PLoS ONE: MicroRNA Markers for Diagnose af pancreas og Biliær-Tract Kræft

Abstrakte

Det er svært at opdage kræft i bugspytkirtlen eller kræft galde-tarmkanalen på et tidligt stadium ved hjælp af nuværende diagnostiske teknologi. Ved hjælp microRNA (miRNA) markører, der er stabilt til stede i perifert blod, vi havde til formål at identificere bugspytkirtlen og galde-tarmkanalen kræft hos patienter. Med “3D-Gen”, en meget følsom microarray undersøgte vi omfattende miRNA udtryk profiler i 571 serumprøver fra sunde patienter, patienter med pancreas, biliær-tarmkanalen eller andre fordøjelsesforstyrrelser cancere og patienter med non-maligne abnormiteter i bugspytkirtlen eller galdevejene. Prøverne blev tilfældigt opdelt i uddannelse og test kohorter, og kandidatlande miRNA-markører blev uafhængigt evalueret. Vi fandt 81 miRNA for kræft i bugspytkirtlen og 66 miRNA for kræft galde-tarmkanalen, som viste statistisk andet udtryk sammenlignet med raske kontroller. Blandt disse markører, 55 miRNA var almindelige i både pancreas og galdevejene-tract cancer prøver. Den tidligere rapporterede MIR-125a-3p var en af ​​de fælles markører; Det blev dog også udtrykkes i andre typer af fordøjelsessystemet-tarmkanalen cancere, hvilket antyder, at det ikke er specifik for kræfttyper. For at skelne de pancreato-galde kræft fra alle andre kliniske tilstande, herunder raske kontrolpersoner, ikke-maligne abnormiteter, og andre typer af kræft, har vi udviklet en diagnostisk indeks hjælp udtryk profiler af de 10 mest betydningsfulde miRNA. En kombination af otte miRNAer (MIR-6075, miR-4294, miR-6880-5p, miR-6799-5p, miR-125a-3P, miR-4530, miR-6836-3p, og miR-4476) opnåede en sensitivitet , specificitet, nøjagtighed og AUC af 80,3%, 97,6%, 91,6% og 0,953 henholdsvis. I modsætning hertil CA19-9 og CEA gav følsomhed 65,6% og 40,0%, særlige forhold 92,9% og 88,6%, og nøjagtighed på 82,1% og 71,8%, henholdsvis i samme test kohorte. Denne diagnostiske indeks identificeret 18/21 operable pancreascancer og 38/48 betjenes galde-tarmkanalen kræftformer i hele kohorten. Vores resultater tyder på, at vurderingen af ​​disse miRNA markører er klinisk værdifuldt at identificere patienter med pancreato-galde kræftformer, der kunne drage fordel af kirurgisk indgreb

Henvisning:. Kojima M, Sudo H, Kawauchi J, Takizawa S, Condou S , Nobumasa H, et al. (2015) miRNA Markers for Diagnose af pancreas og Biliær-Tract kræftformer. PLoS ONE 10 (2): e0118220. doi: 10,1371 /journal.pone.0118220

Academic Redaktør: Ajay Goel, Baylor University Medical Center, UNITED STATES

Modtaget: Juli 24, 2014 Accepteret: 11 Januar 2015; Publiceret: 23 feb 2015

Copyright: © 2015 Kojima et al. Dette er en åben adgang artiklen distribueres under betingelserne i Creative Commons Attribution License, som tillader ubegrænset brug, distribution og reproduktion i ethvert medie, forudsat den oprindelige forfatter og kilde krediteres

Data Tilgængelighed: Alle microarray data fra denne undersøgelse er i overensstemmelse med Minimum oplysninger om en Microarray Experiment (MIAME), og er offentligt tilgængelige via genekspression Omnibus (GEO) database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/) under tiltrædelsen nummer GSE59856

Finansiering:. HS, JK, ST, SK og HN var fuldtidsansatte i Toray Industries, Inc. på tidspunktet for undersøgelsen. Der er ingen begrænsninger fra sponsorerne på anvendelse og udbredelse af data, eller indflydelse på resultaterne eller konklusioner. De sponsorer havde ingen rolle i studie design, indsamling og analyse af data, beslutning om at offentliggøre, eller forberedelse af manuskriptet

Konkurrerende interesser:. På tidspunktet for undersøgelsen, HS, JK, ST, SK og HN var fuldtidsansatte i Toray Industries, Inc., som giver markedsførte microarray produkter, der blev undersøgt i denne undersøgelse. Det betyder dog ikke ændre forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikker om datadeling og materialer.

Introduktion

Kræft i bugspytkirtlen er en af ​​de mest dødelige kræftformer. De fleste pancreascancer ikke ledsage nogen særlige kliniske symptomer i den tidlige fase, tillader de kræftformer til fremskridt uopdaget. Desuden tvetydige radiologiske billeder af kræft og inflammatoriske tilstande i bugspytkirtlen forhindre pancreascancer i at blive korrekt identificeret. Endvidere anatomiske placering i bugspytkirtlen, dybt i en retroperitoneal rum omgivet af mange andre organer, hindrer erhvervelsen af ​​en biopsi. Alle disse faktorer forhindrer tidlig påvisning af pancreascancer. The American Cancer Association anslås, at 40.000 mennesker ville dø af kræft i bugspytkirtlen i 2014 i USA [1]. De fem-års overlevelse for patienter med eksokrine kræft i bugspytkirtlen er anslået til 14% for fase IA, men det falder til 1% for trin IV [1]. Fordi den mest lovende behandling for kræft i bugspytkirtlen er kirurgisk resektion, afsløre kræft i bugspytkirtlen ved kirurgisk resekterbare faser er afgørende for at forbedre overlevelsesraten for patienter med kræft i bugspytkirtlen. Ud fra dette synspunkt, screeningen af ​​de tidlige stadier af bugspytkirtlen eller galdeveje-tarmkanalen kræftformer er bydende nødvendigt.

Som en diagnostisk screeningsmetode for kræft i bugspytkirtlen, ultralyd er en af ​​de mest udbredte afprøvninger foretages. Men denne billedanalyse har sin vanskeligt ved at skelne ikke-malignt væv fra malignt væv [2]. Desuden har mange tumorassocierede antigener blevet undersøgt i forbindelse med kræft i bugspytkirtlen. Den mest valideret og klinisk egnet biomarkør er kulhydrat antigen (CA) 19-9; imidlertid CA19-9 kendt for at være opreguleret i andre inflammatoriske tilstande, og dens lave positiv prædiktiv værdi gør det en dårlig biomarkør for screening, hvilket begrænser dets nuværende anvendelse meste til den postoperative overvågning af fremskredne pancreascancer [3, 4 ]. I dag er der ingen effektiv metode til at opdage tidlige, kirurgisk resektable pancreascancer med tilstrækkelig diagnostisk nøjagtighed.

For nylig microRNA (miRNA) er blevet rapporteret som potentielle biomarkører for forskellige typer af kræft. Brug af plasmaprøver fra 50 kræftpatienter og ti raske kontrolpersoner, samt kemoresistente pancreatiske cellelinjer, Ali

et al

. foreslog, at serum MIR-21 og andre miRNA kunne forudsige aggressiviteten af ​​pancreascancer [5]. Ganepola

et al

. undersøgt et dusin af plasmaprøver hver fra patienter med og uden bugspytkirtelkræft, og konkluderede, at tre miRNA, MIR-642b, MIR-885-5p, og MIR-22, var mere end 90% følsom og specifik i diagnosticering af pancreascancer [6]. Tilsvarende Li gruppe undersøgte 20 eller færre serumprøver hver fra patienter med kræft i bugspytkirtlen og kontrol, henholdsvis som biomarkør opdagelse kohorte, og fandt, at flere miRNA herunder miR-1290 var nyttige i tidlig påvisning af kræft i bugspytkirtlen [7]. For nylig har forskere analyseret mere end 100 blodprøver hver fra bugspytkirtlen kræftpatienter og kontroller, og nogle fundet miR-155, miR-181a, miR-181b og miR-196a [8], og andre fandt miR-20a, miR- 21, miR-24, miR-25, miR-99a, miR-185, og miR-191 [9] for blod miRNA-markører. Det skal bemærkes, at hver af de tidligere undersøgelser antydet forskellige cirkulerende miRNA markører for kræft i bugspytkirtlen. Uoverensstemmelserne af tidligere undersøgelser kunne tilskrives forskellige empiriske faktorer, der omfatter de typer blodprøve (PBMC, plasma eller serum), forskellige detektionsteknologier (PCR, microarray eller sequencer) og heterogenitet af prøven kohorter. Især den tilstrækkelig størrelse og mangfoldigheden af ​​prøven årgange er kritiske i biomarkører forskning ikke kun for målgruppen, men også for kontrolgruppen.

Her undersøgte vi udtrykket profiler af omfattende serum miRNA fra den største grupper af patienter nogensinde forsøgt: 100 patienter med kræft i bugspytkirtlen, 98 patienter med cancer galde-tarmkanalen, 150 raske kontrolpatienter, 21 patienter med ikke-maligne forandringer i bugspytkirtlen eller galdevejene, og 202 patienter med andre cancertyper. En meget følsomme mikroarray tillod samtidig analyse af mere end 2.500 miRNA, der for nylig opdateret i miRBase (frigive 20), og serumprøver fra patienter med forskellige kliniske tilstande tilladt os at evaluere en lang række diagnostisk specificitet til påvisning af pancreato -biliary kræft.

Ved at kombinere otte miRNA-markører, var vi i stand til at opdage patienter med pancreato-galde kræftformer blandt dem, der var sunde, havde ikke-maligne abnormiteter eller havde andre former for kræft, med en diagnostisk nøjagtighed 91,6% og AUC af 0,953.

Metoder

Etik erklæring

Denne forskning på menneskelige forsøgspersoner blev godkendt af National Board Cancer center Hospital East Institutional Review (2010-096) og af de menneskelige vævsprøver etiske komité for R 0,01 blev betragtet som statistisk signifikant. For FFPE analyse, da kun otte miRNA, der blev forudvalgte blev analyseret, Bonferroni korrektion blev ikke anvendt til p-værdi. For at opnå solide biomarkører, kun miRNA, som viste en signalværdi på 2

6 i mere end 50% i en klinisk gruppe, der sammenlignes, blev udvalgt til yderligere analyse. Ved hjælp af disse miRNA, blev udført en Fishers lineær diskriminant analyse, og den deraf diagnostisk sensitivitet, specificitet og nøjagtighed blev beregnet for hver miRNA markør eller en kombination af miRNA-markører.

Når udtryk for flere miRNA blev brugt i algoritmen udvikling blev de diskriminant funktioner oprettet med Fishers lineær diskriminant analyse. De resulterende værdier af de diskriminant funktioner blev kaldt som diagnostiske indekser. Kliniske prøver, der viste den indekserede score over 0 blev klassificeret til pancreato-galde kræft, og prøver, der viste den indekserede score under 0 blev klassificeret til ikke-pancreato-galde kræft (eller andre kliniske tilstande). Som en anden statistisk værktøj til at analysere biomarkører ‘diagnostiske ydeevne, Receiver Operating Karakteristisk (ROC) analyse og dens område under kurven (AUC) værdier blev også brugt.

Alle beregninger blev udført ved hjælp af R-version 3.0.2 (R Foundation for Statistisk Computing, https://www.R-project.org), MASS pakkeversion 7,3-30 [11] og bi sværm pakkeversion 0.1.6 [12].

Resultater

Kliniske karakteristika for de raske kontrolpersoner og patienter med kræft i bugspytkirtlen, kræft galde-tarmkanalen, andre former for kræft, eller ikke-maligne abnormiteter i pancreato-galdevejene

de karakteristiske træk ved 150 raske kontrolpersoner, 100 bugspytkirtlen kræftpatienter, 98 galde-tarmkanalen kræftpatienter, 21 patienter med ikke-maligne abnormiteter i disse organer, og 202 patienter med andre kræftformer er præsenteret i tabel 1A-E. Den mediane alder raske kontrolpersoner var lidt mindre (62 år) end de patienter med kræft i bugspytkirtlen (68 år), eller med kræft galde-tarmkanalen (67 år). Desuden blev den raske kontrolgruppe klart domineret af mænd (91%), mens de patienter med cancerformer var mindre så (64% mænd for både pancreas- og galde-tarmkanalen kræft grupper).

Alle 100 pancreas kræftpatienter havde pancreas duktalt adenokarcinom. Enogtyve af 100 patienter med kræft i bugspytkirtlen gennemgik kirurgisk resektion (1 ypStage I, 1 ypStage IIB, 17 pStage II, en cStage III og en cStage IV). Alle andre patienter med kræft i bugspytkirtlen der ikke gennemgik kirurgisk resektion blev klassificeret som cStage III eller IV. På den anden side, blev galde-tarmkanalen kræfttilfælde klassificeret blot ved operable og unoperable tilfælde, på grund af den komplekse TNM og distinkte biologiske identiteter på tværs af forskellige primære steder (intrahepatisk galde rørledning, ekstrahepatisk galde rørledning, galde-blære, etc.) inden galdevejene.

Sammenligning af kræft i bugspytkirtlen eller kræft galde-tarmkanalen med raske kontrolpersoner

Ved hjælp af uddannelse kohorte blev patienter med kræft i bugspytkirtlen statistisk sammenlignet med raske kontrolpersoner, og 120 miRNA viste et potentiale for at adskille kliniske disse to grupper med Bonferroni-korrigerede p-værdi på mindre end 0,01 ved t-test. Ud af de 120 miRNA udvalgt i uddannelsen kohorten blev 81 miRNA statistisk valideret i testen kohorten (p 0,01). Blandt dem, 40 miRNA var opreguleret og 41 miRNA blev nedreguleret i bugspytkirtelkræft. Listen over disse udvalgte miRNA, deres p-værdier, de ekspressionsniveauerne og den diagnostiske ydeevne blev leveret i S1 tabel. Fig. 1A viser udtryk signaler af miR-125a-3p og miR-6893-5p som viste de mindste p-værdier i sammenligning af bugspytkirtlen kræftpatienter og de raske kontrolpersoner personer i uddannelse kohorte, og blev også godkendt i testen kohorte.

De fejl streger indikerer standardafvigelser. De p-værdier blev Bonferroni-korrigeret.

Den bedste markør, miR-125a-3p, var i stand til at opdage 30 af 33 (90,9%) pancreascancer i testen kohorte. I modsætning hertil har de udbredte blod biomarkører for kræft i bugspytkirtlen, CEA og CA19-9, detekterede 52 (52,0%) eller 77 (77,0%), henholdsvis af 100 pancreascancer i hele kohorte. Samlet set 40 af 81 validerede miRNA markør kandidater til kræft i bugspytkirtlen viste følsomheder højere end CA19-9 i testen kohorten (S1 tabel).

På samme måde vi udført en sammenlignende analyse af de patienter med galde-tarmkanalen kræft og raske kontrolpersoner. Et hundrede fireogtyve miRNA viste statistisk signifikans (p 0,01) i uddannelsen kohorte, og ud af disse 124 miRNA, blev 66 miRNA valideret i testen kohorten (S1 tabel). Blandt dem, 30 miRNA var opreguleret og 36 miRNA blev nedreguleret i cancer galde-tarmkanalen. Ekspressionssignaler af MIR-125a-3p og MIR-6893-5p som viste de mindste p-værdier i sammenligning af galde-tarmkanalen kræft og sund kontrol i træningen kohorten og også blev valideret ved testen kohorten blev vist i fig. 1B. Igen, det bedste markør for at detektere cancer biliær-tarmkanalen var MIR-125a-3p, og var i stand til at påvise 32 ud af 33 (97,0%) i testen kohorte. I modsætning hertil CEA og CA19-9 detekteret 30 (30,6%) og 62 (63,3%), henholdsvis ud af 98 biliære-tarmkanalen cancere i hele kohorte. Samlet set 61 af 66 validerede miRNA markør kandidater til kræft galde-tarmkanalen, udviste følsomhed højere end for CA19-9 (57,1%) i testen kohorten (S1 tabel).

Vi fandt også, at der trods tilsyneladende histologiske forskelle, blev en række miRNA valgt som markører, ikke kun for kræft i bugspytkirtlen, men også for kræft galde-tarmkanalen; af de 81 miRNA valgt som markør kandidater til kræft i bugspytkirtlen, blev 55 (67,9%) også valgt som markør kandidater til kræft galde-tarmkanalen. I modsætning hertil, når miRNA, der kunne skelne kræft i bugspytkirtlen af ​​kræft galde-tarmkanalen blev søgt, ingen nåede statistisk signifikans. Det miRNA, der viste den mindste Bonferroni-korrigeret p-værdi (0,071) i sammenligning af pancreas og galdeveje-tarmkanalen kræft var miR-1227-5p; imidlertid, at miRNA blev valgt som markør for både pancreascancer (rangeret 78) og for cancer galde-tarmkanalen (rangeret 46) (S1 tabel). Disse resultater førte os til at konkludere, at differentieringen af ​​kræft i bugspytkirtlen og kræft galde-tarmkanalen af ​​serum miRNA ville være vanskeligt.

Denne stærke overlap i miRNA udtryk profiler mellem bugspytkirtelkræft og kræft galde-tarmkanalen førte os mistanke om, at disse miRNA-markører blev ramt af gulsot, en almindelig klinisk tilstand i bugspytkirtlen og galde-tarmkanalen. Derfor undersøgte vi en gulsot markør, blod D-bilirubin, i pancreato-galde kræftpatienter. Firs-on med 100 patienter med pancreascancer og 78 af 98 biliær-tract cancer patienter havde blod D-bilirubin under cutoff-værdien på 0,8 mg /dl, og medianværdien af ​​blodkoncentrationen D-bilirubin var 0,2 mg /dl både for pancreas og galde cancer tarmkanalen patienter, hvilket antyder, at et flertal af disse patienter var ikke-gulsot. Endvidere blev ingen af ​​disse 55 miRNA markører, der overlappede i bugspytkirtelkræft og galde-tarmkanalen kræft korreleret med D-bilirubin niveau (det højeste Pearsons korrelation var -0,37). Disse resultater bekræftede, at de fælles miRNA valgt ovenfor var ikke sandsynligt en markør for gulsot, men en markør for pancreato-galde kræft.

Baseret på disse observationer, besluttede vi derfor at forfølge de markører, der samtidig ville opdage både pancreas og galde-tarmkanalen kræftformer.

Sammenligning af pancreato-galde kræft med ikke-maligne abnormiteter, eller med andre former for kræft

Den ideelle pancreato-galde kræft biomarkør skal bevise sin specificitet ikke kun mod sund kontrol, men også over for ikke-maligne sygdomstilstande samt andre cancertyper. For at teste denne tese sammenlignede vi 198 pancreato-biliær cancerpatienter med 21 patienter, som havde nogle abnormiteter i enten bugspytkirtel eller galdevejene, men ingen spor af malignitet (tabel 1 D). Vi antog, at opnåede miRNA i denne sammenligning skulle have repræsenteret markører for malignitet, især i pancreato-galde organer. Tredive-ni miRNA viste signifikant forskellige udtryk (p 0,01) i disse to grupper i uddannelse kohorte, og ud af disse 39 miRNA blev 4 miRNA valideret i testen kohorte. Disse 4 miRNA (miR-6826-5p, miR-6757-5p, miR-3131 og miR-1343-3p) var enestående og er ikke blevet identificeret i vores tidligere analyser af pancreato-galde kræft i modsætning til raske kontrol (S1 Table ). Deres median udtryk niveauer i pancreato-galde kræft gruppe og den ikke-maligne abnormitet gruppe blev præsenteret i fig. 2A. Den bedste markør, miR-6826-5p, korrekt identificeret ikke kun 77.3% pancreato-galde kræft, men også identificeret 85,7% ikke-maligne abnormiteter som negativ kontrol i testen kohorte. I modsætning hertil CEA og CA19-9 korrekt identificeret 41,4% og 70,2% pancreato-galde cancere, og 81,0% og 81,0% ikke-maligne abnormiteter i henholdsvis hele kohorte.

Fejlsøjlerne indikerer standardafvigelser . P-værdierne blev Bonferroni-korrigeret.

Endvidere for at undersøge orgel-specificitet af serum miRNA markører i maligne miljø, i alt 202 serumprøver opnået fra patienter med colon, mave, spiserør , og leverkræft (tabel 1E) blev analyseret, og sæt som en anden kontrol mod pancreato-galde kræft. Denne sammenlignende analyse udvalgt 193 miRNA i uddannelsen kohorte, og blandt dem var 120 miRNA valideret i testen kohorte. Ud af 120 validerede miRNA, har 26 miRNA blevet identificeret i den foregående analyse af pancreato-galde kræft med sund kontrol (S1 Table), har 4 miRNA blevet identificeret i analysen af ​​pancreato-galde kræft med ikke-maligne abnormiteter (Fig. 2A ), og resten af ​​90 miRNA var enestående. Ekspressionen af ​​4 miRNA (MIR-6880-5p, MIR-6075, MIR-4294, MIR-187-5p), der fandtes signifikant forskellig mellem pancreato-biliær kræft og andre kræftformer blev præsenteret i fig. 2B. Disse fire miRNA er også identificeret i vores tidligere analyse af pancreato-galde kræft med sund kontrol (S1 Table), hvilket tyder på, at de er meget specifikke markører for pancreato-galde kræft. Med hensyn til diagnostisk ydeevne, miR-6880-5p korrekt identificeret ikke kun 66,7% pancreato-galde kræft, men også 85,7% andre kræftformer som negativ kontrol i testen kohorte. I modsætning hertil CEA og CA19-9 korrekt identificeret 41,4% og 70,2% pancreato-galde kræftformer, som anført ovenfor, og 82,0% og 84,4% andre kræfttyper i hele kohorten.

Den komparative analyser hidtil foreslået at de resulterende miRNA markører for pancreato-galde kræft i høj grad ville påvirkes af kliniske karakteristika af kontrol befolkning. Fig. 3 viser, hvordan de betydelige niveauer af miRNA-markører, der blev opnået hidtil fordelte afhængigt af typerne af kontrolpopulationer brugt.

De absolutte værdier af eksponenter for p-værdier på en log

10 skala blev plottet; derfor, miRNA, der var placeret i yderligere uden for er mere statistisk signifikante. De ti miRNA, der anvendes i de diagnostiske indeks blev angivet.

Sammenligning af pancreato-galde kræft med alle andre kliniske grupper som kontrol, der omfattede raske personer og patienter med andre typer af kræft eller ikke-maligne abnormiteter i pancreato-galde organer

for at få mere robuste og universelle markører, der kunne identificere pancreato-galde kræftpatienter fra klinisk heterogen population, den formodede-kontrol: sundt individ, patienter med ikke-maligne abnormiteter, og patienter med andre typer kræft, blev alle kombineret, og sammenlignet med pancrato-galde kræftpatienter med diskriminant analyse. Analysen identificerede 143 miRNA, der viste forskellen udtryk i uddannelsen kohorte. Blandt dem var 98 miRNA statistisk valideret i testen kohorte. Ninety-én ud af de 98 validerede miRNA blev allerede identificeret i de tidligere analyser af pancreato-galde kræft enten med sund kontrol med ikke-maligne abnormiteter, eller med andre former for kræft. De 10 miRNA, der viste de mindste Bonferroni-korrigerede p-værdier er anført i tabel 2. Alle 10 markører tidligere blev valgt som markører til påvisning af bugspytkirtelkræft og kræft biliær-tarmkanalen mod de raske kontrolindivider (S1 Table). Den bedste miRNA markør til påvisning pancreato-galde kræft blandt de andre kliniske tilstande var miR-6075, som blev rangeret fjerde blandt de markører til påvisning af kræft i bugspytkirtlen og syttende blandt markørerne til påvisning af kræft galde-tarmkanalen (S1 Table) mod de raske kontroller . MIR-6075 udviste en følsomhed, en specificitet og en nøjagtighed på 63,6%, 93,5% og 83,2%, henholdsvis (fig. 4A). Ligeledes den næstbedste markør til påvisning pancreato-galde kræft mod de andre kliniske tilstande var miR-4294, der var rangeret syvende blandt de markører til påvisning af kræft i bugspytkirtlen og fjerde blandt de markører til påvisning af kræft galde-tarmkanalen (S1 tabel). Det viste sig, at MIR-125a-3p, som var den bedste markør for at detektere både pancreas- og galde-tarmkanalen cancere mod raske kontroller, også opførte sig på lignende måde for colon, mave, lever, og esophageale cancere (fig. 4B), hvilket resulterer i et fald i sin rang på femte, når kontrollerne omfattede patienter med ikke-maligne abnormiteter og andre cancertyper (S1 Table og tabel 2). Dette resultat viste, at miR-125a-3p ikke var en markør, der er specifik for pancreato-galde kræft, men var i stedet en, der er effektiv til en bred vifte af cancertyper.

En diagnostisk miRNA indeks, som opdelte pancreato-galde cancere fra alle andre kliniske tilstande, herunder raske kontrolpersoner og patienter med andre typer af cancere eller ikke-maligne abnormiteter i pancreato-galde organer

Ifølge oplysninger ovenfor, en enkelt serum miRNA opnåede påvisning af bugspytkirtlen og galde-tarmkanalen kræft med 80% nøjagtighed. Vi havde til formål at opnå højere diskriminant ydeevne ved at kombinere flere væsentlige miRNA. Den 10 miRNA (miR-6075, miR-4294, miR-6880-5p, miR-6799-5p, miR-125a-3p, miR-4530, miR-6836-3p, miR-4634, miR-7114-5p, og mIR-4476) anført i tabel 2 blev udvalgt som potentielle markører i uddannelse kohorte, og deres ekspressionssignaler blev anvendt i udviklingen diagnostiske indekser. Brug af Fishers lineære diskriminant analyse blev alle 1.023 kombinationer, der omfattede en eller flere af de 10 miRNA beregnet og valideret i testen kohorte. MiRNA kombinationer, der viste den bedste nøjagtighed med hver række miRNA anvendte (fra 1 til 10) i denne algoritme er anført i tabel 3, og deres diskriminant funktioner er tilvejebragt i S2 tabel. Det viste sig, at kun bruger det fælles bedste miRNA, miR-6075, gav en nøjagtighed på 84,7% i påvisning af pancreato-galde kræftformer i test kohorte; imidlertid nøjagtigheden øges, når antallet af miRNA anvendes i algoritmen øget, og det nåede et maksimum på 91,6%, når fire miRNA, MIR-6075, MIR-6799-5p, MIR-125a-3p og MIR-6836-3p, blev anvendt. Denne kombination gav også en følsomhed på 81,8% og en specificitet på 96,8%. Den diskriminant funktion komponeret af disse fire miRNA er: 1,20 x miR-6075 til 0,93 x miR-6799-5p-0,22 x miR-125a-3p + 0,71 x miR-6836-3p-8,55 (S2 tabel), og den deraf følgende diskrimination af hver kliniske prøver er vist i fig. 5. Det samme niveau af nøjagtighed blev opretholdt, når antallet af miRNA anvendes i algoritmen blev øget op til otte, og det derefter begyndte at falde, når de miRNA rangeret niende (nøjagtighed 90,0%) og tiende (nøjagtighed 88.9%) blev tilsat. Udover nøjagtighed, der opnås ved Fishers lineær diskriminerende vurdering, ROC-analyse gav lidt anderledes resultat (tabel 3);