienter med
TMPRSS2
/
ERG
FISK data, 65 patienter med
AR
FISH data og 42 patienter med
PTEN
FISH data. Metastatisk tumor prøver (n = 70) blev indsamlet på UW fra obduktioner er udført inden for 2 til 4 timers død 11 CRPC patienter under den hurtige obduktion program [15]. Tumorer blev opnået fra forskellige organsystemer sites, fryses omgående og opbevaret ved -80 ° C. Alle væv blev snittet for H patientprøver blev laser-capture mikrodissekeres og forstærkes to runder som tidligere [18] beskrevet. Probe mærkning og hybridisering blev udført efter Agilent foreslåede protokoller og fluorescerende array-billeder blev indsamlet ved hjælp af Agilent mikromatrice scanner G2565BA. Agilent Feature Extraction software blev brugt til nettet, ekstrakt, og normalisere data. Expression nøgletal var log
2 skaleret og middelværdi-centreret tværs hvert gen.
Statistisk analyse
Som supplement til sammenligninger af arkiveret primær tumor med en separat kohorte af patienter med metastatisk sygdom, vi undersøgt inden-patient heterogenitet
AR
og
PTEN
til patienter med metastatisk sygdom, hypoteser, at prostata tumorer kan afvige fra samtidige metastatiske læsioner. Lineære blandede modeller med tilfældige patient effekter blev monteret på ikke-prostatatumorer, og et 95% -konfidensinterval beregnet for fagspecifikke [19] forudsigelser af gennemsnitlig udtryk. Hvis et emne kopi nummer status prostata tumor faldt uden for konfidensintervallet, ville det tolkes som tegn på potentielle forskelle mellem kopi nummer status primære og metastatiske læsioner. En lineær blandede effekter model og den% ICC9 SAS makro blev anvendt til beregning intraclass korrelationskoefficienter og deres konfidensintervaller [20]. Logistisk regression og generaliserede estimering ligninger (GEE) blev anvendt til sammenligning af abnormiteter for primære og metastatiske prøver, kontrol for vævskilde (hurtig obduktion vs xenotransplantat) og inden-patient korrelation for tumor-niveau analyse. Meget forskellige intratumoral varians for forskellige tumor sites blev også undersøgt ved hjælp af lineære mixed modeller. Yderligere statistisk inferens inkluderet Spearman korrelationskoefficienter og Wilcoxon rank sum test for at sammenligne fordelinger af antallet af markører med abnorm ekspression.
P
-værdier var tosidet; statistiske analyser blev udført ved hjælp af SAS /STAT software version 9.3 (SAS Institute, Inc., Cary, NC).
Resultater
forekomsten af genetiske Afvigelser registreres af Tre-markør FISH Panel i Lokaliseret primære og metastatiske eller kastrationsresistent (Met /CRPC) Patienter
De tre-markør FISH (figur 1), der anvendes i vores undersøgelse opdaget hyppige genetiske afvigelser i prostatakræft, og disse var betydeligt mere almindelige i Met /CRPC tumorer end i ubehandlede primære tumorer (figur 2A).
(A) Illustration af den 4-farve FISH teknik til påvisning af omrokeringer af
TMPRSS2
og /eller
ERG
. FISH-prober rettet mod 5 ‘-
TMPRSS2
(rød, sonde I), 3′ –
TMPRSS2
(grøn, probe II), 5 ‘-
ERG
(guld, probe III), og 3 ‘-
ERG
(blå, probe IV) samtidig, påvisning af forskellige signalmønstre herunder normal (i), enkelt fusion (ii), dual /kompleks fusion (iii), alternativ omlejring uden fusion (iv), og kopier nummer stigning (CNI) uden omlejringer. Captured FISH billeder af (i) og (ii) er vist i det venstre panel af 1C; billeder af (iii) – (v) er vist nedenfor den tilsvarende illustration. (B) FISH-prober anvendes til at påvise
AR
genamplifikation og
PTEN
gendeletion
AR
genamplifikation blev analyseret ved hjælp af sonder målretning
AR
(orange ) og X-kromosomet centromeren (grøn, CEPX).
PTEN
gendeletion blev detekteret ved anvendelse prober rettet mod
PTEN
(orange) og kromosom 10 centromeren (grøn, CEP10). (C) Repræsentant interfase FISH billeder. Øverst til venstre, normal
TMPRSS2
ERG
signal mønster viser to sæt af de fire sonder pr kerne; Nederst til venstre,
TMPRSS2
:
ERG
fusion vist som sidestillede røde og blå signaler samtidig med manglende eller adskillelse af de interstitielle grønne og guld signaler; Top midten, normal
AR
signal mønster demonstrerer en appelsin
AR
og en grøn X signal per kerne; Bund midten,
AR
genamplifikation præsentere mere end dobbelt så mange
AR
signaler end CEPX signaler; Øverst til højre, normal
PTEN
signal mønster demonstrerer 2 appelsin
PTEN
og 2 grønne CEP10 signaler pr kerne; Nederst til højre,
PTEN
sletning viser ingen eller en kopi af
PTEN
signaler pr kerne.
En patient med flere tumorer blev betragtet unormalt ved en given markør, hvis aberration blev set i mindst en tumor. (A) Lagkagediagrammer demonstrerer procentdelen af individer med ingen (hvid), et (lysegrå), to (mørkegrå) og tre (sorte) abnormiteter detekteres af panelet blandt de primære prostatacancer (n = 34) og den metastatisk eller kastrationsresistent prostatacancer (Met /CRPC) kohorte (n = 30), hhv. Blandt primære patienter blev en stjerne bruges til at fremhæve moderat AR gevinst (gennemsnit
AR
per kerne = 1,5, men 2). (BD) Udbredelse af hver undertype af abnormaliteter detekteret enkelt fisk markør blandt de primære patienter (én tumor per patient, n = 34), Met /CRPC tumorer (n = 81), og Met /CRPC patienter /xenografter (n = 30 ), henholdsvis.
TMPRSS2
/
ERG
abnormiteter er kategoriseret som enkelt fusion (lyseblå), dual /komplekse fusion (mørkeblå), alternative omlejringer (grøn), og kopier nummer stigning (CNI) i normale gen alleler (gult).
AR
FISH opdaget moderat
AR
gevinst (lyseblå), gevinst på X (mørkeblå) og
AR
genamplifikation (grøn).
PTEN
FISH abnormiteter omfatter heterozygot (lyseblå) og homozygot (grøn)
PTEN
sletninger. (E) Samtidig forekomst af abnormiteter i de tre markører vises som 3D sphere grunde til den primære cancer kohorte (til venstre) og Met /CRPC kohorte (til højre).
TMPRSS2
/
ERG
,
PTEN
, og
AR
resultaterne præsenteres på X, Y og Z-akserne henholdsvis. Værdien præsenteret på hver akse varierer fra 0 til 1. “0” betegner normal for en given markør. For
TMPRSS2
/
ERG
, “0.5” angiver omrokeringer, herunder fusion og alternative rearrangementer; “1” betyder CNI af de normale alleler uden omlejring. For
PTEN
FISH, både heterozygote og homozygote sletninger præsenteres som “1”. For
AR
FISH, “1” angiver
AR
kopi nummer gevinst ( = 2,0). Patienter med den samme kombination af abnormiteter er grupperet til en kugle, hvis volumen er proportional med procentdelen af patienter i den respektive kohorte. Kun patienter med tilgængelige data fra alle tre markører er inkluderet. Den grønne kugle i den primære patient plot angiver moderat
AR
gevinst ( 1,5, men 2,0).
Af de 34 primære tumorer, hvor alle 3 markører kunne vurderes , 16 (47%) udviste ingen afvigelser involverer
AR
,
PTEN
eller
TMPRSS2 /ERG
; 11 (32%) var unormal af kun én markør. Seks patienters tumorer (18%) blev påvist unormal af to markører, herunder tre med
TMPRSS2
:
ERG
fusion og homozygot
PTEN
sletning, 2 med
TMPRSS2
:
ERG
fusion og heterozygot
PTEN
sletning, og en med ikke-fusion alternativ omlægning sammen med heterozygot
PTEN
sletning. Ingen af patienterne var unormalt ved alle tre markører, fordi der ikke var nogen påviselig
AR
abnormitet når cutoff for
AR
gevinst blev sat til = 2,0
AR
per kerne, en vilkårligt fastsat strenge cutoff. To patienter ville blive klassificeret som milde
AR
gevinst, hvis du bruger
AR
kopi antal pr kerner
= 1,5 som cutoff værdi fastsat som gennemsnit + 3SD baseret på tælling resultater på normale prostata epitelceller fra 18 forskellige prøver.
af de 30 Opfyldt /CRPC patienter /xenografter med FISH resultater fra alle tre markører, 4 (13%) havde ingen unormale markør værdier. Fem (17%) blev vist som unormal af kun én markør; 13 (43%) blev påvist som unormal af to markører, herunder 8 (27%) er vist som unormalt ved
TMPRSS2
/
ERG
AR
FISH og 5 ( 17%) af
TMPRSS2
/
ERG
PTEN
. Otte patienter (27%) var unormalt ved alle tre prøver.
Vi evalueres yderligere undertyper af genetiske afvigelser registreres af hver markør i Met /CRPC kohorte (figur 2 B-D). Omlejringer af
TMPRSS2
og /eller
ERG
blev påvist i 14 patienter (47%), herunder fem (17%) med den typiske single
TMPRSS2
:
ERG
fusion, 5 (17%) med dobbelt eller komplekse
TMPRSS2
:
ERG
fusion, og fire (13%) med alternative omrokeringer uden fusion. Kopiér nummer stigning (CNI) af kromosom 21 blev observeret hos 10 patienter (33%) ved hjælp af
TMPRSS2
/
ERG
FISH prober.
AR
gevinst i en eller flere læsioner blev ikke observeret hos 18 patienter (60%), herunder 6 (20%), som resulterede fra gevinst på X-kromosomet og 12 (40%) med ægte
AR
genamplifikation (
AR-service /X = 2). Sletning af
PTEN
blev påvist hos 15 patienter (50%), herunder 5 med homozygot sletning.
En Wilcoxon rank sum test foreslog, at Met /CRPC kohorte (n = 30) havde generelt flere ændringer opdaget af FISH end kohorten af primære kræftformer (N = 34) (W = 1287,
P
0,001).
AR
gevinst, herunder moderat gevinst (W = 1334,
P
0,001), og kombinationen af
TMPRSS2 /ERG
PTEN
forandringer (W = 1181,
P
= 0,005) var også signifikant mere almindelig i Met /CRPC tumorer.
undersøgelsen af de enkelte markører afspejlede unikke tendenser i ændringer af hver genetisk abnormitet i løbet af progression af prostatacancer. Ca. 80% af Met /CRPC prøver blev identificeret ved
TMPRSS2
/
ERG
FISH som unormal, sammenlignet med 48% i delprøver, og forskellen var statistisk signifikant (tabel 1, figur 2B ) (
P
= 0,03). Denne forskel synes at skyldes den CNI aberration snarere end
TMPRSS2: ERG
fusion selv; procentdelen af patienter med fusion eller alternative omlejring forbliver ens, men andelen af patienter med dual fusion i modsætning til enkelt fusion er klart større i Met /CRPC kategori end i den primære tumor gruppen (figur 2B). Undersøgelse individuelle tumorer (korrigeret for inden-personers korrelation og xenograft status), oddsene for en Met /CRPC tumor udviser en abnormitet var 4,5 gange større end odds for en primær tumor (
P
= 0,05). Mens næsten alle primære kræftpatienter viste normal
AR
status, over 70% af Met /CRPC patienter viste forskellige grader af
AR
genkopitallet gevinst (tabel 1, figur 2C). PTEN FISH viste øget heterozygot
PTEN
sletning og homozygot
PTEN
sletning i Met /CRPC sammenlignet med primære patienter (tabel 1, figur 2D) (
P =
0,07 ved tumor niveau,
P =
0,003 på patientens niveau). Notatet for vurderinger patient-niveau var der et hierarki, så hvis en læsion var heterozygot og den anden homozygot blev patienten niveau betragtes homozygot.
Data for hele panelet på tværs af forskellige individer viste, at prostata cancer patienter med
PTEN
sletning også tendens til at udvise unormale resultater i
TMPRSS2
/
ERG
FISH (Figur 2E). Blandt de 34 primære kræftpatienter med data fra alle tre markører, 6 af de 8 personer med
PTEN
sletning (75%) viste også en abnorm
TMPRSS2
/
ERG
FISH resultat (Figur 2E). Blandt de 30 Met /CRPC patienter med data fra med enten begge eller alle tre markører, 13 af de 14 personer med
PTEN
sletning (93%) viste også abnormaliteter i
TMPRSS2
/
ERG
FISH-analyse. I Met /CRPC patienter, unormal
TMPRSS2 /ERG
FISH resultaterne var også mere udbredt blandt patienter, der demonstrerer gevinst på
AR
, og omvendt (figur 2E). Seksten ud af 17 patienter (94%) med
AR
gevinst viste
TMPRSS2
/
ERG
abnormiteter. Seksten af 24 patienter (67%) med
TMPRSS2
/
ERG
abnormiteter også vist
AR
gevinst. Detaljerede FISH resultater på alle metastatiske prøver fra hver CRPC patient er opsummeret i tabel 2. Resultater af xenograft prøver er angivet i tabel 3.
Intra- og sammenligning af genomisk Afvigelser Inter-patient og heterogenitet i kastrationsresistent prostatacancer
3-markør FISH analyser givet to observationer fra patienter med metastatisk prostatacancer: (1) inden for samme patient, afvigelser i metastatiske tumorer var generelt overensstemmelse mellem tumorer; (2) adskillige primære prostata tumorer i CRPC patienter udviste en profil adskiller sig fra fjerntliggende metastatiske steder. FISH analyser for
AR
kopi nummer (figur 3A) og
PTEN
/CEP10 forhold (figur 3B) viste uoverensstemmende resultater mellem de primære tumorer og metastatiske læsioner. Især for patient # 9 viste prostata tumor
AR
kopi nummer stigning, mens de metastatiske læsioner alle havde gennemsnitlige
AR
2. For patient # 11, viste de primære prostatatumorer normal
AR
resultater, mens metastatiske læsioner viste
AR
gevinst. Tilsvarende prostata læsion i patienter # 3 viste heterozygot
PTEN
sletning, når alle metastatiske læsioner havde normal
PTEN
. I modsætning til patient # 11 viste metastaselæsioner homozygot
PTEN
sletning mens prostata læsionen ikke gjorde. I andre tilfælde (# 8 og # 10), havde prostata tumorer ikke fra metastatiske læsioner hos unormal
vs
normale markør signaler, men var uden for 95% konfidensintervallet for fagspecifikke gennemsnit baseret på lineær blandede modeller passer til metastatiske læsioner.
Hver tumor fisk resultat er repræsenteret ved en afbildning karakter (grå for metastaselæsioner, rød for prostata) med flere læsioner i den samme patient på samme X-koordinat. Konfidensintervaller for fagspecifikke gennemsnitlige kopital værdier er vist med sort. Tærskelværdier for unormale signaler er markeret som vandrette stiplede linjer på hver parcel. (A) Gennemsnitligt antal
AR
per kerne. (B) Gennemsnitlig
PTEN
/
CEP10
ratio.
Generelt mere end 75% af variationen var mellem-patient, med relativt lidt indenfor- variation: den intraclass korrelationskoefficient var 0,76 (95% CI 0,54-0,90) for gennemsnit
AR
og 0,82 (95% CI 0,62-0,92) for
PTEN
/CEP10. Men når hele panelet blev evalueret for hver enkelt, 4 (# 3, # 5, # 9 og # 11) ud af 8 patienter (50%) med data fra alle tre markører i de lokale prostata tumorer viste forskellige profiler mellem, de primære og metastatiske tumorer. Yderligere sammenligning ved hjælp af data for individuelle markører udviste forskellige grader af afvigelse af den primære fra metastatiske tumorer. Af de 8 patienter med tilgængelige
TMPRSS2
/
ERG
FISH resultater på prostata stedet tumorer, 3 (37,5%) havde resultater i prostata forskellige fra andre metastatiske sites (tabel 2). Interessant patient # 5 demonstrerede dual deletion fusion blandt metastatiske steder, mens kun én deletion fusion blev påvist i en tumor fra prostata fra den samme patient. I analyserne af
AR
, 3 (# 3, # 9 og # 11) ud af 10 patienter (30%) viste resultater i prostata, der afveg fra ekstra-prostatatumorer. Vurderingen af
PTEN
sletning viste, at 2 (# 3 og # 11) ud af 9 patienter (22,2%) demonstrerede forskellige
PTEN
FISH resultater mellem prostata websted og metastatiske tumorer. I patient # 11, viste alt ekstra-prostatametastase homozygote
PTEN
sletning, mens prostata tumorer viste normal
PTEN
resultater. Tilsvarende data panel for xenografter anførte også, at xenograft linjer stammer fra den samme patient tendens til at vise det samme genomiske abnormitet (tabel 3).
Intra-tumorale vurderinger af Genomic Heterogenitet ved metastatisk Patienter
Dernæst søgte at evaluere variation i genomiske ændringer opdaget af FISH panel i individuelle celler med en primær eller metastatisk tumor. Vi fandt betydelig intratumor variation i
AR
kopi nummer for prostata websted tumorer. Lineære blandede modeller forudsagde
AR
kopi nummer på celleniveau ved tumortype, med tilfældige patient effekter. Tabel 4 viser estimater for antallet af
AR
pr celle, og for kovariansen parameterestimater, der viser, hvordan inden-tumor variation og målefejl varierer mellem tumortyper. Prostata websted tumorer havde den højeste anslåede inden-personers
AR
standardafvigelse (1,43
AR
per celle). Adskillige prostata tumorer og lymfeknude metastaser havde nogle usædvanligt høje tællinger, som kan have bidraget til estimatet. For
PTEN /CEP10
ratio, kovariansen estimater blev også fundet at være heterogent ved tumortype (χ
2
6 = 20, p = 0,003), men inden for patient prostata
PTEN /
CEP10 intratumoral heterogenitet var ikke forskellig fra metastaser (χ
2
1 = 0,7, p = 0,40). Tabel 4 viser, at de vævsbaseret heterogenitet forskelle var på grund af lav inden-patient variation i peritoneal og adrenale læsioner. Disse virkninger kan forveksles med patientens virkninger, da nogle patienter havde binyrer eller peritoneale læsioner. Ved en sandsynlighed kvotientkriteriet, statistiske modeller med separate kovarianteffekter estimater for hver tumortype passer til dataene bedre end en model, der ikke skelner mellem tumorer (χ
2
6 = 412,
P
0,001)
Korrelation af genomiske Ændringer og genekspression i kastrationsresistent prostatacancer
for at undersøge den funktionelle forhold af genetiske afvigelser registreret af vores panel, vi korreleret vores fisk resultater med genekspression data fra 91 matchende Met /CRPC prøver, herunder 65 patient tumorer og 26 xenografter (tabel S1).
Vi først sammenlignet
AR
kopi nummer, bestemt af FISH, med
AR
udskrift overflod, bestemt af cDNA microarray , fra den samme tumor prøven. Vi observerede en bred vifte af
AR
udtryk i Met /CRPC tumorer (figur 4A). Det gennemsnitlige antal
AR
pr kerne og den relative
AR
mRNA var positivt korreleret med rho = 0,52 (
P
0,001) (figur 4A). Når normaliseret til medianen
AR
mRNA-ekspression niveau af alle tumorer med både
AR
FISH og mRNA udtryk data (n = 88), prøver med
AR
gevinst (n = 48), herunder gevinst på X (n = 17) og
AR
forstærkning (n = 31), udtrykt
AR
mRNA på 2,5 ± 0,3 gange (Middelværdi ± SE) højere end median, mens tumorer uden
AR
gevinst (n = 40) havde
AR
mRNA niveau som 0,7 ± 0,2 gange sammenligne med medianen (W = 1106,
P
0,001). Når tumorer med
AR
gevinst blev yderligere inddelt i grupper af gevinst på X (n = 17) versus
AR
genamplifikation (n = 31), viste vores data, at
AR
mRNA blev udtrykt på samme niveau mellem de to (W = 361,
P =
0,24).
(a) Scatter plot viser sammenhængen mellem FISH og udtryk data fra
AR
(n = 88). X-aksen angiver det gennemsnitlige antal
AR Salg signaler pr kerner. Y-aksen angiver
AR
mRNA niveau påvist i udtrykket vifte i forhold til medianen. Sort åbne cirkler betegner prøver med et gennemsnit på mindre end 2
AR
pr kerner. Blå firkanter angiver prøver med kopi nummer gevinst på
AR
grund gevinst på X. Sorte trekanter betegner prøver med
AR
genamplifikation. (B) Scatter plot demonstrerer effekten af
TMRPSS2
:
ERG
fusion og
AR
udtryk på den overflod af
ERG
udskrift (n = 80 ). X- og Y-aksen angiver relativ mRNA overflod af
AR
og
ERG
forhold til medianen hhv. Åbne cirkler og udfyldte firkanter repræsenterer tumorer uden og med
TMPRSS2
:.
ERG
fusion henholdsvis
Vi vurderede derefter effekten af
TMPRSS2
Leave a Reply
Du skal være logget ind for at skrive en kommentar.