PLoS ONE: Evaluering af allelspecifik Somatisk Ændringer af Genome Wide Association Study Modtagelighed alleler i Human kolorektal kræft

Abstrakt

Baggrund

Tumorer ofte udviser tab af tumorsuppressorgener eller allele gevinster af aktiverede onkogener. En betydelig del af kræft modtagelighed loci i mus viser somatiske tab eller gevinster i overensstemmelse med tilstedeværelsen af ​​en tumor modtagelighed eller resistens allel. Således kan allel-specifikke somatiske gevinster eller tab ved loci afgrænse forekomsten af ​​resistens eller modtagelighed alleler. Målet med denne undersøgelse var at bestemme, om tidligere kortlagt modtagelighed loci for tarmkræft viser tegn på allel-specifikke somatiske begivenheder i kolon tumorer.

Metoder

Vi udførte kvantitativ genotypning af 16 single-polymorfier (SNPs), der viser statistisk signifikant sammenhæng med kolorektal cancer i offentliggjorte genom-dækkende forening undersøgelser (GWAS). Vi genotypet 194 parrede normale og kolorektale tumor DNA-prøver og 296 parrede validering prøver at undersøge disse SNPs for allel-specifikke somatiske gevinster og tab. Vi kombineret analyse af vores data med offentliggjorte data for syv af disse SNPs.

Resultater

Der blev ikke observeret statistisk signifikant evidens for allel-specifik somatisk valg for de testede polymorfier i opdagelsen sættet.

rs6983267

variant, som har vist fortrinsret tab af ikke-risiko T-allel og relative forstærkning af risikoen G allelen i tidligere undersøgelser, begunstiget relative forstærkning af G-allelen i kombineret forsknings- og validering prøver (korrigeret p-værdi = 0,03). Når vi kombineret vores data med publicerede allel-specifikke ubalance data for denne SNP, G allel af

rs6983267

viste statistisk signifikant tegn på relativ retention (p-værdi = 2,06 × 10

-4).

konklusioner

Vores resultater tyder på, at størstedelen af ​​varianter identificeret som tyktarmskræft modtagelighed alleler gennem GWAS ikke udviser somatisk allel-specifik ubalance i colontumorer. Vores data bekræfter tidligere offentliggjorte resultater, der viser allel-specifik ubalance for

rs6983267

. Disse resultater indikerer, at allelspecifik ubalance af kræft modtagelighed alleler ikke kan være et almindeligt fænomen i tyktarmskræft

Henvisning:. Gerber MM, Hampel H, Schulz NP, Fernandez S, Wei L, Zhou XP, et al . (2012) Evaluering af allel-specifikke somatiske Ændringer af Genome Wide Association Study modtagelighed alleler i menneskelige tarmkræft. PLoS ONE 7 (5): e37672. doi: 10,1371 /journal.pone.0037672

Redaktør: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, USA

Modtaget: Januar 17, 2012; Accepteret: April 26, 2012; Udgivet: 21. maj 2012